那是在王室複辟之前十幾年的事情，大學完全受到國會議員所控製，巴羅那時就被歸屬為非主流分子，而他又勇於發表政治觀點，遂不受學校當局歡迎，全靠他的學術天分救了他，讓他好幾回得以免於被起訴。他對於培根、伽桑狄、笛卡兒等人的著作很感興趣，雖然他在學術上的進展比不上牛頓後來所達到的境界，畢竟他還是個聰明能幹的數學家兼哲學家。
巴羅的性格也和牛頓迥異，他還蠻喜歡教書的，作為一位年輕的教師，他授課的方式機智而風趣——至少以當時的標準而言是如此。牛頓卻完全相反，據他的助手漢弗萊·牛頓（與我們的大科學家牛頓無親戚關係）所說，他隻見他的老板笑過一次，他說：“有一回他借一本歐幾裏得的著作給朋友看，他問那位朋友看了多少？喜不喜歡那作者？朋友反過來用自己的問題去回答：‘學這樣的東西對我的一生有什麼好處和用處？’牛頓聽了開心地笑起來。”
巴羅煙抽得厲害，非常不修邊幅，這點又和牛頓很不一樣。還有他喜歡聽自己的聲音，他後來在1669年擔任查理二世的王室教堂主牧的時候，據說有一回他的說教竟然長達3個半小時。
另外，巴羅又喜歡到各地旅行。早在1655年他獲得三一學院的研究員資格之後不久，就發覺他那些不受歡迎的政治宗教觀點可能會影響他的學術研究，於是向三一學院申請到三年的旅行補助，每年16英鎊，就立即出發去歐洲旅行了四年。大概就在那次旅行途中，巴羅第一次接觸到煉金術，以後這就成為他一生斷斷續續追求的興趣目標。日後他與牛頓成為同事，把這些知識和他認識的這方麵朋友都介紹給了牛頓。
在國內，由於1660年查理二世加冕，巴羅發覺三一學院的政治氣氛變得有利於他了。一些關於他在國外曆險的故事，在他回來之前即已經傳遍校園，包括他親手搏鬥擊敗一個與他爭執的土耳其人，以及他在巴黎以雄辯壓倒一群耶穌會教士，這些新聞使他在大學裏被捧為英雄。很快地巴羅被選為三一學院的希臘文欽定講座教授，1662年改任為倫敦的幾何學格雷沙姆講座教授，並且在皇家學會創會會員名單中列名（雖然他不曾擔任什麼活躍的角色，也極少出席會議）。
兩年之後的1664年，巴羅再度獲得一個新設的講座教席。有一位聖約翰大學的研究員兼該校行政會議議員盧卡斯，經英王查理二世批準，順利地在劍橋大學設立講座，正式名銜為盧卡斯數學講座教授。盧卡斯本人希望把這教席授予真正有學問之士，那時巴羅被認為是大學中最有學術成就的人，就毫無困難地得到了這一職位。今天這個教席仍然存在，擔任這項職務的是霍金教授。
這一職務有最豐厚的待遇和最輕的教學責任，每年薪金為100英鎊，但是，擔任這教席就不可以兼任其他任何學術職務了。起先巴羅還覺得適合，他對教學任務作了萬全的準備，包括一整年的講授課程，以及每年提供大學圖書館最少10份授課的文字內容。事實上，他教的是一門必修課，但大多數時候教室裏卻沒有一個學生，可能是因為他的教材太深，學生的程度太低，聽不懂巴羅教授的講解。他主要教的是他最感興趣的題材，包括數學和光學。而那些東西對於被寵壞了的富家子弟來說，是太過深奧了一點，何況他們進大學所希冀的不過是安然取得一個學位，然後尋覓一條障礙最少的人生途徑，或許到一個安靜的鄉鎮擔任教區牧師的職務，或者經營家庭事業什麼的。
巴羅運氣還算不錯，當時學校對於他那職位的規定沒有嚴格監督遵行。他很少給學生提供自己已寫好的講義，反而因常被學生冷落而感到泄氣，一年三個學期中他隻有勇氣教一個學期的課。
擔任過王室教堂主牧的聖職之後，巴羅於1672年至1677年這5年間，擔任三一學院的院長，而在壯年時瘁死於任上。在院長任內，他幾乎單打獨鬥地啟動了建造三一學院的圖書館，這座圖書館是由他的朋友雷恩設計的。巴羅被後世評為複辟時期三一學院的最佳院長之一，然而他在曆史上留名無疑是因為他和牛頓的關係。
他們兩人可能不是很好的朋友，但是彼此尊重。若牛頓第一次見巴羅就顯得不懂基礎數學的那個故事具有一點真實性，那麼這壞印象不久也就被忘記了。巴羅在那次首度的冷漠會麵之後，不過短短的5年半光景，就把盧卡斯數學講座的職位傳給了牛頓，可說令人相當驚訝。猶如這位巴羅前輩在1659年回到劍橋成為一個飽經風霜的漂泊英雄後不久，就深受學校當局賞識一樣，牛頓也是如此，他在1667年自伍爾索普家中知識漫遊歸來，很快就獲得了巴羅的賞識。