英國政府繼羅斯之後，於1845年5月19日又派出了探險家約翰·佛蘭克林前往南極探險。他們所使用的探險船，就是詹姆斯·柯拉克·羅斯於南極探險時所使用過的艾爾帕斯號和泰拉號，不但構造非常堅固，而且十分適合於極地航行。
佛蘭克林為這次探險做了充分的準備，兩艘船上裝滿了備用的物資，至少足夠在冰海上航行3年。然而，1845年7月底，自從一艘捕鯨船在巴芬島北部的蘭卡斯特海峽遇到過這兩艘船後，佛蘭克林的船隊便行蹤不明了。
兩年過去了，但是仍然沒有佛蘭克林探險隊的消息，在各地的酒店社交界的宴會上，大家都很擔憂地談論著佛蘭克林船隊。雖然兩艘船的裝備相當充分，但是隨著時間的消逝，也終有告罄的時候。不安愈來愈深，大家都揣測他們可能已經死了，於是英國國內要求搜尋他們的呼聲，日漸高漲，致使原本不大理會此事的英國海軍，不得不采取行動。
英國政府還作出承諾，凡是找到佛蘭克林隊員的人，不計人種及國籍，都頒發兩萬英磅的獎金。
派遣救援隊的申請批準下來後，英國海軍立刻組織了大規模的救援隊，全力前往北極搜尋。其中，第一隊是陸上隊，第二隊從白令海開始搜尋，第三隊即是由著名的南北極探險家詹姆斯·柯拉克·羅斯指揮。
第一隊負責搜尋加拿大以北的陸上地區，第二隊則從白令海開始搜尋，航向指向海峽的北部和西部海域。然而，兩隊很快地都因為冰雪和暴風的阻擾而無法行動，最後終於在1849年停止尋找佛蘭克林的探險隊。
從1848年至1849年冬天，由羅斯指揮的第三隊，都在索美塞得島的東北部度過。他們駕駛著雪橇，在索美塞得島步行深人300公裏以上，不停地打聽佛蘭克林等人的消息，但是卻一點結果也沒有。1849年，羅斯隻好返回英國複命。
從1845年到1849年，佛蘭克林失蹤已有4年，幾乎所有尋找佛蘭克林船隊的人，都放棄了繼續尋找的念頭，隻有佛蘭克林夫人仍然抱著希望，期望有人能找到她的丈夫。
1850年，為搜尋佛蘭克林探險隊，英國海軍又動員了10艘船和數百人，向冰海、陸地和海麵展開大規模的搜索。這一次的行動非常仔細，不但使得有關北極的地理更加明了，也發展了極地探險的技術。然而，他們真正的目標是佛蘭克林船隊，卻仍然沒有發現他們的蹤影。
其中，由佛雷休·奧斯丁上校所率領的9艘船隊，進人了流冰中，發現了一個命名為比基島的地方，他們在沿岸登陸，尋找紮營的地點。
在這裏，加人奧斯了隊的美國海軍上尉J·D·赫本所指揮的兩艘帆船隊員，卻在荒涼的小島上，發現了人類留下的痕跡。接近一看，原來是鐵製的射擊台和倉庫的殘墟。倉庫中有排列很整齊的肉類罐頭，繩子也堆積如山，並有許多空罐子散亂丟棄在附近，這些景象很明顯地告訴人們這兒就是佛蘭克林船隊最初的冬營地。
而且，他們還在附近發現了3個墓碑，其中1個墓碑上刻有粗糙的字體，上麵寫著約翰·托林敦，乃是泰拉號的輪機長，其他兩個墓碑則是艾爾帕斯號的海員。那麼，其他的人那裏去了呢？
1853年，哈得遜灣公司的約翰·雷博士為解開這個謎，從加拿大北部出發，往北緩慢步行前進。雷博士和他的隊員於1854年4月，到達貝裏灣，貝裏灣位於巴芬島西部，亦即加拿大最北端的布提亞半島底部。在這裏，為了獲得食物，經常有很多愛斯基摩人駕著雪橇來來往往。
雷博士向愛斯基摩人詢問探險隊的下落，愛斯基摩人都告訴他，數年前在貝裏灣大約250公裏的西邊，有大約40個白人一起往南步行。至此，佛蘭克林隊終於有了消息。
愛斯基摩人說，這些白人把兩艘很大的船拋棄，拖著雪橇和小船向著巴克河的方向前進，途中因為饑餓和壞血病，可能已經遇到不幸。
到底這些愛斯基摩人是否真的看過那兩艘被拋棄的船呢？如果有，那些船在什麼地方呢？
循著愛斯基摩人指引的路徑，雷博士在威廉島的東北岸外，發現了許多衣服的碎片，以及艾爾帕斯號和泰拉號船上的東西，由此可知，愛斯基摩人的報告足以可信。雷博士盡可能在貝裏灣收集所有的情報，然後改向西北前進。途中，他每遇見一個愛斯基摩人，便向他詢問有關佛蘭克林隊的消息。
有一個愛斯基摩人的話，令雷博士萬分沉痛。根據雷博士的詢問，愛斯基摩人一共在陸地上發現了30個人的遺體和許多墓碑。於是他又從巴克河的河口，往西北走一天的路程，終於在接近加拿大本上的一個島上，發現了五個人的遺體；小船已經被翻過來當做避難的小屋，這些遺體分散於帳篷及小船下。
最讓震驚的是，有的屍體甚至被切成一塊塊，放在鍋子裏，顯然這些饑餓的人們也表演了一出“人吃人”的慘劇。
由於雷博士的報告，全英國的人都知道了這個悲慘的事實，困擾人心達7年之久的秘密終於解開了，英國政府的不安也暫告平息。
雷博士由此從英國政府那裏獲得一萬英鎊的獎金。因為和雷博士見麵的愛斯基摩人都沒有見過一個活的白人，並且在發現遺體的地點附近，也沒有發現活的白人，佛蘭克林探險隊全部死亡已成為事實。
但是，佛蘭克林本身的遺體並未發現，佛蘭克林夫人及其他許多人，都留有結果如何的疑問。而且，其餘一百名探險隊員的最後結果又如何了呢？這大概是英國政府將獎金減豐的原因吧。
佛蘭克林夫人請求官方尋找丈夫的希望沒有實現，她決定自己出資尋找丈夫。她買進一艘較小的蒸汽船狐狸號，開始準備工作。不久，曾經參加過搜索工作的李奧帕德·馬克林托克便指揮著狐狸號，由大西洋進人太平洋，依次搜尋散布於北極圈中的各個小島。
截止1857年7月1日，佛蘭克林出航已過了12年。這一天，狐狸號安靜地從蘇格蘭的亞伯丁出港。月底，狐狸號使到達格陵蘭，馬克林托克帶著愛斯基摩人和35隻狗，離開狐狸號開始進行冰上搜索。
8月初，一行人又從格陵蘭最北端的丹麥殖民地猶柏拿維克啟航，12天後，便穿過麥爾維灣，經過布滿流冰的水域，進人蘭卡斯特海峽。至此，冰層封住了狐狸號的前進路線，他們隻得在那兒度過冬天。馬克林托克在他的日記上如此記述：
“雖然並非沒有脫離冰海的希望，但還是被漂流到北緯63.5度的地方。一直到第二年4月25日，我們才從冰海脫離，那是因為強烈的東南風在冰上掀起很大的波浪，把冰層給打碎了，造成激烈的搖晃，船員們都被彈到甲板上。大家原以為船會被打壞，情況非常危險，幸好我們有獨特的尖形船頭和裝在小機船上能夠隨時開動藥蒸汽機，所以才能夠脫離冰海。”
狐狸號在冰海上漂流了242天，行程2000公裏，最後到達巴芬灣的西南端。
其間，狐狸號曾返回格陵蘭補充食物，接著再把船首指向西北前進。這一次，狐狸號成功地橫越過麥爾維灣，於1858年7月27日進人旁多灣，馬克林托克一行人登陸後，便前往卡帕洛利托克村拜訪愛斯基摩人。但沒得到確切的信息。
馬克林托推想，佛蘭克林一行人一定通過了蘭卡斯特海峽及巴羅海峽，然後在比基島度過冬天。
於是，馬克林托克便將狐狸號駛向比基島，但是他在那裏並沒有獲得任何線索，接著，他又指揮狐狸號繼續南下，前往威廉島。
狐狸號在距離威廉島還有250公裏的地方，又被冰層封住，冰的壓力就像是虎鉗一般，使得他們必須先注意船本身的安全，而無法進行搜索工作。然而，情況在稍轉好以後，馬克林托克不等船從冰層中脫離，跳下狐狸號，便帶著兩位船員和一個愛斯基摩人，開始冰上旅行。
馬克林托克一行人用一部雪橇載著行李，向南方的布提亞半島前進。過了十幾天，從威廉島往羅斯海峽走大約50公裏，於1859年3月進人維多利亞岬，他們在那裏遇到了正在狩獵的愛斯基摩人。
詢問的結果是：多年前有兩艘白人的船被流冰破壞，在威廉島的西北岸沉沒，船上的海員全部都離船登陸，然後從陸地向巴克河前進，最後可能全部死亡，這證實了雷博士的發現是事實。
馬克林托克認為，如果沒有更多的搜索隊員和裝備，必定無法更進一步獲得更多的資料，於是就改向北方前進，返回狐狸號。
1859年4月20日，兩支搜索隊從狐狸號再度出發，一隊是由馬克林托克指揮，另一隊則由霍普森率領。他們從狐狸號前往維多利亞岬，後在維多利亞岬分開，馬克林托克隊橫越過羅斯海峽，前往威廉島，然後又改向南方，沿著島的東海岸前進。
根據愛斯基摩人的說法，艾爾帕斯號和泰拉號沉沒的地方在馬克河。
馬克林托克隊在威廉島上期間，曾與大約40個愛斯基摩人接觸，他們發現了令人吃驚的東西，那就是刻有佛蘭克林和軍官們姓名的首字母和家徽的銀製食器。
他們在達巴克河並沒有找到佛蘭克林隊的行蹤，因此，隻好又返回威廉島。接著為了要和霍普森隊碰麵，又繼續朝向西岸前進。
5月份，馬克林托克準備乘溫暖的初夏回英國休息一陣子，再繼續尋找佛蘭克林隊。正在這個時候，他們剛好到達威廉島的西南岸，發現哈謝爾岬的海麵上散布著許多白骨，附近還有許多歐洲人的衣服碎片。於是就在當地到處挖掘，終於發現了用羊皮紙製的船員手冊，和兩、三封私人的信件，但是卻始終找不到佛蘭克林探險隊的公文記錄。
不久，馬克林托克隊又發現了一艘9米長的小船殘骸，裏麵有兩副人骨、書本、古老的懷表、衣服、紅茶和巧克力等，但是卻沒有任何記錄，最奇怪的是，裝著小船的雪橇卻是朝向北方，似乎與艾爾帕斯號和泰拉號的船員們棄船後的南進方向不相符。當時，船員們必定是想要尋找哈得沙灣公司的前進基地要求幫助，不知何故，這種努力卻失敗了。這些雪橇會聯向北方，也許是有少數人企圖重新返回船上之故。
馬克林托克知道要解開佛蘭克林隊的謎，還需要一番努力，因此決定將雪車朝向北方。他一麵前進一麵推測徘徊於威廉島西北海岸的霍普森隊的行動，馬克林托克後來在他的日記中如此寫著：
“過了哈議謝爾岬約五公裏的地方，陸地很快地往下沉降，在離開海岸很遠的地方。有很多小灣和小山小丘，我們前進到那裏，在沿岸看到了許多重疊的冰，最後終於發現了我們希望發現的東西。在距離哈謝爾岬大約20公裏的地方。我發現霍普森隊所做的小石堆，和留給我的報告書。”
原來，1859年5月6日，霍普森隊到達威廉島西北岸的維多利亞岬，走到突出於維多利亞海峽的一個地方，又發現了很大的墳墓，而且還在堆積著的岩石周圍，發現了烹飪用的爐子、丁字鎬、帳篷、圓鍾以及航海用具等裝備。霍普森隊在那裏詳細地搜索後，發現一個箱子裏有一排彈藥，這些彈藥曾經打開過，不知何故又放四箱子裏，這些彈藥究竟有何意義，霍普森把彈藥打開後，有兩封信暴羹出來。信的內容如下：
“皇帝陛下的船艾爾帕斯號和泰拉號，在北緯70度5分，西經98度23分的冰上過冬。它通過威靈頓海峽，到達北緯77度，又經過康瓦力島的西方再回來，公元1846年至1847年，都在北緯74度43分28秒，西經91度39分15秒的比基島過冬，由約翰·佛蘭克林擔任探險隊的指揮，全體人員精神愉快。由2位軍官及6位士兵組成的本隊，在公元1847年5月24日星期一離船。”
這封信的後麵是哥瓦上尉和大副維克斯的簽字。在報告書外側，還有一段文字顯然是一年以後的記錄：
“1848年4月25日，陛下的船艾爾帕斯號和泰拉號，於4月22日離開這裏，在大約離開25公裏，亦即威廉島北北西的地方被放棄。自1846年9月12日以後，這兩艘船就被封閉在冰中，船上105位軍官和士兵，都在海軍上校克洛基的指揮下，在北緯63度37分42秒，西經98度41分的地方登陸。約翰·佛蘭克林於1847年6月11日死亡。到這一天為止，探險隊已有24名隊員死亡。”
報告書上還有資深軍官克洛基上校，和艾爾帕斯號艦長詹姆斯的簽字。後麵，又追記了一句“明天26日，將要向巴克河前進。”
霍普森發現這份報告書上的日期有錯誤，因為在比基島的石墓碑上，刻有1845年至1846年冬天的日期，顯然探險隊應該是第一年的冬天在比基島度過，第二年才到達威廉島的。
雖然發現了上述資料，但佛蘭克林到底是怎樣死亡的，在什麼地方死亡的？探險隊的其他人員是死是活？諸多疑點一直都是未解之謎。
葡萄牙探險家基洛斯在梅達諾探險失敗後，並沒有灰心喪氣，他決心再闖太平洋。他先試著遊說秘魯的總督及西班牙給予他財政上的支援，但是未能獲得同意；於是他在1601年前往羅馬，出席了由當地數學家、天文學家及航海家所組成的委員會會議，回答了許多有關航海探險的問題，博得了會員們對他一致的推崇，因而得以謁見羅馬教皇。