七千人大會結束以後，彭德懷立即動手把自己的一生經曆、是非曲直詳細地寫了一個書麵材料，要求中央予以審查。這就是後來所謂彭德懷翻案的《八萬言書》。6月16日，彭德懷到中南海把這份材料親手交給我，我按照他的要求，印發給毛澤東和中央政治局、書記處各同誌。為了鄭重，《八萬言書》印出清樣後，派人先送給彭德懷，請他校閱後再正式印發。他卻說：“相信中央辦公廳，不看了，印發吧。”當年7月，毛澤東在北戴河召開的中央工作會議上指責彭德懷翻案，提出要批判“翻案風、黑暗風、單幹風”。9月，在北京召開八屆十中全會和隨後的國慶13周年活動，就不再通知彭德懷參加了。在全會上，毛澤東明確表示：我對彭德懷這個人比較清楚，不能給以平反。全會還決定成立“彭德懷專案審查委員會”，對他進行全麵審查。
後來，彭德懷專案審查委員會派人去湖南，對1961年彭德懷回鄉作農村調查情況作“追蹤調查”。原來，彭德懷在湖南調查結束後，湖南省委曾正式書麵報告中央，反映彭德懷在湖南期間表現是好的；但這時卻又出爾反爾，向中央報告說彭德懷當時有“反黨言行”。這次專案調查人員也專門搜集一些反麵材料，斷章取義，肆意歪曲，編造了一個《關於彭德懷同誌1961年回湘潭情況的調查報告》，說彭德懷那次回鄉調查是“別有用心”、“滿腹牢騷”，散布了一係列“反黨言論”。這個《報告》送我印發時，我發現《報告》上把那些隨彭德懷去湖南的工作人員名字也寫上了。我當即打電話給彭德懷專案審查委員會負責人，說那幾個隨行人員都是組織上派去做具體工作的，不要把他們的名字寫上。這樣，避免了一次可能發生的新的株連。
1965年9月11日，毛澤東要彭真代表中央找彭德懷談話，說中央決定你去西南工作，任西南三線建設委員會副總指揮。彭德懷表示，我是共產黨員，應該服從黨的分配，但我犯了錯誤，說話沒有人聽，對工業也是外行，還是希望去農村作調查。23日，毛澤東親自找彭德懷談話，劉少奇、鄧小平、彭真也在座。毛澤東說：“彭德懷去西南，這是黨的政策，如有人不同意時，要他同我來談。我過去反對彭德懷是積極的，現在要支持他也是真心誠意的。”“對老彭的看法應當是一分為二，我自己也是這樣。”毛澤東還對彭德懷說：“也許真理在你那邊。”
10月19日，彭德懷來找我，要我幫助他解決去西南赴任的一些具體問題，我當即應允。次日，我派中辦警衛局副局長田疇、中辦機要室副主任賴奎到彭德懷那裏，問他有什麼要辦的事，要一一幫他辦好。11月28日，彭德懷乘火車離京去成都，我的中央辦公廳主任一職已被免去，不便以私交關係送他，實屬憾事。又豈知，更為遺憾的是，10月19日一麵竟成永別!
楊尚昆和彭德懷友誼深厚，情同手足。1998年初，在撰寫紀念周恩來、劉少奇兩篇文章的同時，他不顧疲勞，又開始撰寫紀念彭德懷百年誕辰的文章。他強調一定要把彭德懷最突出的特點寫出來，主要寫他時刻以黨的利益為重，無私無畏，為黨為人民奮鬥終生，立下豐功偉績，最後在蒙冤的逆境之中，革命意誌彌堅，是一個真正高尚的人。那年5月，楊尚昆去上海，我隨行去上海檔案館查檔。這期間，他還召集我們隨行人員反複討論這篇文稿。不料，楊尚昆這次歸來後就病倒了，《追念彭大將軍》一文是他最後的日子裏在病榻上定稿的。