格列佛在小人國裏漸漸熟悉了他們的一些非常特別的風俗習慣。
國王愛看大臣們在繩上跳舞，以此作為選拔人才的標準。財政大臣跳得最好，因此他得到了國王的寵愛。有一次，財政大臣差點摔死，幸虧國王用坐墊救了他。當時小人國正麵臨著一場危機，利立浦帝國和不來夫斯帝國因為爭論吃雞蛋時先吃大頭還是先吃小頭而打了起來。為了防止外國入侵，格列佛渡過海峽把不來夫斯帝國的五十艘大船拖了回來。
格列佛立了大功，不來夫斯很快就派人來講和並簽署了和平約定。但是利立浦國王的野心很大，命令格列佛把敵國消滅掉，被格列佛拒絕了。國王為此很不高興。這時，王後的寢宮起火，格列佛急中生智用尿幫助把火撲滅。王後不但不感激他，還覺得自己受到了莫大的侮辱。於是，發誓要報仇。小人國經過晝夜的商議，決定以叛國罪刺瞎格列佛的眼睛並把他餓死。格列佛聽到這個消息後，立刻逃到了不來夫斯國，借用了一艘小船逃走了。
不久，格列佛乘冒險號商船又一次遠航印度洋，在途中遭遇了風暴，船偏離了航線，來到大人國。格列佛躲在四十英尺高的麥田裏，結果被一個農民發現，帶回家給他的女兒當寵物。由於格列佛聰明機智，不久就名聲遠揚，他的主人為了賺錢，帶著他到全國各地巡回演出。
他們來到大人國的首都，王後將他買下來作為自己的寵物。在官廷中，由於他身材玲瓏又機智過人，深得寵幸，隻是經常會受到老鼠和小鳥等動物的侵害。格列佛還同國王談起了英國的政治、經濟和文化狀況，誇耀自己祖國的偉大。國王卻不以為然，批評英國近百年的曆史隻不過是一大堆陰謀、叛亂、暗殺、屠殺和流放。在大人國待了幾年後，格列佛思鄉心切，在一次國王南巡的時候，他裝病躲在木箱裏在海邊呼吸新鮮空氣。不巧，被一隻大鷹把這個箱子叼走了，木箱落到海中，被英國的一艘商船救起，格列佛又回到了祖國。
在家住了兩個月，格列佛再一次登上了商船去東南亞一帶遠航，途中遇到了海盜的襲擊，格列佛被放在小船上任其漂流，最後僥幸被一座會飛的島嶼救起來。飛島上住著國王和貴族，他們長得奇形怪狀，服裝也很古怪，外衣上裝飾著太陽、月亮、星球和各種樂器的圖形。普通的居民住在另外的三座島上，如果人們反抗，飛島就會飛到該島的上方，擋住陽光和雨水，甚至壓下去直接鎮壓。
格列佛訪問了其他三座島嶼。他首先參觀了一個學院，這個學院研究的課題真是與眾不同，他們研究如何從黃瓜中提取陽光，把糞便還原為食物，繁殖無毛綿羊，軟化大理石，把各黨派人物的頭鋸開，加以混合後裝回各自的頭中，以此消除黨爭。他們還用檢查糞便的顏色、氣味、濃度、粗細以及食物消化程度來判斷人們的思想動向。這是他們多次試驗發現的真理。格列佛又來到巫人島，魔法師運用法術讓他和亞曆山大、愷撒大帝等名人的鬼魂進行了對話，發現史書上有很多地方並不屬實，而是顛倒是非。
經過訪問後，格列佛拒絕了飛島國的任命，訪問日本後經過荷蘭回到自己的國家。
格列佛回家修養了幾個月，又被任命為冒險號的船長，再一次出海遠航。途中經過西印度群島的時候，他的部下反叛，把他一個人扔在一塊陌生的陸地上就揚長而去。