傳說中的神醫扁鵲能用針灸治病，千百年來人們對此深有探究。中國神秘的針灸醫術起源於何時呢？這兒有一個傳說：遠古時一位打獵的人鼻子上中了一箭，這一刺卻治好了獵人長久未愈的頭痛病。這個傳說看似神奇，但並非毫無道理，這種醫術的起源似乎可追溯到石器時代，因為在不同地方的石器時代遺址中，均出土了大量用來戳皮膚的石製尖銳工具。
上古時，人們以草熏體表，以砭石或荊棘、骨針等刺激人體，這是最早的針灸術。《淮南·務修訓》記載有“庖犧（伏羲）製九針”。“所謂九針，為、圓、、鋒、鈹、圓利、毫、長、大針”，除用於外科按摩外，也有用於針灸者。針灸主要內容是通曉經絡，選取穴位，控製深度與針灸時間等。
在湖南長沙馬王堆漢墓中出土的帛書中，有先秦的《足臂十一脈灸經》、《陰陽十一脈灸經》，書中記載有齒脈、耳脈、肩脈等，可知扁鵲用針灸等法治虢太子“屍厥”時，醫家已善用針灸術。書中還專門記述了用灸法治療各種疼痛，各部位痙攣，煩心、惡寒等多樣病症。戰國時代的醫書《黃帝內經》中多方麵記述了針灸的適應症，並論述了各種髒腑疾病的針灸療法。目前所知最早的金針實物是河北滿城出土的西漢金針。
《十一脈灸經》殘片醫籍中的《靈樞經》奠定了針灸的理論基礎。東漢末皇甫謐編著了一部《黃帝三部針灸甲乙經》，簡稱《甲乙經》。它是以古代的《針經》（後世認為即《靈樞經》）、《素問》、《明堂孔穴針灸治要》三部書彙集整理而成的。全書總共12卷，128篇，是皇甫謐對針灸古書“使事類相從，刪其浮辭，除其重複，論其精要”的辛勤勞動結晶。書中詳細地記載了全身649個經穴的部位和主治疾病、針刺分寸、艾灸壯數，並提出了較為科學的針灸操作方法和禁忌等，是一部係統地總結前人用針灸治病的臨床經驗著作。唐代孫思邈、王燾繪製的彩色針灸掛圖有重要學術價值。宋元太醫設有針灸科。天聖間（1023～1032年）王惟一的《銅人腧穴針灸圖經》，統一周身651個穴位，並設計、監製兩具銅人以測試考生。元末滑壽的《十四經發揮》成為日本針灸取穴的依據。明代楊繼洲的《針灸大成》彙收古籍、家傳針灸理論，為針灸學的重要文獻。孫思邈等描繪的針灸圖針灸術簡易、方便、應用範圍廣。對內科、外科、婦科、兒科、五官科等各種疾病的預防和治療都有顯著的、迅速的療效，沒有或很少有副作用。
針灸術不僅對我國醫療事業有很大影響，而早在秦漢時期就已傳到朝鮮、日本、東南亞和中亞地區。宋元以後，隨著海路航運事業的發展，針灸術也被介紹到歐洲一些國家去造福人類。
1958年，我國的醫務工作者在繼承古代針灸術的基礎上，用針刺麻醉代替藥物麻醉施行外科手術獲得成功，這引起國內外醫學界的極大興趣。針刺麻醉是以針刺穴位，使病人能在清醒狀態下接受手術的一種局部麻醉方法。它不用麻醉藥，病人神態清醒，能主動配合，生理幹擾少，術後恢複快，尤其適用於不宜進行藥物麻醉的病人。針刺麻醉安全、簡便、經濟、有效、沒有痛苦，受到人們的普遍歡迎。
在20世紀70年代，以中國向全世界公布針刺麻醉的研究成果為契機，國際社會掀起了一股渴望了解針灸學和應用針灸治病的熱潮，這是一次世界性的針灸熱潮。因為對針灸的學習，西方醫學界漸漸消除了對針灸的誤解，一部分外國人還對其產生了濃厚的興趣，成為應用、研究與推廣針灸的主要力量。在針灸國際化的進程中，世界衛生組織發揮了重要的推動和引導作用，如在一些國家設立針灸研究培訓合作中心﹑支持並創建世界針灸學聯合會﹑製定《經絡穴位名稱國際標準》、《針灸臨床研究規範》等。現在，在世界各國，已有140多個國家和地區開展針灸醫療，從事針灸的人數有20萬～30萬人。
20世紀下半葉，針灸臨床的側重點在於觀察與總結針灸的適應症。而20世紀90年代，針灸的臨床應用範圍已擴大到4個方麵，即經絡診斷，針刺麻醉，針灸保健、針灸治療。針灸現在可以治療的病症達800多種，其中30%~40%治療效果顯著，包括一些常見疾病，功能性疾病，慢性病。某些疑難病症與急性病用以針灸輔助更見療效。
進入21世紀，隨著針灸醫療的副作用小、消費少等優勢被世界各國人民漸漸認知，立法確認及提高臨床水平、向疑難病症挑戰就成了必須解決的問題。在立法上，由於各國的承認和聯合國的推廣，許多國家都已經確立並完善了法律管理，而且對針灸從業人員的考試和資格認證進一步規範；在研究上，用針灸治療或輔助疑難病症也漸顯苗頭，如小劑量藥物穴位注射治療萎縮性胃炎，火針治療慢性骨髓炎，舌針治療腦性癱瘓、帕金森症等。由此可見，針灸這一偉大的醫學學科還有更大的潛力值得發掘。