與東林黨政見不合的，是內閣大臣王錫爵、沈一貫和方從哲等人，他們被稱為“浙黨”；另外還有什麼“秦黨”，成員都是陝西籍的官僚；還有什麼“齊黨”、“楚黨”、“宣黨”，都是以首領的籍貫命名的。“秦黨”的政見與“東林黨”相吻合，其他各“黨”都與“浙黨”聲氣相通，黨爭之風甚囂塵上。
東林黨人往往不畏強權，為民請命，大膽彈劾朝中權貴，提出反對礦監稅使掠奪、減輕賦役負擔、發展東南地區經濟等主張。他們還主張開放言路、實行改良等針砭時政的意見，得到當時社會的廣泛支持，同時也遭到宦官及各種依附勢力的激烈反對。當鳳陽巡撫李三才受到內閣大臣論處的時候，在東林書院講學的顧憲成就上書給葉向高、孫丕揚，稱頌李三才的政績。禦史吳亮把顧憲成的信抄在邸報中，使攻擊李三才的人大為惱火。
李三才是一個正直勇敢的好官。他在任職鳳陽巡撫期間，曾經查抄了太監陳增的爪牙程守訓的幾十萬贓款及大量奇珍異寶，並將程守訓依法治罪，辦了一件大快人心的好事。他還在萬曆二十七年和二十八年多次上疏，陳述礦稅的弊害。萬曆三十年和三十一年，他又一再上疏反對礦稅，並且提議修浚河渠、建築水閘、防範水旱，這些主張非但沒有被采納，反而被罰了5個月的俸祿。李三才在反對礦使稅監的奏章中指責神宗皇帝說：“陛下寶愛珠玉，百姓也想溫飽；陛下愛護子孫，百姓亦愛戀妻兒。何以陛下要拚命聚斂財寶，卻不讓百姓滿足升鬥之需呢？為什麼陛下要延福萬年，卻不讓百姓享受朝夕之歡呢？”
對於後妃幹政和宦官專權，東林黨人始終加以反對，哪怕是削職罷官、逮捕問罪也堅持不改。在萬曆後期“爭國本”事件和以後發生的“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案中，東林黨人都從維護皇權的立場出發，堅持反對鄭貴妃、李選侍幹政，公開抨擊危害皇太子、皇帝的行為，主張嚴厲追查三案的當事人及其幕後主使。
東林黨人還在京察大計中力圖整肅吏治。“京察”和“外察”是對官吏進行考核的兩種製度。京察是考察在京任職的官員，每6年一次；外察是考核在地方上任職的官吏，每3年一次，一般是趁外官來京師朝見皇帝時給以考察。京察是根據官員的政績、品行，來決定升遷、降調或罷官等獎懲。若是京察中被罷了官，就將終生不再起用。
萬曆二十一年的京察，主持者是吏部尚書孫考功、郎中趙南星和左都禦史李世達。他們都比較正直，不徇私情。文選員外郎呂胤昌是趙南星的外甥，都給事中王三餘是趙南星的親戚，都因考評不佳被罷黜。東林黨也借此機會罷黜了一些與內閣大臣交往很深的官員。
萬曆三十三年，主持京察大計的是東林黨人都禦史溫純和吏部侍郎楊時喬，就把浙黨官員錢夢皋、鍾兆鬥等人貶謫。但南京的京察大計則是由齊楚浙黨主持，他們借機斥逐東林黨的官員。
到萬曆四十五年，浙黨首領又當上了內閣首輔。這一年的京察大計，東林黨人受到很大的打擊。這樣一來，就形成了一種朋黨混爭的局麵。東林黨人的政治主張，也和他們排除異己的動機糾纏不清，給攻擊他們的人製造了口實。
天啟帝時期，宦官魏忠賢專政，形成明代勢力最大的閹黨集團，齊楚浙諸黨爭相依附，對東林黨人實行血腥鎮壓。天啟四年（公元1624年），東林黨人楊漣因彈劾魏忠賢二十四大罪被捕，與左光鬥、黃尊素、周順昌等人同被殺害。魏忠賢又使人編《三朝要典》，借紅丸案、梃擊案、移宮案三案為題，毀東林書院，打擊東林黨。東林著名人士魏大中、顧大章、高攀龍、周起元、繆昌斯等先後被迫害致死。齊楚浙黨又造天鑒諸錄，加東林以惡名，並列黨人榜於全國，每榜少則百人，多至五百餘人；凡列名者，生者削籍，死者追奪，朝中善類為之一空。魏忠賢還指使黨羽製造《東林點將錄》，將著名的東林黨人分別加以《水滸》一百零八將綽號，企圖將其一網打盡。天啟七年明思宗朱由檢即位，魏忠賢自縊死，次年毀《三朝要典》，對東林黨人的迫害才告停止。但東林與閹黨的鬥爭一直延續到南明時期，前後達40多年。
東林黨（其中包括東林書院的大量師生）是明朝後期出現的以中下級官員、中下地主及知識分子為主的反對王公貴戚、權臣宦官的政治集團。他們企圖以儒家正統思想挽救國家，但在強大的統治集團剿殺下遭到重大打擊。而其敢於鬥爭、為民請命的精神卻萬古流芳，影響至今。