從10月6日起，第18軍以大約5個團的兵力，按預定計劃，強行渡過湍急的金沙江，迅速從南、北兩麵包圍昌都藏軍。北線解放軍又分三路，右路154團自鄧柯渡江，與從玉樹出發的青海騎兵支隊經囊謙、類烏齊直插恩達，切斷昌都藏軍西逃的退路：中路52師指揮部和155團、156團、炮兵營自鄧柯渡江後南下，經生達直取昌都；左路偵察營、工兵營由崗托渡江西進，從正麵向昌都實行佯攻。南線175團自巴塘渡江，直指寧靜，從南麵堵住昌都藏軍的退路。雲南軍區126團和125團一部從迪慶出發攻占碧土、鹽井，又向左貢方向前進。在解放軍前進途中，藏軍代本牟霞、普隆巴·紮巴次仁等部憑借險要地形和工事進行頑抗，解放軍同他們戰鬥二十餘次，擊潰了藏軍的抵抗。12日，第九代本德格色，格桑旺堆在寧靜宣告率部起義。18日解放軍逼近昌都時，昌都城中一片混亂，原來就反對同解放軍打仗、竭力主張和談的阿沛，阿旺晉美率總管府40餘名僧俗官員以及衛隊100多人，撤離昌都城，噶倫拉魯招募來的地方民兵則在城中乘機搶劫。阿沛在發現退路已被解放軍截斷後，移住昌都西南之竹閣寺，並立即派出人員與解放軍聯係。19日，解放軍和平進人昌都城，受到昌都寺僧人和城內居民的歡迎，該城宣告解放。21日，已同解放軍取得了聯係的阿沛·阿旺晉美命令藏軍第三、八、十代本2 700多人停止抵抗，放下武器，昌都地區獲得解放。被達紮等人部署在該地區的藏軍，除第九代本起義後被編入解放軍序列，已成為解放軍的一支隊伍外，其餘5 700人大部被俘，由英美等國援助他們的大批槍、炮、彈藥以及電台等軍用物資，全被解放軍繳獲。混入藏軍的4名英、印籍人都成了解放軍的俘虜。對放下武器人員，人民解放軍按照特別優待辦法一一作了妥善處理。對被俘的藏軍連以下人員發給路費、馬匹、口糧，遣返回家，屬西藏的官員、頭人，仍可照舊擔任原來職務，並發還其私人自衛槍支。
至此，昌都地區遂又恢複了和平的社會秩序。
王其梅率18軍前方指揮所於24日抵昌都，在舉行祝捷勝利大會時，他帶頭列隊迎接阿沛，阿旺晉美等人返回昌都，並讓他們仍住在原昌都總管府，以禮相待。此後雙方間的關係，逐漸親密，黨的關於和平解放西藏的方針和政策，亦逐漸得到了阿沛等人的更深理解和熱情擁護。11月5日，由阿沛等40餘名僧俗官員簽名的寫給達賴喇嘛和達紮等人的信，由專人日夜兼程送往拉薩。信中以他們的見聞和親身感受，懇切陳詞，再次力勸拉薩當局速派代表與中央和談。11月10日。經中央批準的關於和平解放西藏的“十大政策”，以西南軍政委員會和西南軍區司令部所頒《布告》的形式，由新華社向全世界全文播發，《人民日報》全文發表。在解放軍開始橫渡金沙江時，黨中央還作出了再從西北組建一支隊伍大體沿今青藏公路一線配合18軍向拉薩、日喀則挺進，並協同班禪堪布會議廳返藏的部署。12月2日，中共中央西北局吸收範明列席，就此作了專門研究。此後，經過一段時間的醞釀、籌備，即於次年4月和7月先後成立了由範明領導的中共西北西藏工委和第18軍獨立支隊。
12月27日，兼任中共昌都工委書記的王其梅和副書記惠毅然、平措旺階等，在昌都召集該地區上層人士百餘人開會，討論成立解放委員會問題。經過五天的醞釀、協商，昌都解放委員會成立，一致選舉王其梅為主任，在進軍和解放昌都時作出貢獻或在當地有較大影響的昌都寺大活佛帕巴拉，格列朗傑、阿沛，阿旺晉美、察雅寺大活佛羅登協饒、德格土司降央伯姆（女）、德格色，格桑旺堆、平措旺階、幫達多吉、惠毅然等人被選為副主任。該委員會是在中共領導下聯合當地上層人士建立的、帶有政權性質的協商辦事機構，直接接受西南軍政委員會和政務院的領導。昌都解放委員會成立後，除負責維持當地社會秩序外，其主要任務就是爭取和平解放全西藏，繼續支援解放軍向西藏的腹地和邊境進軍。因此，由阿沛副主任牽頭，該地區立即掀起了一個爭取和平解放全西藏的簽名運動。於是，一份由更多人簽名的籲請拉薩當局響應中央和平解放西藏的號召，立即派代表與中央和談的呼籲書，派專人送往了拉薩。
在昌都解放之際，已進駐阿裏的英雄先遣連，將噶爾本向該連提出的“願做中央人民政府的老百姓”等意見，經王震將軍報告了毛澤東。12月30日，毛澤東親自複信。信中寫道：“我們很高興，知道你們同到達你們那裏的人民解放軍結成了朋友，中央人民政府和人民解放軍對西藏各界人民的辦法，已經在西南軍政委員會和西南軍區司令部的《布告》中說得很詳細，現在已命令前線部隊將這個《布告》抄予你們。希望你們用種種方法把它散布開去，並多多抄寄到拉薩方麵去，你們對《布告》有什麼意見，請告訴我。”並明確表示，人藏部隊“都由中央人民政府供給，決不侵犯老百姓”。毛主席的複信經解放軍轉告噶爾本後，使他受到很大鼓勵。次年春，他也給拉薩當局去信，曆數解放軍的種種好處以及他同解放軍“相處很好”的情景。力促拉薩當局同中央和談。
昌都的解放，使企圖保持英國在西藏的殖民主義利益的印度政府感到“驚異和遺憾”。印度外交部1950年10月21、28日和11月1日連續三次向中國政府提出備忘錄和照會。公然說什麼中國在自己的領土上行使主權、派解放軍進駐昌都是“侵入西藏”，是“可悲歎的”，還說什麼中國的行動“已經大大地增加了世界的緊張形勢和導向大戰的形勢”，已經影響了中印間的“友誼關係以及全世界的和平利益”，並會嚴重影響中國參加聯合國組織。還提出印度派駐在西藏的商業代表、武裝衛隊以及印度在西藏設立的郵政和電訊機關要繼續存在下去。10月30日和11月16日，中國政府照會印度政府，指出印度政府在當年8月26日致中國政府的照會中已經承認西藏問題是中國主權範圍內的問題，卻又“企圖影響和阻止中國政府對於西藏的國家主權的行使，這不能不使中國政府十分驚異”：“無論西藏地方當局願否進行和平談判及談判的結果如何，任何外國的幹涉都是不允許的”；這“正是維護中國獨立、製止帝國主義侵略者將世界拖向戰爭、保衛世界和平的一個重大步驟”。並強調指出：“西藏問題與中華人民共和國進人聯合國的問題，是兩個完全沒有關聯的問題。如果那些對中國不友好的國家企圖利用中華人民共和國中央人民政府對其領土西藏行使主權一事作為借口，進行威脅，以阻礙中華人民共和國進人聯合國組織，那隻是再一次表示這些國家對中國的不友好和敵對態度而已，”
繼印度之後，英、美帝國主義者也對中國進行指責和威脅。10月31日，英國《泰晤士報》發表社論，撒謊說：“中國對西藏的主權，不能從曆史上找到理由。”11月1日，美國國務卿艾奇遜竟蠻橫無理地誣蔑我解放昌都是“侵略”，是“最不幸最嚴重的事件”。11月14日，英國路透社還說，英國完全支持夏格巴，旺秋德丹等人假借“西藏民眾會議”名義於11月7日向聯合國安理會提出的所謂對中國的“控訴”。11月15日，美國《紐約時報》竟要求聯合國“幹預西藏問題”。同一天，中美洲的薩爾瓦多的駐美大使卡斯特羅就向聯合國秘書長提交了一個要求“幹預”西藏問題的提案。國民黨中央社當天發出的一則消息指出：這一提案實際上“是出於美國的主張”。針對英美等國的威脅，《人民日報》於11月22日發表了《斥美國對西藏的陰謀》的短評，嚴正指出：美國的“目的就是為了保留在西藏的帝國主義勢力，以便於把西藏變作進一步侵略中國的軍事基地。美帝國主義者今天在遠東的一切侵略步驟，包括它對朝鮮的武裝侵略和對越南的幹涉，實際上都是為了在軍事上包圍中國，以作大規模侵略中國的準備。美帝國主義在武力侵占了中國的領土台灣以後，現在又妄圖用種種陰謀來阻止中國人民解放自己的領土西藏，但是一切這些無恥的罪惡行為，除了更加堅定中國人民粉碎帝國主義侵略的決心以外，決不會有別的任何結果。”不僅如此，與人民解放軍進駐昌都的同時，10月25日，中國人民誌願軍跨過鴨綠江，開赴朝鮮，同朝鮮人民軍一道，向打著“聯合國軍”旗號叫囂要在感恩節（11月23日）以前占領全朝鮮的美帝國主義者開戰。由於新中國不屈服於帝國主義壓迫的堅定立場以及世界上對新中國友好的國家和人民的支持和同情，11月24日，薩爾瓦多的關於“西藏問題”的提案被無限期地擱置下來，
昌都解放的消息傳到拉薩後，達紮等人依靠武力可以阻止解放軍進藏的幻想迅速破滅，拉薩僧俗上層一片驚惶。從10月25日起，在羅布林卡召開了好幾次有噶倫、基巧堪布、仲譯欽波、孜本以及三大寺堪布等僧俗官員參加的“西藏全區大會”，研究昌都戰敗後的形勢，商議對策。一些人叫嚷要血戰到底，但是又提不出任何能夠戰勝的方略。首席噶倫然巴，土登貢慶和三大寺的堪布們認為“和”是上策，應派代表與中央談判，他們說昌都失守的原因就在於派往北京的代表至今仍滯留印度，提出要追究他們未能去北京談判的原因。最後，會議隻好用求神問卜的辦法來決定以後的行動，把乃窮和噶東兩位降神師請至羅布林卡達賴喇嘛的臥室中降神，他們都匍匐於達賴喇嘛座前，轉達護法神的諭旨說隻有達賴活佛親自掌權才能消除災難，維持政教昌隆。
噶廈即以所謂“神意”，於11月17日舉行了當時僅16歲的第十四世達賴喇嘛親政的儀式，讓他接管了西藏的政教大權，昏庸老朽的達紮活佛便無可奈何地辭去了攝政職位，不久病逝。
到11月底，阿沛，阿旺晉美等40餘名僧俗官員聯名以及阿沛以他個人名義寫給達賴喇嘛等人的信，由金中，堅讚平措和嘎準桑林巴兩人由昌都送到了拉薩。信中說，為舉行和談，解放軍在昌都待命，暫時停止向拉薩開進，“如漢藏和談不能很快進行，解放軍向西藏進軍是肯定無疑的”。當時在拉薩也盛傳解放軍正從青海玉樹和新疆南部向前後藏擁來，於是，噶廈和一些貴族上層紛紛忙著將貴重財物轉移到國外去，並準備把剛剛“親政”的達賴喇嘛帶到國外去。噶廈給滯留印度的夏格巴，旺秋德丹發電報，令其在噶倫堡為達賴喇嘛選擇住地，準備好住房。夏格巴複電說，美英等國許諾予以協助，印度政府答應派兵在中印邊境接應。囑咐噶廈在達賴喇嘛出境前多加小心。如被解放軍包圍，美國將派飛行員駕專機到拉薩營救，希望在布達拉宮後麵修一停機坪。為此，噶廈曾派人在布達拉宮後麵的次鬆塘空曠地上撒白土，以作為飛機降落的標誌。為預防解放軍突然到來，使他們挾持達賴喇嘛外逃的行動受阻，他們派朵喀·彭措繞傑和夏格巴，洛桑頓珠率第16代本去藏北加強那裏的“防務”，派南木林，班覺晉美等人到後藏偵察，派300名藏軍赴江孜作前衛，派仲譯欽波土丹旦達等作為先遣人員，向亞東方向探路，預備好達賴喇嘛等人外逃途中的食宿。12月19日（藏曆11月11日），他們再次召開官員大會，宣布將原西藏地方政府一分為二。由達賴喇嘛任命大堪布本珠倉，格桑紮西和孜本魯康娃，澤旺繞登二人為司曹，代理攝政職務，堪窮土登繞央和台吉香卡娃，居美多吉為代理噶倫，讓他們留在拉薩主持政務，組成“拉薩噶廈”。達賴喇嘛本人則率噶倫然巴、索康和四大仲譯欽波、三個孜本（包括已在印度的孜本夏格巴，旺秋德丹）等30餘名官員“外出”。當天晚上，達賴喇嘛等人即改著普通人的行裝，在一些武裝人員的護衛下，離開拉薩，向亞東方向出逃，遙控“拉薩噶廈”待機行事。