龜船是朝鮮人很早之前發明的一種戰船，船身裝有硬木製成的形似龜殼的防護板，故叫龜船。李舜臣改進了龜船的結構和設備，加大船身。每艘船身長十多丈，寬一丈多，甲板之上有厚木製成的頂蓋，並且裹上鐵板，可以掩護船上水軍避免敵人火器投射，頂蓋上和甲板旁，裝著許多尖銳的大釘和鐵鉤，使敵人不敢攀登，船頭上安裝著一個大龍頭，上穿兩個大炮眼，頭尾都裝有金屬尖杆，需要的時候可用來衝擊敵船。船身前後左右有74個槍眼，射手可以伏在內部施放火器。船身兩側又各設10隻大槳，全部劃動，速度非常快。加上船身很大，可以裝載很多飲水和糧食，這使龜船更適於水麵久戰了。
龜船如此實用，而指揮的李舜臣又多謀善斷，注定日軍在他麵前會走向慘敗。當年5月1日，李舜臣得知玉浦港停靠著50多艘日本兵船，船上的士兵大都上岸掠奪百姓財物去了，他立即指揮90多艘龜船去偷襲日軍。日軍從未見過這種戰船，遠遠望去還以為是一群大烏龜正朝他們爬過來呢！過了一會，才看清了那群“烏龜”，原來是戰艦，日軍頓時慌了手腳。當他們倉皇跑上船，準備起錨逃離時，已經來不及了。
“開炮！”李舜臣一下令，無數炮火向日船。在強烈的炮火下，日軍抱頭亂竄，轉眼間40餘艘日船被炸毀、擊沉，士兵傷亡不計其數。高傲的日軍艦隊就這樣被李舜臣的“大烏龜”們吞沒了。玉浦海戰的勝利，粉碎了豐臣秀吉從海路侵略朝鮮沿海地區的計劃，侵略軍後勤物資的運送以及陸軍的進攻也因此受到阻滯。
5月29日，李舜臣又打響了第二次大海戰。當時，10多艘日船停泊在泗川岸邊，日軍自以為有險可據，想等朝鮮船隻靠近了再打。李舜臣識破了敵人詭計，故意引船後退。日軍以為他懼陣脫逃，就駕船追擊，不料，剛離岸不久，李舜臣就指揮龜船掉頭向日軍猛攻。頓時，一陣槍林彈雨之後，日船又被吞沒了。接著，在唐浦，李舜臣又率領龜船進攻日軍陣地。他先用“擒賊先擒王”的戰術，俘獲日船21艘，後又巧妙地運用引蛇出洞的策略，安排3艘龜船偽裝偵察地形，作為誘餌，主力船隻則預先埋伏在山腳下。日船果然傾巢出擊。進入埋伏圈遭到前後夾攻，26艘日船全被焚毀。戰鬥中，李舜臣左臂受傷，血流不止，但他堅守崗位，指揮若定。7月的一天，在閑山島地區，李舜臣又同日軍展開大戰，最後一舉殲滅日軍水師主力，控製了海域，李舜臣也因屢屢獲勝，功勳卓著，被晉升為三道水軍統製使。
正在此時，中國明朝政府應朝鮮政府要求，派援軍與朝鮮軍隊並肩作戰，兩軍很快收複平壤、開城，把日軍驅出朝鮮北部。豐臣秀吉被迫與朝鮮進行和平談判，遺憾的是，在日本間諜的破壞和奸臣的誣陷下，李舜臣在1597年2月被免職治罪。豐臣秀吉見此，立即中止談判，派出15萬大軍再犯朝鮮。當時，指揮朝鮮海軍的是一個無能的軍官，他根本不能民日軍對抗，交戰不久，朝鮮軍節節敗退，海軍幾乎全被擊潰，大片國土又重新淪入敵手。朝鮮政府見情勢萬分危急，隻好重新啟用李舜臣，並請求中國再次出兵援助。
李舜臣受命於危難之際，重整水師。他團結抗日將士，懲辦畏縮的官員，又吸納忠勇的農民加入水師，僅在一個月的時間內，在殘餘的12隻戰船和一百多名水兵的情況下，又重新組建了一支驍勇善戰的強大水師。他率領這支水師利用自然的有利條件，巧布鐵索陣，在鳴梁海峽誘敵深入，以12艘龜船擊沉30多艘日船，擊斃擊傷日軍4千多人，致使豐臣秀吉的詭計又失敗了。1597年冬，朝中聯軍在李舜臣和中國老將鄧子龍的率領下同日軍主力在露梁海打了一場空前激烈的海戰。
交鋒於深夜開始，當500餘艘日船抵達露梁海時，朝中戰船同時發出猛烈的炮火，海麵上烈火衝天，戰士們勇敢地跳上敵船，殺得敵人橫屍滿艙。敵軍慌亂無措，急欲奪路逃跑，但退路被切斷，於是集中火力負隅頑抗。在激烈的交戰中，李舜臣發現鄧子龍身陷重圍，就立即駛船去援救，不幸左胸中彈，他忍著劇痛，叮囑部下不要聲張，並