德國傘兵們俘獲了約900名英軍和1450名希軍，其中軍官21名。德軍僅死亡63人，傷158人，失蹤16人。
這次軍事行動打開了伯羅奔尼撒半島的大門，加速了克裏特島之戰的進程，並保衛了康斯坦薩—博斯普魯斯—科林思這條軸心國重要的海上通道，此外便是引人注目地使用了傘兵部隊。
這次使用傘兵的經驗加上先前在荷蘭、比利時的經驗，也就明確了德軍在今後如何使用傘兵的具體方法。
在同希臘作戰進行之際，德第十一空軍司令施圖登特曾於4月20日親自向戈林作過報告。還可以肯定的是，就在第二天，進而呈報希特勒後，“水星”作戰計劃終於決定，即從空中奪取克裏特島。
德軍最高統帥部作戰局一份研究報告表明這樣一種觀點，即在戰爭的現階段，鑒於馬耳他島位於地中海中央，應在奪取克裏特島之前首先奪取馬耳他島。但那時對蘇作戰即將開始，希特勒的戰略重點日益東移，因此他的注意力更多地集中在巴爾幹地區、東地中海、埃及和中東。希特勒在指令中相當明確地指出，奪取克裏特島的目的是要把該島作為對付東地中海英軍的空軍基地。
盡管第二十八號指令中沒有明顯地涉及奪取克裏特島的戰略企圖，但可以推測出，在4月21日那次重要的會議上，施圖登特將軍向希特勒闡明的意見，與他在成功地奪取克裏特島之後作戰報告中所強調的想法相同。
他寫道：
我軍必須占領克裏特島，因為奪取它是將英軍逐出大陸後保衛軸心國的康斯坦薩—科林思—意大利這條至關重要的海上通道的唯一手段，也是為了保證希特勒得到羅馬尼亞的石油供應的唯一可行手段。
克裏特島在德國人手中將有如下作用：
實際上等於把英國艦隊驅逐出愛琴海；標誌著英國在東地中海的地位受到很大的削弱；為德國空軍攻擊埃及，尤其是蘇伊士運河，提供了一個有利的基地。
希特勒在命令中規定應於5月15日進攻克裏特島，由戈林負責指揮。空降登陸軍擔任主攻，由已進駐地中海地區空軍基地的德國空軍部隊和在西線已負盛名的第二十二師實施支援。
不過，第二十二師還駐在布加勒斯特地區，而且由於所有可用的運輸機急需為實施進攻蘇聯的“巴巴羅薩”計劃做準備，因此趕不上參戰。數日後，由林格爾將軍指揮的第五加強山地師代替第二十二師進入希臘。
在整個“水星”作戰計劃的實施過程中，希特勒對擬定的對蘇作戰有種焦慮不安和迫不及待的心情。他毫不掩飾地催促加速作戰準備。他要求所有參戰部隊不要希望在現有兵力以外再增加部隊，作戰部隊的空運行動絕不能耽誤“巴巴羅薩”作戰部署，空降登陸軍完成任務之後應立即撤出，另有他用。
由此可見，德軍從一開始就麵臨著時間緊迫的問題，而且在整個作戰過程中一直如此。這使德軍不得不頻繁地變更部署，因此造成了不堪設想的嚴重後果。
其原因是對於傘降與機降作戰來說，精確地選擇時間是成功的關鍵。然而，巴爾幹之戰大敗英軍的勝利使德國戰爭決策者興奮至極，他們信心十足地認為這次作戰已勝利在望。