1955年，梅貽琦由美飛台，開始用清華基金會利息籌辦“清華原子科學研究所”，這就是台灣新竹清華大學的前身。
傅斯年任台灣大學校長不久，台灣發生了學生運動，國民黨當局大肆逮捕學生，史稱“四六事件”。傅斯年對當局不經任何手續到台大逮捕師生十分不滿，親自找國民黨最高當局進行交涉，要求沒有確鑿證據不能隨便到台大捕人；即使有確鑿證據逮捕台大師生，也必須經校長批準，並相約成為一項製度。
傅斯年在抗戰勝利後曾代理北京大學校長，雖然前後隻有1年，但是從他的教育思想看，不論主政北大，還是執長台大，其言論和實踐的自由主義傳統是一脈相承的。傅在論及大學的良好學風時，歸結了四句話：“寬博的胸懷，愛人的氣度，堅貞的風節，樂善疾惡的習慣，都是造成良好的學風所必需要的。”他又強調：“這個好的學風，包括自由的思想，規律的行動，求學的誌願，求真的信心，師生相愛的誠意，愛校愛國愛人民的心願。”在這裏，他認為：“沒有自由的思想，便沒有學術的進步。”要求得科學進步和學術發展，必須思想自由。在此，自由乃科學進步和學術發展之前提條件。
傅斯年任台大校長期間正是台灣的非常時期，其侄傅樂成回憶說：“他經常每日在校辦公6小時以上，一進辦公室，便無一分鍾的休息，有時還須參加校外的集會……他那希望台大趕快辦好的意念，竟使他坐臥不安。”最後竟殉職在台大任上。
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新中國成立後，中央政府就開始籌劃接收國民黨統治下的和外國人開辦的各級學校，使教育“盡快適應新中國的建設與革命需要”，並陸續接受了一些民主人士的建議。
首先是1950年10月，“鬧情緒”的私立輔仁大學被取消，並入北師大等校。
（輔仁大學，始自1925年由天主教會設立的輔仁社，創始人之一為複旦大學的馬相伯先生，1927 年升格為私立輔仁大學，校長陳垣。民國時期與北大、清華、燕京號稱“北平四名校”。抗戰期間，因為有教會支持，輔大成為北方淪陷區唯一不掛日本國旗、文理科仍使用原有教材的學校，也是唯一為國民黨政府所承認的高等學府。該校是北京師範大學、北京大學哲學係、中國人民大學、中央財經大學、中國政法大學前身學校之一；建國後取消，1952年被並入上述5所大學。）
1950年12月，政務院第65次政務會議通過決定：《接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體》。
1951年1月11日，教育部又根據政務院的決定作了具體部署，並召開了一些會議，強調新中國不允許外國人在我們國家內辦學校的方針。首批確定的改為公辦的有11所，其中有燕京大學、協和醫學院等；中國人自辦，仍維持私立，政府給予補貼的，則有滬江大學、東吳大學等。
此年，在批判電影《武訓傳》的運動中，流傳久遠的中國私學傳統遭到無情的抨擊和殘酷的對待，已經逝世的陶行知被點名批判，陶的“生活教育社”隨即停止活動，民間辦學至此徹底中斷。到1956年，私人所舉辦的一切事業，學校、企業、醫院、報紙、商店都被掃除盡淨。
中共開始接受並改造舊國立大學。在著名教育學者楊東平看來，1952年是個“多事之秋”：社會學、政治學、人類學、心理學等許多學科被取消；學分製改為學年製；采用蘇聯教學大綱……還有，招生和就業的兩個口子被“紮”起來了，“自由知識分子”已無立錐之地。
此年全國院校進行調整，學習蘇聯單科大學模式，除北京大學外，民國幾所名校都被拆得七零八散，其中8所全國綜合性大學是重點。
在南京，以中大和金陵大學為主，被肢解、組合成幾個大學，麵目全非，南京大學和東南大學為主要繼承人。
交大的理科、管理被拆到複旦等校，成為純工科大學；唐山、北方兩交大也相繼獨立。