有的認為是由於氏族內部不和，為防禦和抵抗外來入侵者，不得不拋棄這些城堡，在山穀峭壁上挖洞開始過新的洞穴生活。而造成不和的原因可能主要是為了搶奪土地和水源。有的認為是惡劣氣候迫使他們離家出走。據有關人員考證，發生於12世紀和13世紀的一係列旱災使得那裏居民的生計越來越難以維持。大約到了1200年，當地人砍光了那一地區所有的樹木，進一步導致了幹旱的加劇和土地資源的惡化，糧食和水源的短缺讓他們徹底麵臨著生存的危機，並不得不遠走他鄉，離開了他們賴以生存的家園。也有人認為，他們遭遇了外敵的入侵。
然而這些說法都缺乏充分的證據來證實查科文化神秘消失的原因。我們相信，總有一天，考古學家會揭開這個謎底。
失落的印加帝國
印加帝國信奉太陽神，他們建立了高度的文明，在西班牙入侵以後，他們神秘地失蹤了，是發生了毀滅性的瘟疫呢，還是他們遁入了山林？
美洲一直是一個被認為缺失古文明的大陸，直到1911年，失落了很多個世紀的古城馬丘比丘在秘魯被發現，一段古老的文明終於重見天日。
大約在12世紀，秘魯利馬附近的庫斯科穀地中的印第安部落逐漸強盛起來，開始向外擴張，兼並周邊地區。1438年他們統治了安第斯山脈北部山區，建立了強大的奴隸製國家——印加帝國。16世紀初，印加帝國達到鼎盛時期，曾控製南美洲廣大土地，人口多達600萬，建都於庫斯科。印加帝國雄霸一方，他們信奉太陽神，建立了完善的農業體係。他們還有進步的政治製度，能夠推動完善的法律來治理百姓，絕不以嚴刑峻法苛難。
印加人沒有文字記錄，人們普遍使用的記錄符號是“結繩文字”，即用不同顏色、不同距離、不同大小的繩結來記事、記數。
1532年，印加帝國正當全盛期，擁有600萬國民，掌握了當時先進的有色金屬冶煉、加工技術，能製造出一流的冷兵器，還有像馬丘比丘那樣險要的城堡可堅守。可是數百名西班牙殖民者闖入印加帝國後，印加末代國王圖帕克被斬首，很短的時間內帝國就消亡了，馬丘比丘的印加文明失落了。
據口傳曆史記載，在印加帝國到了多拿卡巴克王統治時，造成了印加無與倫比的盛世。多拿卡巴克王死後，把印加帝國分為兩部分，傳與瓦斯卡爾和阿達瓦爾巴兩個兒子統治。在1532年，兄弟反目，印加帝國因兩位王子爭奪王位而爆發內戰，印加人形成了派別，開始了血腥戰鬥。正值印加人因分裂而國力日衰之際，殘暴的西班牙冒險家們乘虛而入，他們攻擊印加人，瘋狂掠奪黃金。在這個動蕩紛亂的帝國中，他們巧妙地攫取了意想不到的利益。一支百餘人的隊伍輕而易舉地戰勝了數萬人的印加軍隊。武器的先進固然是一個因素，但事情顯然並非這般簡單。西班牙人的勝利完全是由印加人自己拱手送上的，內亂已經使他們筋疲力盡了。
由於印加人民沒有發明文字記載，使得遺留下來的問題更具神秘性。又有一班學者根據印加人的記錄，大膽推測當時印加帝國雖然擁有高度發達的文明，但卻被突襲而來的恐怖瘟疫橫掃全國。然而就算是發生瘟疫，難道當時的西班牙人具有免疫力？即使印加人真的發生瘟疫，怎麼能夠使600萬人全部消滅殆盡呢？
也有學者認為，在西班牙人入侵印加帝國後，另一位國王瓦斯卡爾率領著數以百萬的印加人深入蠻荒的安第斯山中，在整座山上建築藏身的棲息之所，打算再度恢複當年的印加勢力。然而，大瘟疫再次襲來，殘存的印加人無力再重振勢力，隻得繼續逗留在叢林中，埋葬死者，消滅遺跡。為了避免再度引起紛爭，他們銷毀了高度發達的文明，企圖掩飾當年印加帝國的強盛，然後以最簡單的方式，聚集部落為生，形成今日印第安人的祖先。
實際上，近年來許多考古學家在綿延的安第斯山脈中，陸續發掘到許多印加帝國的遺跡，證明印加人確實曾經拋棄辛苦經營的帝國，而在蠻荒的山地中再建王國。
古老的印加帝國遺留下來的重重疑雲，為古老帝國的神秘滅亡增添了點點色彩。印加帝國消失的真正原因有待於曆史學家、考古學家們繼續考證，為它尋求一個正確的答案。