杉山抗議道：“這是違反我國長期以來的傳統的，不應一個人既作出政治決定又作出軍事決定。斯大林格勒的災難就是希特勒集軍政大權於一身的結果。”
東條駁斥道：“希特勒元首是兵卒出身，我是大將。”他要杉山放心，他對於軍務和政務會給予同等注意。
杉山仍不退讓，他堅持說：“說起來容易，但是，如果一個人負責兩項工作，在兩者利益發生衝突時，試問，你將重視哪項？另外，這也會給將來立下一個危險的先例。”
東條英機強硬地說：“在這樣一場史無前例的大戰中，必須采取一切措施，即使打破先例也要采取。”
杉山控製不住了，大聲說：“如果你這樣幹，陸軍內部的秩序就無法維持！”然而東條一意孤行，他蠻橫地說：“如果誰反對，我就立即撤換他！”
第二天，東條解除了杉山參謀總長的職務，自己取而代之。他把首相、內相、陸相、參謀總長4個要職集於一身。
東條英機大權獨攬的專斷行為，引起了日本統治集團的嚴重不安。在一些上層“重臣”看來，日本的困境完全是東條領導不力的結果。因此，許多人主張解除東條的首相職務。他們認為，必須起用一位能與盟國進行和談的人接替東條。這時軍隊裏也有人暗中為謀求和談而活動。有的人甚至認為，隻有把東條殺掉，趕快同交戰國和談，才能使日本生存下去。
就在這個時候，日本艦隊和商船被美軍擊沉的日漸增多，特別是馬裏亞那之戰，美國以較小的損失，擊沉了日本3艘大型航空母艦，重創4艘航空母艦，擊毀飛機近500架。最後被視為日本本土屏障的馬裏亞那群島完全落入盟軍之手。美軍突破這道“防護堤”之後就可隨時直接襲擊日本列島。這下子，日本朝野驚恐萬狀，東條內閣遭到更猛烈的抨擊。
東條政府為了擺脫太平洋戰場上的困境，決定在中國大陸上找出路，即讓平漢、粵漢及湘桂鐵路恢複通車，經由印度支那保持日本與南洋地區的交通線。東條命令這個行動定名為“一號作戰”，4月下旬從黃河兩岸發動攻勢，到9月份實現戰略計劃。這是東條在中國大陸上發動的最後一次大規模進攻，所以稱為“最後一戰”。
東條英機（左）在遠東國際軍事法庭受審當下在由北至南數千公裏的戰線上，日寇出動兵員50萬，戰馬10萬匹，汽車萬餘輛，大炮1000餘門，飛機200多架。從1944年4月中旬到12月初，日寇擊潰了國民黨部隊五、六十萬人，奪取了平漢、粵漢、湘桂3條幹線，占領150來個大中城市，從而打通了中國大陸交通線。但是，這並未能挽救日本法西斯滅亡的命運。事實上，日本占領的地方越多，背的包袱就越沉重，越處於被動挨打的地位。
日軍雖然在國民黨戰場上得以順利推進，但在解放區戰場上卻一個又一個失利。僅在山東解放區，1944年間，八路軍就殲滅日偽軍36000多人。對東條英機來說，這不僅是軍事上的敗北，也是政治上的失敗。隨著戰爭形勢的惡化，他日益成為日本朝野上下攻擊的目標。有人稱他為“東條天皇”，有人公開宣稱：“殺死東條！”
在現代日本領導人中，還從未有過像東條這樣集軍政大權於一身的人。從表麵看來，東條的地位似乎是不容置疑的，但實際上他的統治已經處於崩潰的邊緣。自中途島戰役以來，日本的軍艦損失不斷增加，太平洋上的失地也日漸增多，在日本本國內，生產水平迅速下降，各種日用品大大減少，日本人民生活已經變得十分艱難……嚴重的形勢助長了憂鬱不安的情緒，憤恨、不滿自然集中在頭號戰犯東條英機身上。一些人開始籌劃暗殺東條。陸軍反對派中的一夥人甚至議定了暗殺的時間和方式：在7月的第三個星期，在皇宮附近趁東條的汽車轉彎放慢速度時，向他扔了一枚特製的氫氰酸炸彈。
東條在民怨沸騰的形勢下，隻好去找推薦他上台的宮內大臣本戶求助。但是沒想到碰了一鼻子灰。木戶對東條大權獨攬的做法提出批評，並說：“天皇本人也極為生氣。”這使東條萬分懊喪。他對自己的顧問左藤說：“天皇對我已經失去信任，我隻有辭職了。”
1944年7月18日，東條在內閣會議上用沮喪的語調說，他決定辭職。接著，他又狠狠地說，日本戰敗的責任必須由重臣和其他迫使他辭職的人來負。他憤憤地對閣僚們說：“我必須要求你們全體辭職。”