楊繼盛被貶謫後，明朝和韃靼講和，互相通商。但是不久俺答就破壞和議，多次進攻邊境。仇鸞的密謀暴露，嚇得發病死了。這時候，明世宗才想到楊繼盛的意見是對的，把他調回京城。嚴嵩也想拉攏楊繼盛，哪知道楊繼盛對嚴嵩更是深惡痛絕。他回到京城剛一個月，就上奏章給明世宗彈劾（音hé間嚴嵩，大膽揭發嚴嵩十大罪狀，條條都有真憑實據。他在奏章中還說，嚴嵩有十大罪，卻可以蒙蔽皇上，因為還有“五奸”幫助他，這就是嚴嵩的問諜、爪牙、親戚、奴才、心腹，都密布在世宗的左右。
這道奏章打中嚴嵩的要害，嚴嵩氣急敗壞，在明世宗麵前誣陷楊繼盛。明世宗大怒，把楊繼盛打了一百板廷杖，關進大牢。
楊繼盛被廷杖打得遍體鱗傷，腿肉也打爛了，連獄卒看了也心酸，楊繼盛卻態度泰然，象沒事兒一樣。親友們聽到楊繼盛傷勢重，通過獄卒送給他一隻蛇膽當傷藥，楊繼盛推辭不受，說：“我自己有膽，用不著這個！”
楊繼盛在監獄裏被關了三年，實在審不出什麼罪狀，一些官員想營救他出獄。嚴嵩同黨跟嚴嵩說：“你不殺楊繼盛，不是養老虎給自己留後患嗎？”嚴嵩下個狠心，攛掇明世宗把楊繼盛殺害了。
嚴嵩掌權二十一年，把他的黨羽安插在朝廷重要職位，權力越來越大，明世宗也漸漸討厭他。有一次，明世宗請道士藍道行扶乩（一種迷信活動），藍道行借乩仙的意旨，勸世宗除掉嚴嵩，明世宗也有點心動。這件事讓禦史鄒應龍打聽到了，覺得這是打擊嚴嵩的好時機，但他想想楊繼盛的下場，又有點猶豫。經過周密考慮，決定先從彈劾嚴世蕃下手。
嚴世蕃依仗他父親權勢，作惡多端。鄒應龍彈劾嚴世蕃的奏章一上去，明世宗果然下令把嚴世蕃辦罪，充軍到雷州，並且勒令嚴嵩退休。
嚴世蕃和他的同黨是一批亡命之徒，他們沒到雷州，就偷偷溜回老家，收容了一批江洋大盜，還勾結漢奸汪直和倭寇，準備逃亡到日本去。這一件事又被另一個禦史林潤揭發。
昏庸的明世宗看到這份奏章，也大為震驚，立刻下令把嚴世蕃和他的同黨斬頭示眾，把嚴嵩革職為民。明朝最大的權奸，終於倒台。
胡惟庸案
明太祖在懲治貪官汙吏的同時，又在誅殺大臣。當時的兩個特大案件就是“胡、藍”兩次大獄。“胡、藍”是兩個人，一個文臣，一個武將。文的就是左丞相胡惟庸，武的是大將軍藍玉。他們都以“謀反”罪被殺，且夷滅三族，還牽連了一大批功臣。
胡惟庸案發生在洪武十三年（公元1380年）正月。傳說胡惟庸要謀反，是真是假，已無定論。胡惟庸在這一年被捕後，立即被酷刑處死，全家被抄斬。這個案子在當時牽涉的人並不多，隻有禦史大夫陳寧和禦史中丞塗節等數人，他們的罪狀都是因想篡奪皇位，但犯罪的具體事實卻都不明確。胡惟庸的罪狀在於他驕橫專權。在右丞相汪廣洋和楊憲被殺之後，胡惟庸獨占相位數年，其間獨斷專行，把生殺予奪的大權抓在自己手中，不向皇帝請示就擅自處理政務。他還私自拆看各地呈給皇帝的奏章，不利於自己的就扣壓下來。因為這些遭到明太祖斥責後，他心中產生怨恨，就趁機圖謀不軌。這顯然是皇帝和宰相之間的權力鬥爭，明太祖不願大權旁落，才借口殺掉了胡惟庸。
從此，明太祖廢除了丞相製，由皇帝直接管轄吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部六個部的尚書；又把掌握軍權的大都督府廢了，改設左、右、中、前、後五個都督府，分別訓練兵士，要打仗的時候，由皇帝直接發布命令。這樣一來，加強了中央集權的專製統治。
事隔十年之後，這個案子突然又有了新的發展。有人揭發胡惟庸曾經私下裏與日本和元朝的殘餘勢力相勾結，以成功後向他們臣服、納貢作為條件，請他們出兵協助發動政變，說得像真的一樣。明太祖這時已到了晚年，猜忌之心就更大了，這樣就有人混水摸魚，“揭發”的事情越來越多，受牽連的人也越來越多。明太祖普遍追究，一時之間錦衣衛四處抓人，屈打成招，於是很多功臣大將都被誣陷。其中包括一個王公，十四個侯和三個將軍，他們被硬說成和胡惟庸串通一氣，陰謀叛亂，謀害皇上。於是他們全部被抄家誅族，一共死了三萬多人。
事隔兩年以後，又發生了藍玉案。這次又殺了一公二伯十三侯，還有數十名能征善戰的將領和高級文官。