第二功能係統由許多感覺通道的腦區構成，如視覺區、聽覺區、一般軀體感覺區等。每個感覺通道的腦區又可分成一級、二級、三級等不同等級的感覺皮層區。其中一級區是外界刺激信息的直接投射區，如是視覺的直接投射區，第41、42區是聽覺的直接投射區，第1、2、3區是軀體感覺的直接投射區，它們都是不同感覺皮層的一級區。一級皮層區具有髙度變化的功能，它負責對刺激的免疫通道的特性做出反應。當一級區受到損傷時，患者將喪失視覺、聽覺或軀體感覺的能力。二級皮層區位於一級皮層區的附近，負責對該通道信息進行綜合。
當二級區受到損傷時，患者仍保留初級的感覺能力，但產生各種形式的失認症。位於枕葉、顳葉、頂葉的交界處，是視覺、聽覺和軀體感覺的重疊區。它的基本作用是實現對信息的空間整合和時間整合，反應事物的聯係和關係。當這個腦區受到損傷時，患者將喪失各種同時性的空間整合的能力。
(三）第三功能係統
也叫行為調節係統，是負責編製行為程序、調節和控製行為的係統。它包括額葉的廣大腦區。其中一級區是皮層運動區，位於前中央回內，是運動的直接投射區。由大腦發出的各種動作指令，通過這個區域直接調節身體各部位的動作反應。二級區稱運動前區，位於運動區的前方。其主要作用是實現對運動的組織，製定運動的程序。三級區位於額葉的前麵，主要作用是產生活動的意圖，形成行為的程序，實現對複雜行為形式的調節與控製。當這些腦區受到破壞時，患者將產生不同形式的行為障礙。
神經心理學研究證明，前額皮層受到損傷的患者將喪失計劃與組織行動的能力，果與原有計劃、目的進行對照，也不能矯正自己的行為。
如認為，人的各種行為和心理活動是3個功能係統相互作用、協同活動的結果，其中每個功能係統又起各自不同的作用。仏如的研究，特別是關於心理功能定位的研究，豐富和發展了腦功能的理論。
四、模塊學說
隨著認知科學和認知神經科學的發展，20世紀80年代中期提出了有關腦結構和功能關係的模塊學說如這種學說認為，人腦在結構和功能上是由高度專門化並相對獨立的模塊組成的。這些模塊複雜而巧妙的結合，是實現複雜而精細的認知功能的基礎。認知神經科學的許多最新的研究成果支持腦功能的模塊學說。例如，在視覺研究的領域已經發現，猴子的視覺與大腦區有關：顏色、運動和形狀知覺在功能上屬於不同的模塊，它們之間的精細分工和合作，同時在解剖上這些模塊分別定位在腦的不同部位。最近的一些神經心理學研究，甚至發現不同類別的詞彙或概念可以分屬於不同的功能或解剖模塊，例如研究證據表明，顳葉的某些腦區損害，導致有關工具的詞彙或動詞的識別障礙，這提示不同詞性的詞彙或不同功用的詞彙可能屬於不同的模塊。當代的認知神經心理學研究，正試圖沿著這一方向發現更多的功能分離的證據，為解開腦的奧秘做出進一步的貢獻。
第四節行為的生物學解釋
動物和人類的行為極其複雜多樣，但我們可能要問為什麼人和動物有這樣或那樣的行為？最常見或最直接的解釋是他（她）想這樣做，他（她）想嚐試這樣做，他（她）有這樣做的意圖。但是對很多行為來說，我們並不能發現其目的或其明確的意圖。例如每年秋天4個月大的候鳥就能跨越千山萬水從北方遷徙到南方，來年的春天在南方下蛋孵化，並保護雛鳥免受侵害。在這一係列的行為中，很難說鳥的這種行為有什麼意圖，事實上人類的一些行為也無明確的意圖，例如人們在困倦的時候常常打哈欠，這種行為也很難找到它的意圖。
然而從生物學的觀點，卻可以解釋很多行為學的問題，也就是行為的生物學解釋。研究證明，多數動物或人類的行為有著生物進化上或功能上的意義，也有著各自的生理基礎，在個體發育中也常常受到各種環境因素的影響。也就是說，我們大概可以從以下4個方麵為各種行為找到生物學上的基礎：生理學基礎、個體發育基礎、生物進化以及功能學的基礎。
行為的生理學解釋是將行為和腦或其生物器官生理相聯係，尋求其行為的使然。這種解釋著重於機體的機械部件和作用途徑。例如是什麼化學物質使得激素影響大腦的運作，通過什麼途徑使得大腦實現對肌肉運動的控製等。
行為的個體發育解釋如是為了尋找和描述行為和結構的發育和發展的過程，這從基因、營養、經驗以及這些因素的相互作用等方麵，尋找行為產生的原因。
行為的生物進化解釋從生物進化的觀點尋找各種行為的原因。例如，當人類突然麵臨某種傷害性的刺激或動物的攻擊時，最常見的行為反應是“毛骨悚然”（身體上特別是肩臂部的毛發豎立的樣子）。事實上在人類這種立毛反應已毫無價值，但在動物中，這種毛發的豎立常常增大動物的體積，可以產生一種令人恐懼的樣子，這種樣子可能會令具有傷害性動物不敢靠近或離去，從而保護自身。雖然在今天的人類社會環境中，“毛骨悚然”的行為已經喪失了自身保護的功能，但我們可以從人類遠古的祖先那裏找到“毛骨悚然”進化的源頭。
行為的功能解釋，是描述某個結構或行為為什麼如此。在一個很小的生物群落裏，基因的傳播是通過一種叫做基因漂移。例一個部落中，首領有很多後代，那麼他的基因就通過這些後代傳播下去，這是一個被動的過程。而在一個龐大的群體中，基因的傳播可能會發生優化，這一優化的過程實際上就是進化的過程。例如某些種係的動物能隨著環境顏色的變化來改變自己身體的顏色，以利於自身的保護。行為的功能解釋就是尋找某些行為所具有的某種有利於行為者自身逃避攻擊的特征。
我們在理解動物或人類的行為時，可能找到4種解釋中的一個或多個解釋。這樣我們可能就能夠全麵理解行為在種係中產生和發展延續下來的原因，也可以了解行為的演變和功能所在。
第五節行為的自然與後天獲得
每個個體的行為取決於他的基因和後天的環境。到底我們的行為是基因決定的還是後天環境的學習的結果，這是一個科學界爭論的焦點問題，也是貫穿生理心理學對各種心理和行為研究的思想性問題。
一、基因對行為的影響
生物學家熱衷於談論某種特征的基因，如藍眼基因或癌症基因等，這並不是說是這些基因直接導致了某種行為或特征，而是這些基因產生了某種或某些蛋白質，這些蛋白質在體內或體外的其他環境影響下導致了某種特定行為或特征的形成。同樣，如果我們說到抑鬱基因，或其他心理行為的基因，也不意味著這種基因直接產生了這種行為，而是這種基因在一定的內、外環境作用下，使得個體更容易產生抑鬱行為的傾向。
精確地闡述一個基因導致某種行為的機製是十分複雜的。聲的是較為直接的，有的則是間接的影響。例如增高的基因使得個體容易在籃球方麵發展，卻在某種程度上限製了他從事小提琴方麵的訓練。這種基因對行為的影響是間接的，與環境因素關係很大。
因此，我們可以想象幾乎所有行為都受到基因的影響，有的是更直接的，有的是間接的。例如，同卵雙胞子和領養子的研究表明，遺傳因素甚至可以影響到有些與文化有關的行為，例如，看電視、宗教信仰、社會的責任感、興趣和愛好等。但我們尚不清楚是什麼基因或哪些基因的組合影響了這些複雜的行為。要點是，影響軀體特征的基因同樣影響行為，影響這種行為的基因可能也以某種方式影響另一種行為。我們不能假設一個基因對應一種行為，或一個基因對應一種行為的異常或障礙。