（1）正式製度與非正式製度及其變遷。1960年科斯的經典著作《社會成本問題》奠定了新製度經濟學的基本框架以後，新製度經濟學作為一個新的分支得到了迅速的發展，它通過對新古典經濟學“製度既定”的假定的修正，開創了經濟學研究的一個新的視角。可以說，新製度經濟學是對新古典經濟學的基礎的革命。
製度是一係列被製定出來的規則、守法程序和行為的道德倫理規範，它旨在約束追求主體福利和效用最大化的個人行為。林毅夫把製度定義為：一係列人為設定的行為規則，這種規則能約束、規範人們的相互行為，幫助他們形成對別人的行動的預期。製度最基本的功能是節約，即交易費用的節約。製度安排的界定可以通過以下途徑來實現：①擁有強製力壟斷權的組織運用了強製力壟斷權進行強製性的製度安排；②經濟中的團體和個人在經濟活動中非正式地逐漸形成。前者形成了正式製度，後者形成了非正式製度。與之相對應的分別是法律規章安排和道德關係安排。
同樣，製度的變遷也可以分為兩種：強製性製度變遷和誘致性製度變遷。誘致性製度變遷是現行製度安排的變更和替代，或者說是新製度安排的創造，它由個人或一群人在響應獲利機會時自發倡導、組織和實行。與此相反，強製性製度變遷可以政府命令和法律引入實行，它可以純粹由不同利益集團或選民集團之間對現有利益進行再分配而發生。強製性製度變遷必然帶來正式製度安排的變更，而誘致性製度變遷則不一定帶來這樣的結果。無論何種製度都是支配經濟單位之間可能合作和競爭的方式的一種安排，它至少用於下列目標：提供一種結構使其成員的合作獲得一些在結構外部可能獲得的追加收入或提供一種能影響法律或產權變遷的機製，以改變個人或團體合法競爭的方式，創新常常意味著某些規則乃至至高無上的法律的變遷。正式製度和非正式製度在很多方麵是相似的，但也有不同之處。有時，非正式製度比正式製度有著更強的生命力，它往往表現為人的道德觀和社會共同接受的行為規範等，並且常常同意識形態相聯係。因為非正式製度的安排常常是在人們的經濟活動中自發形成的，這就意味著正式製度的安排常常落後於非正式製度的安排。
（2）正式製度和非正式製度的關係。我們認為，正式製度安排與非正式製度安排之間存在一種互動關係。一方麵，非正式製度的安排會促使正式製度安排的出現，同樣，正式製度也為非正式製度的穩定和改進提供了條件。另一方麵，正式製度必須與非正式製度保持目標的一致性，才能保持其穩定性。在人類曆史上，先出現的是非正式的製度安排。原始社會公有產權的出現，是建立在部落成員共同勞動、相互分工、共同分享勞動成果的默契之上的。這樣的一個正式製度安排是因為它符合當時的技術水平，特別是與原有的非正式製度安排相一致，得以存在了數萬年。非正式製度安排以道德、行為規範的形式出現，在一定的時間序列中具有較強的穩定性。當它和正式製度安排相一致時，它可以維持正式製度的穩定性，反之，組織中的個體總會選擇遵從非正式製度安排，有時甚至結成團體爭取組織領導權，以便影響正式製度安排。類似的情形在改革初期曾經出現過。在原有的人民公社“三級所有、隊為基礎”的正式製度安排下，安徽農民在爭取溫飽的激勵下，首先形成了“包產到戶”的非正式製度安排。在當時的情況下，這種製度安排顯然是“合理不合法”的，但是這種“非法”的製度安排卻影響了中央的決策進而在全國鋪開，最終成為正式的製度安排。與之相反，合作化運動、人民公社運動這些合法的正式製度雖然借助於國家強製力存在了30年，並且也曾戰勝過類似“包產到戶”的非正式製度，但是在很大程度上它是依靠扭曲的意識形態的力量，甚至可以這麼說，國家強製力和扭曲的意識形態不可能永遠遏製住非正式製度安排的出現也不能遏製非正式製度下，組織成員推動正式製度安排發生變遷的努力。
三個和尚沒水喝的故事在中國可謂家喻戶曉、婦孺皆知，從經濟學的視角看這個寓言故事，寓意是極其深刻的。三個和尚的故事，最終強調的是公平合作和社會和諧的因果關係，何謂公平、如何合作都是值得深思的問題。這種因果關係需要製度約定，也就是說事先的相關規定（製度）決定了公平的表現和合作的具體形式。
這個故事裏的公平原則是大家都要挑水。大家都挑水，這看上去十分公平。但是，挑水的方式並不是唯一的，而是有多種選擇的。比如，過去一個和尚自己挑水，現在如果來了第二個和尚，就有多個方案可供選擇，一是兩人一起下山抬水，再一個是兩人一起下山各自挑一擔水，或者兩個人輪流擔水，間隔一次、一天或很多天。即便是第三個和尚上山，依然可以大家輪流下山挑水或者一起下山各挑一擔水。