得知紅毛來犯，巡撫鄒維璉至月港指揮明軍艦隊，在當地誓師，令鄭芝龍為前鋒，親自渡過海澄，誓師督戰。10月17日，明軍得知荷蘭艦隊以及海盜艦隊位置以及規模（夾板船9艘，海盜50多艘），下令福建所有明軍水師出擊。18日，明軍在銅山外海與荷劉聯軍激戰，雙方互有損傷。
不管是中左所遭遇襲擊，還是這兩個月與荷劉聯軍大大小小的接觸戰，損失最重的還是鄭芝龍。損失的人馬既是部下又是綠林兄弟，因此，除了明朝官方安排的賞格外，鄭芝龍本人動用了江湖令。他用自己的私人金庫對手下發出賞格：參戰者每人給銀二兩，若戰事延長，額外增給五兩。每隻火船16人，若燒了荷蘭船，給銀二百兩16人分，一個紅毛人頭給銀五十兩。
當時朝廷的七品官月俸也不過白銀五兩左右，這個賞格相當之高。高賞格加上江湖義氣激起的憤怒，使得鄭芝龍的部下士氣高漲。在明軍積極備戰時，荷蘭人也不敢怠慢，他們集合了大員所有的戰艦，並征用了巴達維亞來大員送貨的幾艘武裝商船，嚴陣以待。這以後的一段時間裏，雙方重兵集團互相搜索，互尋戰機。
在這緊要當口，鄭家滿載三十萬兩白銀的貨船到達了博輔，並帶來了鄭芝龍的口信，“邀請”瓊州營北上助陣，參與決戰。為了避免跨省作戰的麻煩，還準備了福建巡撫衙門請求廣東巡撫衙門調撥瓊州營助剿紅毛的公文。
公私兩方的理由都有了，劉燁沒有等待廣東巡撫衙門的命令，就下令早就枕戈待旦的瓊州營擇日出發，來個先斬後奏。
這件事他很有把握，來自廣東官方的阻力幾乎不會有：一來巡撫慕天顏和他的私交密切；二來剿滅紅毛是崇禎下的聖旨，自然不會有人反對。
至於那三十萬兩買炮的貨款，被劉燁毫不客氣地收下了，其中大部分撥付給了造船廠和兵工廠，用於一千噸戰艦的建造和武毅級戰艦產能的擴充，以及配套艦炮的鑄造，這兩處地方現在是整個瓊州營體係最需要銀子、消耗也最多的所在。艦隊出發之前，臨時參謀處召開了第二次會議，製定此行的作戰計劃。
一切計劃和部署都是圍繞劉燁的戰略目標進行的。劉燁提出了明確的要求：第一，海戰中，瓊州營海軍隻能作為預備力量最後投入戰場，不能充當炮灰；第二，明修棧道、暗度陳倉，如果鄭芝龍占上風，另派一支力量抄荷劉聯軍的後路，占據熱蘭遮港口，盡可能地俘虜海盜和荷蘭水手，擴充海軍的力量。反之，如果鄭芝龍潰敗，則直撲安平，俘虜鄭氏族人，作為要挾鄭家殘部歸順的籌碼。
“不管哪家戰敗，接受其殘部都可以增強瓊州營海軍的力量。”劉燁強調，“鄭家和劉香的手下都是戰鬥經驗豐富的海盜，荷蘭人的水手更是經過訓練的職業軍人，若是全部葬身大海也太可惜了。”
以嚴光為首的臨時參謀們有些頭疼。將軍的第一個要求不難做到，到達戰場之後，不到合適的時機不衝到一線就行了。可是第二個要求就很有些難度了，關鍵在於其不確定性。
鄭家與荷劉聯軍大戰，誰輸誰贏都有可能，哪一方都沒有壓倒性的優勢，而到底是該把機動力量布置在東番島還是安平，這是一個隻能二選一的選擇題，不存在騎牆觀望的可能。
李飛指著地圖闡述自己的想法：“以鄭芝龍一貫的作風，肯定是以炮船壓陣、火船攻擊為主，那麼決戰的地點不會在大洋深處，很可能是在沿海某處地方，加上紅毛沒法堂而皇之登陸上岸，隻能在附近的島嶼補充給養，那麼雙方決戰有可能是在澎湖、金門、南澳這幾個能夠補給的島嶼周圍。那麼問題來了，我們抄後路的船隊該藏到哪兒才不會被雙方發現呢？”