身處逆境 意誌彌堅
1966年7月3日，楊尚昆開始被“監護審查”。起初，生活待遇尚可，配有服務員和廚師，隻是失去了自由。12月25日，中央專案組派專機把他押回北京，從此，他開始被無休止地批鬥，受盡摧殘、折磨。就是在這樣的逆境中，楊尚昆還是堅信黨，充滿著樂觀主義精神。他認真研讀馬列和毛澤東著作，時刻關心國家大事。1967年楊尚昆在日記中記錄了他最困難的日子，也記下了一個堅定的馬克思主義者的風範。
“1月15日。茶葉、收音機都收走了。沒有收音機聽，起床後隻好散步，因天不亮看不見東西。下午讀《人民日報》，周公宴會上歡迎卡博的致詞和卡博的講話。”
“1月26日。右手指麻木，寫東西不便。腰痛極了，坐臥不安。上、下午讀毛選。”
“2月4日。主席接見卡博、巴盧庫，身體甚健康。下午讀毛選。”
“2月9日。舊曆丁未年元旦。昨晚下了中雪，兆豐年!60周歲了!上、下午讀報、毛選，第一卷已完。”
“5月25日。以清茶一杯紀念聯合生日（楊尚昆曆來在每年的5月25日和他的次子楊紹明同時過生日，稱“聯合生日”——作者注）。小二你在做什麼?勇敢地奮鬥吧!努力做一個主席的好學生!”
“5月30日。上午外出與專案小組談話。頭疼不安，坐著讀書不方便，隻好躺下讀毛選。”
“6月19日。今天是主席《關於正確處理人民內部矛盾的問題》發表10周年，聽了全文廣播，《人民日報》全文發表。蚊子咬人，午夜2時才睡去。”
“7月8日。讀《論持久戰》，以紀念‘七·七’。未洗澡已兩星期，據說澡堂壞了，擦身換衣服。”
就這樣，楊尚昆經受了長達9年的“監護審查”，直到1975年2月9日被“解除監護”。
1978年11月23日，中央專案審查小組向楊尚昆宣布了審查結論：“楊尚昆同誌在中央辦公廳工作成績是主要的，曾受林彪、‘四人幫’的誣陷迫害。現已審查清楚，應恢複其黨的組織生活，補發在審查期間停發的工資。”但是，這個審查結論留了尾巴。兩天以後，11月25日，華國鋒在中央工作會議上講話時說：“楊尚昆同誌不顧毛主席的指示和批評，在私錄毛主席談話的問題上犯有錯誤。經過審查，過去把他定為陰謀反黨、裏通外國是不對的，應予平反。中央決定，恢複楊尚昆同誌的黨組織生活，分配工作。”中共十一屆三中全會以後，對所謂“秘密錄音”問題再次進行審查，直到1980年10月中央才正式發文為原中央辦公廳和楊尚昆徹底平反。
“文化大革命”中，中央辦公廳的許多幹部也因楊尚昆的問題而受到株連。1966年5月《五一六通知》發出以後，中辦的一大批幹部一夜之間變成了“反黨罪人”，中辦的工作秩序被打亂。隨著運動的不斷升級，被誣為楊尚昆的“幫凶”、“爪牙”的人數越來越多，後來又有了一個新名字——“楊家死黨”。這些人整天挨批挨鬥。田家英更是在被宣布為“反黨分子”的第二天含冤辭世。對於這些情況，可以從1966年7月22日中辦給中央的報告中窺見一斑。報告指出：“中央辦公廳為楊尚昆把持了20年，他一直幹著反對主席、反對中央的罪惡活動。已揭露的大量事實證明，不僅原辦公廳的領導核心爛掉了（楊和曾、田、龔三個副主任），而且下麵幾個主要單位的絕大部分領導骨幹也爛掉了（如機要室、秘書室、辦公廳直屬各組、檔案局、檔案館、特會室等）。多年來，楊尚昆包庇壞人，招降納叛，培植了一批反黨幫凶和爪牙。到目前為止，辦公廳及所屬各單位已揪出反黨分子曾三、田家英、龔子榮、葉子龍、康一民、吳振英、何均、賴祖烈、裴桐、李欣、逄先知等24人。”
多年後，楊尚昆很少向人提及他被免去中辦主任後的這段不愉快的經曆。但對於那些因他而受牽連的同誌，他並沒忘記，他說：“‘文化大革命’我是首當其衝，第一個被整就是了。十年中，很多同誌受到我的株連，受盡摧殘、折磨，十一屆三中全會以後才得到平反，我要向他們表示歉意。幸喜，這些同誌今天大多健在。”