1596年的一天，在法國西部圖蘭省和布瓦杜省交界處的小鎮拉埃（現名拉埃—笛卡兒），一個嬰兒來到了世上。父親望著孱弱的孩子和躺在床上的母親，一籌莫展。母親生下這個孩子後就病倒了，不久就去世了。
父親是一個有名的紳士，也是一位律師，是布列塔尼省的參議員。他麵對失去母親的嬰兒不知如何是好。多虧了家中的保姆願意照看這個孩子。這個孩子高燒不退，許多大夫束手無策，父親非常擔心他也會隨母親而去。在保姆的精心護理下，孩子居然活了下來，父親因此給他取名為勒內·笛卡兒。Rene’在法文中是“重生”的意思。
不久，父親又結了婚，娶的是一位布列塔尼省的女人。他們一起住在布列塔尼省，把小笛卡兒交給保姆來照顧。因此，笛卡兒自幼就失去了母親和父親的關懷，這也許是他生性孤僻的原因。
小笛卡兒在保姆的照看下，一天天地長大了。
白天保姆領著他在莊園裏散步，指給他識別各種植物的昆蟲；晚上保姆給他講許多優美的故事，講得最多的是《聖經》裏的故事。小笛卡兒總是刨根問底，想知道每件事情的原因。
一次，保姆給小笛卡兒講《聖經》裏諾亞方舟的故事，小笛卡兒問保姆：
“那個方舟多大呀？”
“要造多長時間才能造成啊？”
“從進到方舟裏到出來是多少天呢？”“他們儲存的糧食夠吃嗎？”……
保姆耐心地一一回答小笛卡兒的提問。有時笛卡兒還扳著自己的小手指頭算著、數著。好長一段時間，小笛卡兒都在想象那個方舟的形狀，想象著它在水裏是個什麼樣子，會不會翻轉。
保姆有時也給他講希臘羅馬的神話傳說。小笛卡兒最感興趣的是太陽神阿波羅和科學女神繆斯。他問保姆：“是不是繆斯什麼都知道？那我有不知道的事情是不是可以問繆斯？”保姆總是很慈愛地摸著他的頭說：“是的，是的，我的孩子。”保姆每次見到他的父親都把這些事講給他聽。父親用欣賞的目光看著小笛卡兒。小笛卡兒問父親：“父親，這世上的一切事物都是神創造的嗎？”父親說：“是的。”“那麼，我呢？我是神創造的嗎？”父親無法回答了。
小笛卡兒很無奈地搖了搖頭。父親坐在高背的椅子上笑嗬嗬地拍著小笛卡兒的肩說：“我的小哲學家，你是要把世上的一切問題都弄懂嗎？”小笛卡兒認真地點點頭：“是的，我會的。”父親看著小笛卡兒一本正經的樣子，開懷大笑起來。
在這樣的環境中，小笛卡兒長到八歲時，父親對小笛卡兒說：“我的小哲學家，你該上學了，願意嗎？”小笛卡兒在保姆給他講的故事裏，聽到過許多學校裏的事，他早就向往著那樣的生活啦！見父親這樣問他，高興得直點頭。
父親說：“我想送你去拉夫賴公學讀書，那裏的教育是全麵的、高級的，但是會很累，孩子，我怕你的身體吃不消。”小笛卡兒說：“爸爸，我願意去。我喜歡一流的學校，我要成為最好的學生，累一點我不怕！”於是小笛卡兒被送到法國國王亨利四世創立的並由神父們經辦的當時最有名的學校之一——拉夫賴公學，在那裏學習拉丁文、希臘文、詩學、物理學、數學、邏輯學、道德學、形而上學等課程。這給他一生的學術生涯打下了穩固的基礎。
拉夫賴公學彙集了來自四麵八方的貴族子弟。可是，校長獨獨喜歡好提問題的小笛卡兒。每天早晨要很早就開始上課，小笛卡兒堅持了沒幾天就病倒了。校長親自去探問，小笛卡兒嚅嚅地說出了原因。原來，他習慣睡早覺。學校的生活打破了他原來的生活規律，加上身體本來就虛弱，因此病了。校長馬上決定他可以不那麼早去教室，允許他一直睡到他想去教室的時候。