正式即位
唐高祖李淵本來是不想更立太子的，但是李建成既已被殺，就隻好同意蕭瑀和陳叔達的建議。六月七日，下詔立世民為皇太子。詔文說：“皇太子世民夙稟生知，識量明允，文德武功，平一宇內，九官惟序，四門以穆。朕付托得人，義同釋負，遐邇寧泰，嘉慰良深。自今後軍機兵仗倉糧，凡厥庶政，事無大小，悉委皇太子斷決，然後聞奏。”這裏，所謂“義同釋負”，未必是由衷之言。充分肯定秦王世民的“文德武功”，倒是體現了立賢的原則。至於規定今後軍國庶事，不分大小，一律先由皇太子處決，也就是表明李世民實際上開始執政了。
過了幾天，李淵又提出：“朕當加尊號為太上皇。”表示了要早些退位的意願。八月癸亥，製傳位於太子。甲子，李世民正式即位於東宮顯德殿。次年正月，改元“貞觀”，開創了“貞觀之治”的新時期。
對於唐太宗來說，玄武門之變的勝利雖然帶有某種偶然性，但是，皇位要由他來繼承卻是唐初政治發展的必然趨勢。眾所周知，李淵稱帝後，在百廢待舉，萬事草創的困境中，他尚能撥亂反正，承襲隋朝典章製度，製定“與民休息”的經濟政策，重新頒布均田製與租庸調法，努力恢複農業生產。同時，依靠李世民的雄才大略，次第削平各地割據勢力，完成統一大業。
武德前期，他尚能以亡隋為戒，虛心求諫。正如他自己所說：“隋為無道，主驕於上，臣諂於下，上下蔽蒙，至身死匹夫手，寧不痛哉！我今不然，平亂責武臣，守成責儒臣，程能付事，以佐不逮，虛心盡下，冀聞嘉言。”但是，很快就不行了，生活上貪圖享樂，政治上暮氣上升。
李淵晚年幾乎被眾多妃嬪所包圍，輕信寵妃讒言，政事諉之裴寂。他曾令貴妃們攜帶珍饌、寶器，來到裴寂宅第，“宴樂極歡，經宿而去”。武德六年，任命裴寂為尚書左仆射，賜宴於含章殿。
李淵對裴寂說：“公為台司，我為太上，逍遙一代，豈不快哉！”可見，李淵已經喪失了當年的銳氣，隻想做個逍遙享樂的太上皇。這樣的精神狀態，當然是不可能繼續處理好軍國庶事了。
特別嚴重的是，李淵沒有妥善地解決武德後期的主要矛盾，即皇位的爭奪問題。他明明知道世民有“削平海內”之功，能力超過李建成，決不會居於李建成之下，但是，一直站在嫡長製的傳統立場上，認為“建成年長，為嗣日久，吾不忍奪也。”他妄圖使太子、秦王和齊王各謀其位，相安無事，其結果反而加劇了兒子們之間的互相爭鬥。
直到發生事變那一天，他驚恐地說：“不圖今日乃見此事。”這恰恰反映了李淵晚年的昏暗與失察，誠如蕭瑀和陳叔達所批評的：“當斷不斷，反受其亂。”
然而，李淵還算是有自知之明的。玄武門之變後，李世民既已執政，李淵就很快地把皇位讓給他，自己則退出了政治舞台。這個決策是果斷的，也是積極的。此後至貞觀九年五月逝世，基本上不幹預政治，沒有造成新的糾葛。這樣做也是十分明智的。至於年僅二十九歲的唐太宗，精力旺盛，奮發有為，勵精圖治，這對唐王朝的鞏固與發展具有深遠的曆史意義。
唐太宗執政之初，原東宮、齊府的敵對勢力仍然存在，各地都有一些不安定的因素。如果不加以妥善地處理，就無法保證政局的穩定。
玄武門之變前，東宮聯合齊府，居於優勢。京城裏擁有眾多黨羽精兵，地方上還有不少支持力量。六月四日以後，東宮、齊府餘黨紛紛逃亡。約過二十天，幽州大都督廬江王李璦舉兵叛亂。
李瑗是李淵的從父兄子，“建成將有異圖，外結於瑗。”李建成被殺後，李世民派使者召李瑗入朝。李瑗恐懼，竟囚禁使者，擁眾謀反。可見，此事是玄武門之變的餘波。雖然很快地被鎮壓下去，但是類似的事件卻不斷地發生。如貞觀元年正月，曾與李建成相勾結的燕郡王李藝，據涇州反叛。後被部下所斬，傳首京師。
此外，還有些人利用當時的非常形勢，陰謀作亂。如貞觀元年四月，長樂王李幼良在涼州陰養死士，交通境外，圖謀不軌。同年十二月，利州都督義安王李孝常、右武衛將軍劉德裕等，企圖策動宿衛兵作亂。
對於東宮和齊府的敵對勢力，李世民開始是實行高壓政策的。李建成的五個兒子和李元吉的五個兒子，株連被殺，絕其屬籍，似亦太過分了。當時，“諸將欲盡誅建成、元吉左右百餘人，籍沒其家。”看來，這也是迎合了李世民的心意。唯獨尉遲敬德堅決不讚成，爭辯說：“罪在二凶，既伏其誅；若及支黨，非所以求安也！”不擴大打擊麵，確實是安定政局的重要策略。李世民同意了，“下詔赦天下。凶逆之罪，止於建成，元吉，自餘黨與，一無所問。”可是，一些地方並沒有認真執行上述規定，“太子李建成、齊王元吉之黨散亡在民間，雖更赦令，猶不自安，徼幸者爭告捕以邀賞”。
針對這種情況，李世民根據諫議大夫王珪的建議，於七月下令重申：“六月四日以前，事連東宮及齊王，十七日前連李瑗者，並不得相告言，違者反坐。”采取這些寬大政策，消除了敵對情緒，爭取了多數，穩定了人心。
唐太宗還對東宮府屬中傑出人才大膽地加以信任與拔用。李建成曾收羅了一批驍勇的武將，這些人出身事主，往往很講義氣。如將領薛萬徹，帶兵攻玄武門和秦王府，失敗後與數十騎逃亡於終南山。
唐太宗派人請他回來，“以其忠於所事，不之罪也。”又如東宮翊衛車騎將軍馮立，六月四日建成被殺後，他歎曰，“豈有生受其恩而死逃其難！”於是，率兵攻玄武門，殺死屯營將軍敬君弘，又聲稱“微以報太子矣！”足以說明此人是建成的心腹幹將，一個愚忠於主子的黨羽。
六月五日，他前來請罪，李世民斥責說：“汝在東宮，潛為間構，阻我骨肉，汝罪一也。昨日複出兵來戰，殺傷我將士，汝罪二也。”但是，一旦馮立表示悔改，李世民就“慰勉之”，授以左屯衛中郎將。馮立激動地說：“逢莫大之恩，幸而獲濟，終當以死奉答。”可見，李世民的政策取得了成效，有利於東宮黨羽的轉化。
對於東宮府屬中的能臣，李世民同樣加以重用，甚至引為知己。例如，召回流放於 州的東宮官屬王珪、韋挺，授以諫議大夫之職，留作身邊的顧問。原太子洗馬魏征的例子尤其突出。玄武門之變不久，太子黨人士紛紛逃亡，魏征卻依然故我。有一天，李世民嚴厲責問：你為什麼要離間我們兄弟關係呢？在場官員個個危懼不已。魏征慷慨自若，從容對答：“皇太子若從臣言，必無今日之禍。”李世民一聽，轉怒為喜，倍加器重，封他為詹事主簿，後改任諫議大夫，步步高升。
貞觀六年，在九成宮丹霄樓的賞月夜宴上，唐太宗滿懷喜悅地說：“魏征往者實我所讎，但其盡心所事，有足嘉者。朕能擢而用之，何慚古烈？”這是何等的“棄怨用才”的雄豪器度。
李世民殺兄奪嫡，這在封建社會裏難免要遭到道德上的譴責。六月六日，李淵立秦王為皇太子的詔文上說什麼“孝惟德本，周於百行，仁為重任，以安萬物”，竭力為李世民塗脂抹粉。冬十月，唐太宗即位不久，為了消除玄武門之變在封建倫理道德方麵的不良影響，特地追封建成為息王，諡曰“隱”，元吉為海陵王，諡曰“刺”。這樣做法，既可以申明玄武門之變的正義性，又能表白唐太宗的仁愛之心。所以，以禮改葬那一天，唐太宗在千秋殿西邊宜秋門痛哭致哀，並以皇子趙王李福為建成後嗣。
禮葬建成前夕，魏征從山東返回京城，遷尚書右丞兼諫議大夫；王珪也升為黃門侍郎。他們聯名“上表”說：
臣等昔受命太上，委質東宮，出入龍樓，垂將一紀。前宮結釁宗社，得罪人神，臣等不能死亡，甘從夷戮，負其罪戾，寘錄周行，徒竭生涯，將何上報？陛下德光四海，道冠前王，陟岡有感，追懷棠棣，明社稷之大義，申骨肉之深恩，卜葬二王，遠期有日。臣等永惟疇昔，忝曰舊臣，喪君有君，雖展事君之禮；宿草將列，未申送往之哀。瞻望九原，義深凡百，望於葬日，送至墓所。
這是一篇感情真切而富於策略的奏章。首先肯定建成“結釁宗社，得罪人神”，他們被殺是理所當然的。同時頌揚唐太宗“明社稷之大義，申骨肉之深思”，以禮改葬二王。接著，從封建禮儀上陳述了送葬的道理。很清楚，這裏絲毫沒有煽動東宮舊屬的怨恨情緒，反而從道義上彌補了骨肉相殘所留下的傷痕。
因此，唐太宗樂而答應，命令原東宮、齊府僚屬統統前往送葬。通過隆重的禮葬活動，原來十分激烈的秦府與東宮，齊府之間的矛盾，基本上消除了。及至貞觀十六年六月，唐太宗“詔息隱王可追複皇太子，海陵刺王元吉追封巢王，諡並依舊。”舊事重提，也是出於維護封建倫理道德的需要。
綜上所述，唐太宗以其傑出政治家的風度與氣魄，妥善地處理“喋血禁門”所留下的問題。史稱：“初，息隱，海陵之黨，同謀害太宗者數百千人，事寧，複引居左右近侍，心術豁然，不有疑阻。”這樣就緩和了封建統治集團內部的矛盾，鞏固了李唐王朝。
穩定局勢
山東，河北地區是隋末農民起義風暴的策源地，也是隋末唐初各種社會矛盾的集中點。唐太宗即位之初，如何穩定這一地區的局勢，顯然是鞏固唐王朝封建統治的關鍵問題。
李世民和李建成為了爭奪皇位，各自都推行結納山東豪傑的方針。李建成開始得早，收效也大些。平定劉黑闥第二次起兵時，根據魏征的建議，“獲俘皆撫遣之，百姓欣悅。”對比一下李世民平定劉黑闥第一次起兵時的殘酷鎮壓，人們自然對李建成有所好感。
此後，李建成利用自己在河北地區的威望，積極地培植地方勢力。李建成與李元吉被殺的消息傳來，“河北州縣素事隱、巢者不自安，往往曹伏思亂。”幽州都督李瑗叛亂，即其一例。李瑗的部下利涉就當時形勢指出：“山東之地，先從竇建德，酋豪首領皆是偽官，今並黜之，退居匹庶，此人思亂，若旱苗之望雨。”最後兩句是煽動之辭，似有誇大之處。但是，在山東豪傑中，試圖趁唐廷內訌，興兵作亂，大有人在。
還有一些分裂勢力進行謀叛活動，如貞觀元年九月幽州都督王君廓叛亂。再加上太子黨羽逃至關東，倘若互相勾結，勢必構成嚴重的隱患。
至於李世民“陰引山東豪傑”，不能說他根本沒有收到什麼效果。洛陽就是一個重要據點。玄武門之變後幾天，就派有相當影響的大將屈突通為陝東道行台左仆射，“馳鎮洛陽”。這顯然是估計到關東地區的形勢而作出的緊急部署，以防止可能發生的叛亂。至貞觀元年，行台廢，仍授屈突通為洛州都督。次年屈突通死，唐太宗十分悲痛，特地趕到洛陽宮，表彰屈突通的忠節。可見，屈突通在穩定關東政局方麵作出了一定的貢獻。
然而，山東、河北局勢畢竟是很棘手的，僅僅依靠洛陽重鎮，遠遠不能解決問題。如果不慎重處理，就會引起一連串的動蕩。
鑒於上述情況，唐太宗及時地選派魏征宣慰山東。魏征本來是山東人，周靜帝大象二年生於襄國郡巨鹿縣。家境孤貧，通曉書術。“隋亂，詭為道士。”洶湧澎湃的農民起義怒濤，把這位屬意縱橫之士卷了進去。正如魏征在《述懷》詩中所說：“中原初逐鹿，投筆事戎軒。”他在李密的瓦崗軍裏典掌過書記，十次向李密獻計，表現了他的“奇謀深策”。
後隨李密降唐，“至京師，久不見知，自請安輯山東”，致書徐世 歸附。不久被竇建德河北義軍所俘虜，被拜為起居舍人。竇建德失敗，魏征投奔於李建成，很受器重，曾提出“結納山東豪傑”的方針。可見，魏征和山東、河北地區各種社會勢力有著密切的聯係。
玄武門之變後一個月，即武德九年七月，唐太宗封魏征為諫議大夫，“使安輯河北，許以便宜從事”。當魏征到達磁州時，恰好遇著州縣官把前東宮、齊府官屬李誌安、李思行“錮送詣京師”。原來，建成與元吉的親信已經逃往河北了。
魏征跟副使商量說：“東宮、齊府左右，皆令赦原不問。今複送思行，此外誰不自疑？徒遣使往，彼必不信，此乃差之毫厘，失之千裏。今若釋遣思行，不問其罪，則信義所感，無遠不臻”。接著，就自行把恩行等釋放了。這個措施，不僅是體現了唐太宗的寬大政策，有利於消除逃亡者的疑慮，更重要的是使唐太宗在河北地區樹立起“信義”來，以爭取山東豪傑的廣泛支持。所以，唐太宗知道後，十分高興，對魏征更加信任。
武德九年八月，唐太宗詔免關東賦稅一年。“老幼相歡，或歌且舞。”不久又變卦，重新頒布敕令，說“已役已納，並遣輸納，明年總為準折。”關東地區百姓們大失所望。這時，正在宣慰山東的魏征立即上書，強調指出：“今陛下初膺大寶，億兆觀德。始發大號，便有二言。生八表之疑心，失四時之大信。縱國家有倒懸之急，猶必不可。況以泰山之安，而輒行此事！為陛下為此計者，於財利小益，於德義大損。臣誠智識淺短，竊為陛下惜之。”
魏征的慷慨陳詞，顯然是要唐太宗注意自己的政策在關東地區的影響，切不可貪圖小利，重新惹起山東人對李唐王朝的嫌忌與不信任。
由於魏征的積極“宣慰”，妥善地處理各種關係問題，山東、河北局勢逐漸地平靜下來。武德九年冬，返回長安。次年即貞觀元年七月，山東地區大旱，唐太宗詔所在賑恤，無出今年租賦。九月，又下詔說：“河北燕、趙之際，山西並、潞所管，及蒲、虞之郊，豳延以北，或春逢亢旱，秋遇霖淫，或蟊賊成災，嚴凝早降，有致饑饉，慚惕無忘，特宜矜恤，救其疾苦”。因此，令中書侍郎溫彥博、尚書右丞魏征、治書侍禦史孫伏伽、檢校中書舍人辛請等“分往諸州，馳驛檢行”，做好“賑濟”工作。
就在這一年，青州發生“謀反”事件，唐太宗派殿中侍禦史崔仁師前往處理。仁師采取“寬慰”的辦法，很快地平息了動亂。從現有史料記載來看，此後再也沒有發生類似的“謀反”事件了。可見，經過唐王朝君臣們的一係列努力，基本上鞏固了對山東，河北地區的統治。
李唐皇室出於關隴地主集團，而要實現全國範圍的統治，不能不任用山東人士。廣大的山東地區既是人才薈萃之地，又是當時財政命脈所在。武德六年初，秦王李世民敏銳地注意到：“山東人物之所，河北蠶綿之鄉，而天府委輸，待以成績。”可見，山東、河北地位是何等的重要。玄武門之變後，唐太宗一直留心物色山東人，用來穩定山東局勢，魏征與崔仁師就是其中傑出的代表。
然而，唐太宗有時囿於地域的偏見，未能公平地對待關中與山東人土。魏征宣慰山東前夕，曾向太宗指出：“不示至公，禍不可解”。也就是說，如果失之“至公”，山東人就會產生怨恨，甚至結群思亂，天下就難以太平。對此，唐太宗是心領神會的，因此立即請魏征安撫河北。
貞觀元年，“太宗嚐言及山東，關中人，意有同異”，殿中侍禦史張行成跪奏說：“臣聞天子以四海為家，不當以東西為限，若如是，則示人以隘眶”。這話深深地打動了太宗的心弦。張行成是定州義豐人，少師事著名經學家劉炫，後在王世充那裏當過度支尚書，與山東各種勢力聯係廣泛。唐太宗說過；“觀古今用人，必因媒介，若行成者，朕自舉之，無先容也”。為什麼如此器重，讓他預議大政呢？原因就在於張行成的意見反映了山東豪傑的願望。
值得注意的是，唐太宗所拔擢的山東人士，往往不是士族高門，而是普通的微族寒門。例如，魏征是小族之家，境況孤貧；崔仁師似係高門中的破落戶；張行成的先世無名望，當為卑微寒族。
此外，受唐太宗重用的還有：張亮以農為業，家境寒賤；戴胄出身低微；馬周是個寒士，等等。因為這些人大多經曆隋末戰亂，跟關東普通地主聯係密切，熟悉民間的情況，所以，唐太宗利用他們，迅速地穩定了山東、河北地區的政治局勢。
調整高官
玄武門之變後，李世民親自執政，當然不能完全依靠武德時期的原班人馬來進行統治。如何整頓最高決策集團？這是急待解決的重要問題。
唐高祖時先後有十二位宰相，幾乎都是皇親元勳或者是貴族、士族。其中最受重用的，首推裴寂。裴寂是蒲州桑泉人，據說係“世胄名家，曆職清顯”。其實，在隋朝時“家貧無以自業”，僅撈了個晉陽宮副監的職務。由於他與李淵友誼頗深，參與起兵密謀，擁有“佐命之勳”，故在武德之朝崇貴無比。
可是，李世民卻和他曆來有矛盾。晉陽起兵後，發生多次的戰略分歧。武德二年，在劉文靜事件上又出現過嚴重的爭執。後來，在皇位的激烈爭奪中，裴寂公開袒護李建成。因此，唐太宗曾當麵斥責他說：“武德之時，政刑紕繆，官方弛紊，職公之由。”當然，把武德朝一切繆誤都歸咎於裴寂，亦欠公平。但是，裴寂貪於酒色，荒於政事，挑撥離間，製造糾葛，確是事實。
唐太宗處理裴寂問題是很講究策略的。從形式上看，裴寂還是受到尊重的，貞觀元年，食封一千五百戶，比所有的功臣都多，居位第一，實際上被剝奪了預議政事的實權。貞觀三年，發生沙門法雅案件。據偵查，裴寂和那個心懷“怨望”的法雅有牽連，就被免官，削食邑之半，放歸本鄉。“寂表乞住京師，久而不去。太宗大怒。長安令王文諧坐不發遣令，笞三十”。不久，有人揚言“裴公有天分”。裴寂惶懼，竟然唆使他人殺人滅口。
唐太宗知道後，憤怒地宣布裴寂的四大罪狀：第一條，“位為三公而與妖人法雅親密”。第二條，“負氣憤怒，稱國家有天下，是我所謀”。第三條，“妖人言其有天分，匿而不奏”。第四條，“陰行殺戮以滅口”。最後說，“我殺之非無辭矣。議者多言流配，朕其從眾乎。”於是貶流於靜州。