他們向戈洛文透露了有關清政府的情報。徐日升低著聲音說：“皇上為了西北部噶（gá）爾丹的叛亂很不安，而且朝廷內外都知道是俄國指使的。”張誠說：“皇上要全力對付噶爾丹，所以急於和你們締約。如果你們能在尼布楚和雅克薩之間找一個地方為界，或許更現實一些。”
戈洛文把他們的話暗記在心中。第二天，中國使團又一次決定讓步，提出以格爾必齊河（在尼布楚東北，流人石勒喀河）為界。戈洛文仍堅持索取雅克薩，拒絕了中國使團的建議。在中國使團的堅定立場和人民的起義下，戈洛文慌了手腳。同時，他們又查明額爾古納河流域有豐富的礦藏，於是，同意以額爾古納河和格爾必齊河為界，再沿外興安嶺向東直到海邊為中俄邊界。河東、嶺南屬中國，河西、嶺北屬俄國。他們還保證拆毀雅克薩城堡，把軍隊撤離中國領土。
九月七日晚上，中俄雙方舉行了隆重的簽字儀式。索額圖和戈洛文分別代表中、俄雙方在條約上簽了字，這就是著名的《中俄尼布楚條約》。
《中俄尼布楚條約》雖然把原來屬於中國的一部分領土讓給了俄國，但這是出於清政府戰略上的考慮，是雙方商議的結果，是中俄曆史上第一次平等的條約。此後，在長達一百五十年的時間裏，這段邊境一直很平靜。
噶爾丹叛亂
沙皇俄國在與我國簽訂《中俄尼布楚條約》後，又挑撥蒙古族準噶爾部頭目噶爾丹發動叛亂。製造我國內部的民族不和。
元朝滅亡後，蒙古族的大部分退回塞外，逐漸形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部分；漠南蒙古是清朝最可靠的盟友，漠西蒙古不肯與清朝合作。
漠西蒙古的準噶爾部首領噶爾丹野心勃勃地妄想奪取大片領土，康熙皇帝勸他返回阿爾泰地區，他不但不聽，反而想和康熙皇帝較量一下，而且他的行動受到了沙俄的支持，他自以為有了靠山，更加無法無天。
康熙帝看到噶爾丹這樣猖狂，而且又威脅到內地的安全，就在康熙二十九年（公元1690年）下令征討噶爾丹。康熙皇帝禦駕親征，在離北京隻有七百裏的烏蘭布通和準噶爾兵交戰。
噶爾丹在烏蘭布通擺好了陣勢。他依山列成“駝城”，用幾萬峰駱駝，把它們的腳捆住，讓它們臥在地上，在駝背上搭起箱垛，蓋上濕氈。士兵們隱藏在“駝城”裏發射火器或弓箭；清軍隔河列陣，先用大炮轟擊“駝城”，炸死不少駱駝，騎兵和步兵隨後衝殺過來，大敗準噶爾兵。噶爾丹看到清軍很強大，知道自己打不過，當晚就把軍隊撤到高處，第二天一大早就派人來求和。
康熙皇帝接到噶爾丹乞降的報告，擔心受騙，命令清軍防備噶爾丹，但為時已晚，噶爾丹已經逃走了。
噶爾丹雖然遭受失敗，但仍不死心，與俄國的關係也越來越密切，揚言要興兵深入內地。
康熙皇帝忍無可忍，決定第二次親征，兵分三路，中路由他親率。中路軍要穿過茫茫沙漠，在沙漠裏行軍，糧草常常接濟不上。康熙皇帝和土兵一起吃幹肉，喝馬奶，日夜兼程，走了七十多天，才探聽到噶爾丹的消息。有的大臣怕苦怕累，聽說敵人還很遠，就很泄氣，勸康熙說：“道路迂回曲折，很難走，糧食又供應不上，走了七十多天，還不見敵人，皇上不如暫時先回去吧！”康熙聽了非常生氣，堅定嚴肅地說：“朕已告祭了天地宗廟，現在還沒見到敵人就回去，讓朕如何麵對天下百姓？”他當即下令開拔，直奔敵人駐地——克魯倫河。
噶爾丹根本不相信康熙皇帝會親征到此，當看到克魯倫河南岸清營的黃幄龍旗的時候，嚇得六神無主，自言自語地說：“哪能來得那麼容易！”然後，連夜向西逃去，丟下了無數營帳和貴重的軍需備品。
兩天以後，西路清軍在昭莫多山下和噶爾丹相遇並進行了決戰雙方整整打了一天，最後清軍分作兩路，一路橫衝入陣，一路偷襲敵軍的輜重，噶爾丹陣營大亂，清軍大獲全勝，殺死叛軍一千多人，俘虜了三千多人，這樣，噶爾丹的主力幾乎完全被消滅了。
康熙皇帝在取得昭莫多的勝利之後，決定將噶爾丹叛軍徹底消滅，康熙三十六年（公元1697年），他第三次親征，這時的噶爾丹已經眾叛親離了。他左右的親信不是遠逃就是投奔了清營。無論噶爾丹駐紮在哪兒，都不斷地有告急的警報，連覺都睡不了。他常常迷惑地對別人說：“世界上的人真是不一樣嗎？聽說皇帝走到沙灘，沙灘就要湧山甘泉，石頭上也會長出青草，是天在助他嗎；如今我該如何是好呢？”噶爾丹走投無路，最終自殺了。