元朝統治階級推行民族壓迫和階級壓迫政策的結果，使階級矛盾日趨尖銳，人民處於水深火熱之中。至正四年（1344年）黃河南北大饑荒，第二年瘟疫流行，“民之死者半”，不少地方出現了人吃人的慘狀。元朝末年，各族人民的反抗鬥爭和起義活動此伏彼起。而元末大規模農民戰爭的爆發，是從韓山童、劉福通發動治河民工起義開始的。
明太祖朱元璋
元朝末年，水利失修，黃河決口，元朝政府強征15萬民工，在2萬戍軍的監督下，重開黃河故道。廣大河工在官吏和軍隊的奴役下，苦不堪言。韓山童利用秘密宗教組織白蓮教會作為聯絡工具，在治河民工中秘密發動。他們宣傳“彌勒佛下生，明王出世”。劉福通等人利用民族矛盾，提出了恢複宋朝的口號，說韓山童是宋徽宗的八世孫，“當為中國主”。他們還在修治黃河的要道上，事先埋下了一個一隻眼的石人，然後四處散布童謠：“石人一隻眼，挑動黃河天下反。”治河民工在河道上挖到石人，看到石人背上刻有：“莫道石人一隻眼，此物一出天下反”，大為驚訝，以為童謠應驗了，該造反了。
韓山童、劉福通抓住這個時機，於1351年5月在潁州境內正式起義。起義者頭纏紅巾作標誌，所以稱紅巾軍或紅軍。又因都燒香拜彌勒佛，所以又稱香軍。義旗一舉，各地貧苦農民紛起響應，隻3個多月，起義軍就發展到10萬人。邳州人芝麻李（李二）、趙均用等人率起義農民攻占徐州；王權（布王三）等起義農民攻占鄧州、南陽，定遠人郭子興率起義農民攻下濠州（今安徽鳳陽）。以上均屬北方紅巾軍係統。同年8月，徐壽輝等在蘄州起義，攻下蘄水縣和黃州，建立天完政權。南方各地白蓮教徒和農民紛起響應，孟海馬等占領襄陽。他們也以紅巾為標誌，屬南方紅巾軍係統。除了南北兩支紅巾軍以外，先後起義的還很多，較著名的有張士誠、方國珍等，活動於今江蘇、浙江一帶。一時間，大半個中國都燃起了起義的烈火。
韓山童起義不久就被捕犧牲。1355年，劉福通擁立韓山童之子韓林兒為小明王，建國大宋，年號龍鳳，建都亳州。他們打出“重開大宋之天”的旗號，並發表文告，揭露“貧極江南，富稱塞北”的不平等現象，以聯絡、號召各地起義軍。
劉福通為了進軍大都，推翻元朝，於1356年9月派三路大軍北伐。東路軍勢如破竹，直抵大都近郊，嚇得元順帝也準備逃離大都。中路軍從山西北進，攻下元上都，又揮戈東進遼陽、高麗。但由於三路大軍沒有互相配合，都是孤軍深入，所以都被元軍各個擊破，北伐失敗。在元軍的反撲進逼下，劉福通退守安豐（今安徽壽縣）。1363年2月，已投降元朝的張士誠派兵圍攻安豐，劉福通英勇犧牲。
南方紅巾軍中由彭瑩玉率領的一支，轉戰江西、安徽、江浙一帶。他們提出“摧富益貧”的口號，所到之處，官僚、富豪聞風喪膽，貧苦人民紛起響應，幾乎摧垮了元朝在東南半壁的統治。但是，1353年11月，彭瑩玉不幸犧牲，南方紅巾軍受到嚴重挫折。徐壽輝建立的天完政權，雖然攻占了漢陽等許多城池，但內部卻發生了分裂。1360年5月，陳友諒殺徐壽輝，自稱皇帝，建國號漢，改元大義。天完政權的另一將領明玉珍出走四川，建立夏政權。