4力排眾議，進軍新疆
麵積達166萬平方公裏的新疆，古稱西域，自古就是中國的領土。它地闊人稀，自然資源十分豐富。清朝從康熙時起就積極經營新疆，並在新疆建立起了有效的統治。由於大清王朝日益走向腐敗、黑暗，對新疆人民又實行種族高壓政策，加上外國侵略勢力的煽動以及太平天國和撚軍及回民起義的影響，新疆曾多次掀起大規模的反清浪潮，建立了許多地方割據政權。由於民族矛盾錯綜複雜，這些被少數民族上層封建主把持的割據政權相互攻城掠地、混戰不休，給新疆人民造成了巨大的痛苦和災難。
就是在這樣的情況下，回族封建主金相印為擴充勢力，竟勾結境外浩罕國的阿古柏入侵新疆。阿古柏采取武力強奪和陰謀攫取的手段，幾乎控製了整個新疆，對新疆人民實行殘酷的殖民統治。處在水深火熱之中的新疆各族人民強烈要求清朝政府出兵平叛，收複被占國土。
當時英、俄政府企圖利用阿古柏偽政權，獲取更多的權益。它們不顧國際慣例，竟然承認阿古柏偽政權的“合法”性，與之通商，建立“友好”關係。阿古柏也欲借助英俄的勢力鞏固和擴大自己的“成果”。這些侵略者臭味相投，狼狽為奸。被左宗棠打敗的劣回頭目白彥虎也脅迫大批回民竄至新疆，投靠了阿古柏，使阿古柏的勢力得到進一步加強。與此同時，沙俄利用阿古柏入侵造成的有利形勢，以中國政府不能控製伊犁、有效地保護俄僑為借口，派兵強占了伊犁，使本來就惡化的西北局勢雪上加霜。
伊犁地區，在經濟上是富庶之地，物產豐富，被稱為新疆西部的糧倉；在軍事上，它是北疆的門戶，易守難攻，連英、法人都稱伊犁是中國鎮守新疆的一大炮台。清廷也認識到伊犁的重要性，於同治十二年(公元1875年)詔令金順迅速赴古城(奇台)會同景廉規複烏魯木齊；令穆圖普赴安西、王玉等以壯聲威；令張曜、宋慶赴哈密；令左宗棠統籌糧餉。“屋漏偏逢連天雨”。海疆危機這時如大潮洶湧而來，從而導致了一場激烈的海防、塞防之爭。
以直隸總督李鴻章為首的一批督撫大臣，認為“海防”、“塞防”力難兼顧，主張暫棄新疆，移西征之餉於海防。其理由如下：1．新疆與內地的關係不如沿海密切，新疆為肢體之患，而海防為心腹之患；2．當時財政極其困難，陝、甘用兵已使各省財枯賦竭。再用兵新疆，不但勝負難料，僅轉運之費較甘肅就要增加幾十倍；3．新疆地處僻荒，和平時期內地就要支援其300萬兩白銀的軍事費用，所以失之不損；4．新疆國際關係複雜，英俄染指相爭，不如暫且由之，以待時機。海防派的看法並不是完全沒有道理的。遠在西北邊陲的左宗棠得到總理衙門的谘詢之後，立即上疏痛陳海防、塞防不可偏廢。他認為：第一，新疆是中國西北的屏障，保新疆即保蒙古，保蒙古即拱衛京師。新疆不保，京畿不安；第二，染指新疆的各國其葸在通商，並無領土野心，如果得到商業利潤必不會輕於發難；第三，海防費用如籌劃得當可自行解決，相比之下，塞防所需餉銀很少，而且曆年欠餉很多，即使放棄西北，也無餉銀可移……放棄新疆等於自撤藩籬。左宗棠力陳要害，不避毀謗，頗有“滄海橫流，方顯英雄本色”的氣概!清廷也認識到新疆的得失與國家休戚相關，終於決定海防、塞防並舉，令左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。
年已65歲的左宗棠深知責任深重，麵前的困難有如穿行西北大漠之艱巨。西征軍事籌餉比籌兵艱難，籌糧又比籌餉更艱難，而籌運又比籌糧困難更甚。由於路程十分遙遠，各地城池相隔動輒數百上千裏也不為稀奇，一路沙漠戈壁縱橫，水源奇缺。針對這一現狀，左宗棠深思熟慮，首先統一了事權，精兵減員，製訂了“緩進急戰”的戰略部署。西征兵員經淘汰裁員以後，有金順所轄39營，張曜14營，劉錦棠24營，徐占彪5個營，共82營，兵員約8萬人。預計第一年需餉銀1000萬兩，以借洋款，政府撥款，各有關銀號接濟解決。籌糧一事統籌安排，分節轉運。運法上，車騾所運雖多但消耗過大，車裝騾負的糧草走30天，就把所裝糧草消盡；駱駝運載雖少，走30天尚有餘糧，如行經草地所需更少。由於萬裏轉運，費用極大，每100斤糧運費就需8到15兩銀子。糧食的采購地區主要有三個：甘州、涼州、肅州一帶；寧夏、包頭、歸化一帶；另外就是在外蒙烏裏雅蘇台和科布多等地采集。通過計算，左宗棠把糧運主要分為兩路：南路以甘肅為起站，在甘肅采購糧食，用牛或駱駝運至安西，再全部改用駱駝運到哈密貯存；北路以歸化為起點，在包頭設一分局采購糧食全用駱駝經內蒙小草地運到鎮西儲存。一年運下來北路每100斤運價隻要8兩，南路卻要15兩，左宗棠又利用與俄人的交易得糧500萬石存於奇台。經過兩年多的努力，截止到1876年3月，哈密存糧達2900萬斤；奇台存糧約400多萬斤；古城、巴裏坤各儲糧1000餘萬斤。
糧食問題基本解決之後，左宗棠根據自己豐富的地理知識，知道肅州至哈密戈壁相連，水源供應一次不過千人，所以命令諸軍次遞跟進，分道聚合。為解決西征軍槍炮修造問題，左宗棠在1873年春，在蘭州的南關地方開辦了一個小型兵工廠——蘭州機器局，部分解決了槍炮的修造和彈藥的供應問題。一切準備停當，方才用兵進剿，戰事未開，左宗棠已胸有成竹、勝券在握了。
5左公樹柳，玉門春風
左宗棠嘔心瀝血，經過長期艱苦準備之後，在光緒二年(公元1876年)三月，設指揮部於肅州。四月左宗棠從蘭州馳抵肅州，指揮劉錦棠等率領的西征軍主力挺進新疆。西征軍的鐵拳伸向烏魯木齊，一時群魔喪膽。為了更有效地打擊頑敵，左宗棠又製訂了剿撫兼施的作戰方略，以收政治軍事並重之效。攻心戰略的施行既可瓦解敵軍，又可為戰後的重建奠定基礎。根據新疆南低北高的地形特點和南北不同的戰略地位，左宗棠又確定“先北後南”的進兵方針。即先收複烏魯木齊，扼其總要，然後相機南進，再整軍進取西八城，索回伊犁。左宗棠調兵遣將：令張曜部守哈密，繼續興屯，並防止阿古柏由吐魯番來犯；令徐占彪部駐鎮西以衛後路；以譚上連部為前鋒，譚拔萃部後繼，餘虎恩部殿後；令金順部迂回到濟木薩，各軍皆歸劉錦棠節製。光緒三年(公元1877年)六月，劉錦棠和金順相約進駐阜康，對烏魯木齊發動進攻。劉錦棠部克複黃田、古牧後，得知烏魯木齊空虛，以迅雷不及掩耳之勢攻占了烏魯木齊。西征軍取得一個又一個勝利，到隆冬時節已完全控製了天山北路。光緒三年三月，徐占彪部會同張曜部收複了魯克沁、哈拉等地；羅長佑部收複了吐魯番滿漢城；繼而，劉錦棠率軍收複達阪、托克遜兩城。阿古柏見大勢已去，在庫爾勒服毒自殺，其子海古拉負屍西竄，被其長兄柏克胡裏殺死。左宗棠調度各軍繼續西進，所向披靡。光緒四年(公兀1878年)二月，天山南北全部平定。清廷論功行賞，左宗棠由一等伯爵晉升為二等侯爵，劉錦棠等各路將領也悉得獎賞。