撒麻耳幹的城鎮和內堡都化作了一片廢墟。第八天早晨，蒙古人開始清點那些刀下餘生者：三萬有手藝的人被挑選出來，分給了成吉思汗的諸子、諸妻和諸位大臣、將領；又從青壯年中挑選出三萬人，編為一支簽軍。其餘的人也刀下留情，但要求他們交納二十萬的那（古代中亞一帶的貨幣單位）的贖金。那一年，成吉思汗在撒麻耳幹境內度過了夏天和秋天，然後委派了幾名管理撒麻耳幹的沙黑納（長官），親自率軍去征服呼羅珊，另一部分軍隊則由其諸子率領去進攻花刺子模舊都玉龍傑赤。
花剌子模新都撒麻耳幹僅僅經過八天戰鬥就被攻克了。經過這次戰禍，繁榮的撒麻耳幹遭到了極大的破壞。1221年11月，撒麻耳幹投降一年半以後，長春真人丘處機一行曾來到這裏，據他所說：“當算端沒有失敗時，城中常有十多萬戶，國破以來，存者不過四分之一。”耶律楚材也曾於1222年寫作了“西域河中十詠”，其中說：“寂寞河中府，頹垣繞故城。”“城理連畎畝，市井半丘墳。”他在詩中流露了對成吉思汗西征的不同看法，說：“西行萬餘裏，誰謂乃良圖。”正是這種思想促使他在印度河邊向成吉思汗提出了結束西征的建議。
五、花剌子模國王之死
當成吉思汗包圍撒麻耳幹時，摩訶末算端的將領和臣子開始主動投降過來，蒙古哨兵也不斷擒獲一些俘虜，據他們說：“花刺子模沙摩訶末從撒麻耳幹逃跑後，已經渡過阿姆河，當時他驚惶失措、猶豫不決，沒有一刻寧靜”。成吉思汗宣布：“必須趕在人馬聚集在算端身旁、四方的貴族援助他之前，把他解決掉，把他消滅幹淨。”於是他派哲別率一萬軍隊做頭哨，速不台率一萬軍隊做後衛，又派脫忽察兒率一萬人繼進，分兵三路追擊花剌子模沙。這三萬軍隊是從他身邊的軍隊中按比例挑選的，他們個個都敵得過一千名算端的軍隊，猶如狼人羊群，熱炭燒枯柴。
為了保證追擊的勝利，成吉思汗發布了一道作戰訓令：“朕命你們去追擊花剌子模沙算端，直到將他們追上為止，如果他帶領軍隊來攻打你們，你們無力抵抗，可馬上向我報告，如果他力量不大，可與他對敵！因為我們不斷接到消息說，他怯弱、害怕、心驚膽戰，他一定敵不過你們。我為你們向偉大的主的威力祝告，你們不擒獲他不要回來。如果他被你們打垮後，帶著幾個人躲進陡山、狹洞裏，或者像‘必裏’（伊朗神話中犯罪的天使）般地躲過人眼，你們要像強風似地吹進他的國土上去；歸順者可予獎勵，發給保護文書，為他們指派長官；流露出不屈服和反抗情緒者一律消滅掉！”
根據成吉思汗的命令，哲別、速不台像獵犬一樣咬住自己的獵物不放，即使其躲入山林、逃人海島，也要像疾風閃電般追上去。躲入山林的禿兒罕王後被迫投降了，逃往海島的摩訶末國王悲慘地死去了。這是曆史對他們無情的懲罰！但“城頭失火，殃及池魚”，其統治下的人民也因此落入了滅頂之災！
孽訶末渡過阿姆河後，暫時駐軍阿姆河西南岸，開會研究今後的作戰方略，等待探事人員回報不花剌、撒麻耳幹的消息。當時一些花刺子模宿將曾建議說：河中地區已無法挽救，應以全力防守呼羅珊、伊拉克，召集各處之兵，合成一軍，並盡征木速蠻（元代伊斯蘭教徒的譯名）入伍，共同據守阿姆河一線。但也有人主張將軍隊退到哥疾寧，糾集諸軍以抗韃靼，如形勢不利，可以一直跑到印度。摩訶末同意了第二個比較軟弱的意見，並按照這個主意來到了巴裏黑。這時，又有人邀請摩訶末到伊拉克去，將伊拉克的軍隊召集起來，然後再考慮下一步的措施。摩訶末之子劄蘭丁對於這兩種退兵策略都不以為然，再次向摩訶末建議說：“對我們說來，最好的出路是把軍隊召集起來，去攻打他們，因為這一點完全辦得到。如果算端不打算這麼辦，要到伊拉克去，那麼請把軍隊交給我，讓我到邊疆上去奪取勝利，去實現這項可能做到的事，讓我們在造物主和他造的物麵前表白一下。他將這些話反複申述多次，竭力堅持自己所提出的計劃。但由於摩訶末心慌意亂、萬分恐懼，竟將劄蘭丁的見解視為兒戲，斥責他年幼無知，說什麼目前福星已經隕落，幹什麼也不中用了：“吉凶有定，災禍之來，誰能抗之？不如待天象有利於我之時。”依靠所謂“福星”和“天象”，而不相信人力，這是當時的宗教精神對花刺子模人的毒害，也是花刺子模沙摩訶末的一個致命弱點。它不僅促使摩訶末放棄了首都，而且促使他放棄了可以據守的阿姆河一線，從而導致了花刺子模的徹底失敗。”