1943年秋天編成的第58航母特混艦隊的主要任務是支援登陸作戰，諸如為封鎖登陸地域而實施遠程突擊，在登陸部隊突擊上陸前實施航空火力準備，對登陸部隊實施戰術支援，對威脅兩棲作戰艦船的空中和海上來敵進行截擊等。這支快速航母特混艦隊下轄4個特混大隊。每個特混大隊一般轄有大型航空母艦和輕型航空母艦3～4艘，驅逐艦12～15艘。這4個特混大隊具有極大的靈活性，既可與其他部隊協調作戰，亦可單獨執行作戰任務。作為掌握海上製寶權的浮動航空基地，第5艦隊的兩棲作戰部隊不再局限於依靠岸基航空兵的掩護，隻能攻擊岸基機作戰半徑以內的近處目標，強大的航母特混艦隊以其在遼闊海洋上的特有威力，保證了海軍陸戰隊可以選擇太平洋上任何地方作為攻擊點，而處於守勢的日軍隻能被動地推測美軍下一次的突擊目標。
1943年11月20日，第5艦隊首先向中太平洋吉爾伯特群島發動進攻，經過5天付出重大代價的速決戰，攻克了日軍頑強抵抗的兩個堅固堡壘塔拉瓦環礁和馬金島。1944年1月起，進攻矛頭指向吉爾伯特群島西北的馬紹爾群島，喪失了元氣的日本聯合艦隊已無力再進行海空支援了，隻得聽任第58特混艦隊的4個特混大隊輪番對馬紹爾群島日軍各目標實施毀滅性集中空襲，島上150架飛機幾乎都被炸毀，日軍守島部隊相當大一部分在美軍第一批登陸部隊上岸之前就被炸死炸傷，剩餘的日軍則陷入了混亂之中，無法真正組織起像塔瓦拉那樣的有力抵抗，海軍極高的轟炸效率使陸戰隊在征服一個有8000多日軍扼守的要塞作戰中隻犧牲了400人。作為攻克馬紹爾群島最西部的埃尼威托克島的前奏，第58特混艦隊在向西奔襲4天後，2月17、18日連續兩天一夜，空襲了日本在太平洋的“直布羅陀”——聯合艦隊司令部所在地特魯克要塞，打破了“堅不可摧的特魯克”的神話，消滅了日機270餘架、15艘中小艦隻和24艘運輸船隻，雖然古賀的聯合艦隊主力都事先西撤或北逃了，但特魯克，這個昔日日本的珍珠港陷入了全麵癱瘓。
美軍的進攻勢如破竹，接連攻克了吉爾伯特群島和馬紹爾群島，粉碎了日軍外層防禦圈，為向千島群島—小笠原群島—馬裏亞納群島—加羅林群島中西部—新幾內亞西部一線構成的內層“絕對防禦圈”挺進開辟了道路。位於“絕對防禦圈”中央的特魯克基地遭美國航空母艦致命性打擊後，緊接著，2月22日、23日兩天，其北部的據點關島、塞班島、提尼安島又遭到迅速北上的美兩個航母特混大隊的襲擊，使守軍損失了200多架飛機。日軍大本營萬分驚恐，感到已不能指望依據重重島嶼屏障來阻滯美軍的進軍速度，必須盡早完成同美航母艦隊的決戰準備，在內層防禦圈上抓住有利時機，依靠聯合艦隊的岸基航空兵部隊和殘存的航母艦隊主力給鋒芒畢露的美第58特混艦隊予以沉重打擊，一舉改變連遭敗績的戰局。1943年3月初，大本營海軍部製定出與美航母艦隊進行一場海上大決戰的“阿號作戰”計劃，“迅速整備我決戰兵力，大致在5月下旬以後，在從太平洋中部方麵至菲律賓方麵的海域，捕捉敵艦隊主力，以圖殲滅之……”要同美強大的第58航母特混艦隊決戰，日本海軍認為現有的航母和飛機數量已經具備了與敵相抗衡的實力。新近竣工的“大風”號大型航空母艦，是所有日美航母中惟一安裝裝甲飛行甲板的航母，同木質飛行甲板相比，其75毫米厚的鋼板，比裝甲航母的首創國英國的航母還厚25毫米，即使命中美軍500公斤航空炸彈也安然無恙。此外還第一次在航母上裝備了12門100毫米高平兩用炮以加強防空火力。采用於裝甲飛行甲板的“大風”號雖然載機量不得不減少到50多架，相當於中型航母，但新開發裝備的部分新型艦載機彌補了攻擊力下降的問題。改進後的“零”式艦載戰鬥機，馬力提高10％，時速增加到350海裏，還能掛一顆250公斤炸彈，適於執行俯衝轟炸、空戰雙重任務。“天山”式艦載魚雷攻擊機比九七式魚雷機最大速度提高25％，達到250海裏，速度和續航力更比美軍“複仇者”式魚雷機先進得多。“彗星”式艦載俯衝轟炸機比99式俯衝轟炸機機體強度更抗耐大角度俯衝，時速提高35％，增至300海裏。在這些新兵器加盟的情況下，加之在過去一年多古賀司令長官一直將航空母艦深居簡出，不輕易出動，聯合艦隊迅速組建了與第58特混艦隊數量上相匹敵的第1機動部隊，擁有大型航母3艘、中型航母2艘。輕型航母4艘，以及450架艦載機。為配合航母艦隊執行“阿號作戰”計劃，聯合艦隊還為各航空基地補充了1000多架岸基飛機，編成第1航空艦隊協調統一行動，在消滅美第58特混艦隊之前，盡量避免同美陸軍航空隊交戰，以保存實力。日本海軍的意圖是，一旦美第58航母特混艦隊主攻方向確定後，首先集中岸基航空兵進行突擊，至少消滅敵1／3的兵力，然後第一機動部隊趕到迎敵決戰，一舉殲滅美艦隊。