太陽表麵還有黑子。中國的天文學者早在公元前2個世紀就記錄下太陽表麵的黑子。而在西方，1800年後才由伽利略通過望遠鏡觀測到黑子。我們今天已經知道，黑子是太陽表麵有強磁場限製和熱氣體減速的地方。氣體減速導致溫度下降，這一區域就更暗，這是對比而言的。如果我們把黑子挖下來，放到夜空中，它將比最亮的星還亮。黑子中央黑影部分被稱作暗影，黑子周圍較濃的淺灰區叫做半影。
黑子的出現、消失有周期性。在19世紀中葉，一個業餘天文學家samuel heinrich schwabe發現太陽表麵的黑子數不是常數，而是由少到多又到少，有個周期。平均下來大約11年一個循環。最初，黑子出現在每個半球緯度30度的地方，接著黑子增多，向赤道蔓延。最後黑子變少，在緯度5度的地方消失，如此周而複始。最近一次的黑子最多時是2001年，預計下一次在2012年。
太陽黑子成對出現。因為黑子是自然磁場形成的，而自然界的磁場成對出現，因此黑子也成對出現。若一個黑子是正極，那麼另一個為負極，正如磁鐵的兩端。我們可以把黑子對看做放在太陽表麵的蹄形磁鐵。
黑子常聚成一團，整體上表現出磁性。這些團簇可以由兩對或更多的黑子組成。如果團簇的一端是一極，相對的一端是另一極。如果太陽的北半球是正極，則在南半球的一端為負極。
太陽的磁極在每個黑子周期顛倒一次。每11年，太陽的兩極磁性顛倒，整個太陽的磁性也隨之顛倒。因此，從磁性的角度來考慮，黑子周期應為22年而不是11年。
黑子很大。很多黑子達到了地球大小，黑子團簇能在太陽表麵綿延16萬千米。
部分人認為太陽黑子數量的變化能影響地球的氣候。天文曆史記錄顯示：1645～1715年，黑子數量相對較少。氣象記錄顯示：同一時期歐洲大部分地區的冬天更長。這能說明問題嗎？另有一些人，據稱也找到樹木年輪與太陽黑子周期的相關性。
最近科學家似乎發現了太陽黑子對氣候的影響。斯坦福大學的sallie baliunis博士找到了依據：太陽黑子數與太陽釋放出的總能量有關，進而影響到地球的氣候。值得一提的是統計數據有偶然性，並被諸多因素所影響，因此不能提供直接的證據。當提到諸如太陽，地球氣候等複雜問題時，統計數據都應該被深入研究。