但有人提出了質疑：即使發生特大洪水，地球水位也不會升到5000米的高度，方舟何以能在亞拉臘山巔？難道是地殼變動？美國人C.J卡佐和S.D斯各特認為：
就算發生過諾亞時期的大洪水，即5000年前被幾英裏深的大水蹂躪過，那麼，今天地球表麵會成什麼樣子呢？就連最高的山也會顯出流水侵蝕的痕跡。但實際上並非如此。此外，1.2萬年前冰封的地區，總該有被水改變過的跡象，可它們依然如故。不管海拔多少，那些外露的冰川斷層仍保持原始狀態。
從科學觀點來看，曆史上有人見過諾亞方舟的說法是無說服力的。如果方舟在5000年前終於擱置在亞拉臘山的山頂附近，那它很可能早就被冰川運動轉移到了較低的高地。方舟至少在某種程度上已支離破碎，木頭撒遍了亞拉臘山的較低山坡。就我們所知，從來也沒人找到過這樣大宗的木頭，更不用說方舟的殘骸了。
人們所提供的“方舟”照片，顯然都是模糊不清的，並且需要豐富的想象力，以便從點綴山峰及其附近斜坡上的許多形狀相似的天然輪廓中辨認出這巨形方舟。說到納瓦拉找到的“方舟”木頭，從3個不同實驗室得出的若幹齡期值表明其齡期介於1250~1700年，年代太近，因而不符合“方舟說”。
可以設想出5000年前在美索不達米亞地區發生的一場大洪水，諾亞家族預見到當地的江河有泛濫之征兆。於是他們造了一隻船，貯藏了足夠的物資，出於自然的衝動，給牲畜留出了艙位。那場洪水使生命財產損失巨大。數天之後，那隻船擱淺在某一高地或丘陵上。隨著時間的消逝，這件大事的傳說就作為家喻戶曉的諾亞方舟故事而留傳了下來。卡佐和斯各特的看法有一定的科學性。
最令人震動的消息還是近年的事。美國學者戴維在亞拉臘山以南的烏茲恩吉利附近的穆薩山頂上發現了一艘大船，這個村莊與史書上所說的尼塞村位於同一地點。該船船頭呈洋蔥狀，船身長164米，長度基本上和《聖經》上記載的諾亞方舟相符。1989年9月15日，兩名美國人乘直升飛機飛越亞拉臘山西南麓上空時，發現了諾亞方舟，並拍攝了照片。駕駛員查克·阿倫說，在亞拉臘山的一處通常由冰川覆蓋的、海拔4400米的地方，發現了一隻方舟形物體，而那處地方的冰川因該地區高溫天氣而消退了。阿倫說：“我百分之百地確信，這是方舟。”他和同伴計劃1990年6月攀登這個地段，屆時將派出一個由包括地質學家和考古學家，共20人組成的考察隊。目前，至少有3個美國小隊在搜尋這艘諾亞方舟，重點放在亞拉臘山的西南麓。然而，土耳其地質學家們說，那隻是一塊經過數千年風化侵蝕而形成的頑石而已。不管怎樣，答案總有一天會出現的，那時就可以解釋《聖經》故事的真相，人類的探險如真的發現了諾亞方舟，才稱得上是20世紀的發現，是奇跡中的奇跡。