進入肝髒的氨基酸對肝髒蛋白質代謝有明顯調節蛋白質合成和周轉率的作用。大循環中的遊離氨基酸含量決定於許多因素。體內最多的組織骨骼肌轉移血漿氨基酸，是受血漿胰島素水平控製的。注入胰島素可加速肌肉納入氨基酸和減少肌肉蛋白質分解，使血液遊離氨基酸水平降低，尤其是支鏈氨基酸。
肌肉是支鏈氨基酸分解的主要場所，血液的遊離氨基酸當經過肌肉時轉換為丙氨酸和穀氨酰胺。從肌肉來的穀氨酰胺，是腸細胞熱能來源的主要物質，在腎細胞代謝後生成尿氨，在肝細胞供給氨基以合成尿素。丙氨酸被肝髒利用，其碳架被用來生成葡萄糖，即葡萄糖異生作用，而氨基變成尿素的一部分。
血液中遊離氨基酸的含量也影響在腦中的代謝。色氨酸是5一羥色胺的前體，酪氨酸是去甲腎上腺素的前體。已證明腦中遊離色氨酸影響5一羥色胺的合成率。血漿中的色氨酸大多是鬆散地與血清白蛋白或遊離脂肪酸結合。隻有非結合型的色氨酸才能被腦納入，遊離的與白蛋白結合的色氨酸之比能調節腦中5一羥色胺的生成。
4、氮平衡及其影響因素
氮平衡實驗方法可用來研究機體對蛋白質的消化吸收情況，同時也可了解機體對蛋白質的需要量。
攝入氮和排出氮相等稱為氮平衡；攝入氮大於排出氮稱正氮平衡；相反稱負氮平衡。
影響氮平衡的因素很多，要使結果較正確或有可比性，進行氮平衡實驗時，應注意有關影響因素，使其影響達最小的程度。主要影響因素如下：
（1）能量對氮平衡的影響。在氮平衡實驗中，能量應滿足受試者的需要。能量不足，氮平衡向負平衡方向改變。當蛋白質達到需要，如果能量大於需要，則可改善氮平衡。如果蛋白質達不到需要，盡管增加額外能量，也不會改善氮平衡的狀況。
在實驗期間加大機體的活動量，會使能量消耗增加；減少活動量，能量的消耗會減少。能量不足將有部分蛋白質用於供能而影響氮平衡。
（2）氮平衡受激素的影響、作用合成代謝的激素（如生長激素、睾酮）和分解代謝的激素（如皮質激素、甲狀腺素等）都可影響氮的代謝，尤其對肌肉的氮代謝。作用合成代謝傾向於使氮在體內貯留，而作用分解代謝的則相反，使氮在體內貯存量減少。
（3）蛋白質與氨基酸攝入量的影響。人體蛋白質合成與分解代謝中有相當一部分氨基酸被再利用。假如一個人處於低氮攝入水平，尿氮排出將隨之下降。蛋白質攝入低於消耗，出現負氮平衡，並引起體內蛋白質的消耗，繼之可引起器官功能的改變。這種攝入蛋白質減少，尿素排出相對下降的現象可能是機體的一種適應性反應。食用無氮膳當天，尿氮並沒有明顯下降，繼續食用無氮膳6～8天，排出氮下降並穩定在每天2．5克氮的水平；相反蛋白質攝入明顯增高也有類似的情況，即尿氮並不一定馬上相應上升。其機製有待研究。
（4）各種應激狀態，精神緊張、焦慮及疾病狀態等對氮排出有一定影響，在實驗結果的分析時應加以考慮；飲水量應控製，大量飲水會增加氮的排出。溫度高從皮膚丟失氮增多；蛋白質以外營養素供給的合理性都會有所影響。
5、蛋白質的需要量與供給量
蛋白質需要量是一個複雜而涉及很多方麵的問題。食物蛋白質的質與量以及食用方法等都對結果有影響。目前，研究蛋白質需要量的方法常用的有要因加算法、氮平衡方法及用於幼兒的生長發育的觀察法，還有從氨基酸的需要量來推算蛋白質供給量的方法等。
（1）要因加算法。該法的理論基礎是根據人體在特定時間內最低的氮損失作為依據。這種最低損失稱為必需損失。其中包括尿、糞、皮膚以及其他方麵氮損失的總和。至於人體在特定生理條件下的額外需要，就在這個基礎上加上去。例如嬰兒，應將必需損失氮再加上生長發育所需要的氮。用什麼質和量的蛋白質來滿足和補充所有的損失，應看食物蛋白質的吸收和利用的效率。例如在特定的膳食蛋白質質量之下，食物被利用的效率為70％左右，要在需要量的基礎上加入30％才能確實達到需要。
此法的缺點是無氮膳不易被接受，並需一定時間才能穩定下來。除尿、糞、皮膚外，還有鼻分泌物，女性月經及男性射精中氮的損失等。這些也應加入到總損失氮中去，男性和女性每天每千克體重分別為2毫克和3毫克氮。
（2）氮平衡法。測定攝入不同量蛋白質的氮平衡結果，也可以找到能夠達到氮平衡的蛋白質量值。在正常情況下，分別以接近需要量的蛋白質到高於需要量的不同水平來測定各個平衡試驗的結果，可呈線性關係，這就可算出其回歸方程斜度，在這個斜度與零平衡水平線交叉處所標出的數值，應該是以特定蛋白質來達到氮平衡的結果。