7月1日，右路德軍第11集團軍和羅馬尼亞部隊開始強渡普魯特河，向德涅斯特河推進。德軍雖遭到蘇軍預有準備的抵抗，仍於7月3日突至莫吉廖夫—波多利斯基。德軍左路於7月4日占領奧斯特羅格，逼近蘇軍舊邊界築壘地域防線。至此，德軍在南翼推進了300～350公裏。
蘇德戰爭爆發後的最初幾天，從巴倫支海到芬蘭灣沒有發生激烈戰鬥。自6月底，德軍挪威集團軍和芬蘭卡累利阿、東南集團軍共21個師和3個旅，對蘇軍第14集團軍和第7集團軍右翼發起攻擊。由於蘇軍預先有準備，最終擋住了德、芬軍的進攻，打破了德軍統帥部迅速占領摩爾曼斯克和破壞摩爾曼斯克鐵路的計劃。到7月中旬，德、芬軍在向前推進25~30公裏後被迫停止進攻。
從6月22日~7月9日，蘇軍在戰爭初期嚴重失利，損失巨大，近30個師不複存在，約70個師的人員、裝備損失50％以上，3500架飛機，一半以上的燃料、彈藥倉庫被毀。蘇軍從西部邊境向東和東北方向退卻300～600公裏。德軍占領了拉脫維亞、立陶宛全境、白俄羅斯大部、烏克蘭和摩爾達維亞（今摩爾多瓦）的部分領土，並進入俄羅斯聯邦西部，進抵列寧格勒遠接近地，威脅到斯摩棱斯克和基輔。德軍也遭到自開戰以來的最大打擊，損失約15萬人，950多架飛機，幾百輛坦克，其進攻力量受到削弱，沒有達到希特勒提出的消滅蘇軍主力的目標。
3.蘇軍的戰略防禦
蘇德戰爭爆發後，德軍的入侵時間、作戰方式和初戰結果都出乎蘇軍的意料。因此，蘇軍不得不重新審察其戰爭初期禦敵於國門之外的戰略方針。一方麵，損兵失地的嚴酷教訓充分表明，這一主觀主義的戰略方針不適用於蘇德戰爭，必須迅速改弦更張；另一方麵，短短幾周的防禦作戰，既使缺乏現代化戰爭經驗的蘇軍領導體驗到德軍“閃擊戰”的主要特點及其弱點，又使戰前準備不足的蘇軍各級指戰員經受了艱苦卓絕的戰火考驗，增長了對付強敵進攻的本領與才幹，從而為製定符合當時戰爭實際的戰略方針創造了條件。
為迅速扭轉不利局麵和穩定防禦，斯大林要求蘇軍指揮員堅決拋棄一切陳腐的作戰原則，努力掌握現代化的戰爭經驗。在此情況下，蘇軍於1941年7月中旬轉入戰略防禦。在此期間，蘇聯采取了一係列體現積極防禦戰略方針的重大措施，主要有：
第一，進一步完善領導體製，加強對部隊的統一指揮。1941年7月10日，蘇聯國防委員會決定將蘇聯武裝力量統帥部大本營改組為總統帥部大本營，並由斯大林本人擔任主席，以加強這一機構的權威性。與此同時，為協調各戰略方向的作戰行動，組建了西北、西和西南3個方向總指揮部，分別由蘇聯元帥伏羅希洛夫、鐵木辛哥和布瓊尼任總司令。這些中層戰略指揮機構的任務是：對在本方向遂行作戰任務的各方麵軍和海軍艦隊實施戰略指導，檢查其對大本營訓令的執行情況和領導該方向的後勤工作。7月19日，斯大林被任命為蘇聯國防人民委員。8月8日，總統帥部大本營改稱最高統帥部大本營，斯大林被任命為蘇聯武裝力量最高統帥。於是，蘇聯在政治、軍事和經濟等重要領域形成了高度集中的領導體製，克服了戰爭初期由於黨政軍最高領導人在作戰指揮方麵職責不明造成的延誤與混亂。
與此相應，蘇聯國防人民委員部也進行了改組。該部所屬蘇聯武裝力量總參謀部，被改組為最高統帥部大本營製定戰略計劃和領導前線武裝力量的主要業務機關，並得以擺脫動員補充和軍事訓練等繁雜的日常工作。同時，新建或恢複空降兵、火箭炮兵、工程兵、國土防空軍和炮兵等司令部或部，加強對軍兵種的戰略指導。通信人民委員兼任副國防人民委員和總通信部長，以集中領導軍、地所有通信部門。
此外，根據1941年7月16日聯共（布）中央政治局和蘇聯最高蘇維埃主席團《改組政治宣傳機構和在工農紅軍中實行軍事委員製度的決議》，蘇聯紅軍總政治宣傳部和海軍總政治宣傳部均改組為總政治部，陸海軍機關、部隊和軍事院校都實行軍事委員製，以加強黨對武裝力量的領導和戰時思想政治工作。根據1941年8月國防人民委員會的決定，蘇軍還組建了總後勤部和各級後勤部，加強對後勤工作的統一指揮。