閥、打倒土豪劣紳的革命進步活動。童年的許毅深受家庭影響，他不知疲倦地跟隨姐姐參加遊行、張貼標語等革命活動，而這也無疑成為許毅走上革命道路的自在根基。
自幼接受“普救眾生”人道主義教育的許毅，立誌長大繼承父業，成為一名學貫中西、懸壺濟世的良醫。1927年，國民黨右派在帝國主義和大資產階級的支持下發動了“四一二”反革命政變，在一片白色恐怖之中，許父為避殺身之禍，隱姓埋名遠走他鄉，原本富足的家境自此每況愈下。
1930年，由於生活貧困，求學無望，年僅13歲的許毅不得不到海門大生第三棉紡廠當起了學徒。在工廠的三年時間裏，他手腳勤快，深得老板賞識，同時利用一切可能的機會和時間學習文化與會計知識。酷愛學習的他，從每月兩塊銀元的工資中拿出一半用於購買各種書籍，孜孜不倦地認真閱讀，探尋人生道理。《萬有文庫》成為他那時最好的精神食糧，英國大科學家牛頓、美國大發明家富蘭克林、中國當時的新興實業家張騫等人的精彩事跡都成為他追尋的人生目標，而這段紗廠的工作經曆則在有意無意之中成為了他從事財經工作的起點。
1931年“九一八”事變爆發，原本以東北為主要銷售市場的南通民族紡織業由於日本布匹的傾銷而受到了沉重打擊，生產經營難以為繼。外國資本和民族資本對產業工人的雙重壓榨，使得工人原本就很微薄的薪水一降再降，而工作強度卻不斷增加，這些親身經曆讓許毅對於“三座大山”的反動本質有了最初的淳樸認識。一次，他從小學同學江一帆那裏看到了進步書刊《生活周刊》，其中針砭時弊的評論和對唯物辯證法深入淺出的宣傳使許毅如獲至寶，看得如醉如癡。從此，為了穿破迷霧、尋求光明，他為自己開出了廣泛閱讀進步書刊這個“藥方”，而上海生活書店則成了他的“藥房”，列昂捷夫的《政治經濟學大綱》，艾思奇的《大眾哲學》，魯迅先生的《狂人日記》、《阿Q正傳》，這一劑劑對症良藥讓他對近代中國社會的各種矛盾有了了解。20世紀30年代中國錯綜複雜的階級矛盾、民族矛盾以及民族危亡之際國民黨政府頑固堅持的“攘外必先安內”的反動主張，都曾使許毅備感疑惑，而那些進步書籍對這些問題都進行了不同程度的解答。由此，許毅開始逐漸懂得什麼是階級，什麼是共產黨，國民黨為什麼反共，為什麼對日不抵抗，青年的前途何在……而對於社會主義，對於中國共產黨的了解和向往之情也逐步加深。
回首這段經曆時許毅說，一個學徒工隻有得到了先進理論的武裝，才有可能使自己從自在的階級上升到自為的階級。其中他特別提到了《大眾哲學》中辯證唯物主義啟蒙對他的重要影響，書中為了說明量變到質變的道理，特別舉了雷峰塔因為基座的磚不斷被迷信的民眾抽回家中用於避邪而最終倒塌這樣一個形象的例子，而其他如事物發展的否定之否定、螺旋式上升的規律等分析方法都令許多此前難解的問題豁然開朗。
在抗日中點燃革命激情
1934年，資本帝國主義對中國民族資本的傾軋變本加厲，大生棉紡三廠大規模裁員，許毅由此失業，這更讓他深深體會到個人的命運與國家命運和時代命運聯係得是如何緊密。1935年，許毅經父親友人的介紹到鄰縣如皋的一家鹽店當店員。作為負責製作食鹽運銷情況報表的助理會計員，許毅需要按旬、按月向外國人控製的鹽務稽核所報送報表，由此他更加直接感受到帝國主義對中國鹽政的控製和剝削。做會計員期間，他也對資本家斂財的秘訣逐漸有所了解。鹽店共有三本賬，第一本是假賬作為上報鹽務稽核所之用，第二本是含水分的賬用於提交董事會，第三本反映真實家底的賬則由老板一手掌握，第一本賬由外賬房來做，後兩本賬由內賬房把持。作為助理會計，許毅是沒有資格接觸內賬房事務的，而內賬房充斥的爭權奪利也讓他深為反感。舊社會的這些烏煙瘴氣和人情冷暖進一步發展了他的階級意識。在此期間，許毅報名參加學習上海立信會計學校的函授課程，接受現代會計教育，後因“八一三”抗戰爆發郵路中斷而被迫中止。
1935年的華北五省危機以及年底爆發的“一二·九”運動，讓許毅徹底看清了國民黨政府的真實麵目，從此他開始主動投身到抵抗外侮的運動中來。平時在鹽店做工，假期則回鄉與上高中的弟弟四處貼牆報宣傳抗日思想。1936年發生的“七君子事件”和東北義勇軍在喜峰口痛擊日本侵略者的消息進一步強烈地衝擊著許毅的思想，對日本軍國主義侵略野心的痛恨、對蔣介石政府倒行逆施的不滿都激發了他對中國共產黨領導的革命事業更為深厚的向往。
1938年3月18日，日寇的鐵蹄踏進了南通縣城，轉天又占領了如皋。許毅離開鹽店啟程回鄉，一路上他反複思索著如何組織抗日救亡運動。回到家鄉之後，他便同昔日好友一起自發組織起了各種救亡運動。從此許毅踏上了一個革命者的征程。
在投身抗日救亡之初，許毅和朋友們試圖尋求國民黨政府的支持但屢屢碰壁，此後他們組織了自發的“戰時青年救亡宣傳隊”，沿著隴海鐵路一路宣傳。隨著影響的擴大，國民黨地方組織吸收他們參加了國民黨組織的抗日團體。許毅曾先後在國民黨南通縣黨部辦的“宣慰總隊”、“國民黨特務總隊第八大隊政訓隊”做過宣傳工作，1938年5月到7月又在國民黨海門縣黨部辦的《新海門報》從事抗日信息、國民黨中央戰報的編輯工作。然而每到一地，他那深受進步書刊影響的思維方式和風風火火發動群眾的工作方法必然受到國民黨官員的限製、排斥和打擊，並被視為“赤色分子”。這個時期的經曆，讓許毅對國民黨在事關民族危亡的嚴峻時刻仍積極反共的麵目有了更加清楚的認識，也更加堅定了參加共產黨抗日救亡運動的決心。
1938年11月，許毅輾轉通過當初“戰時青年救亡宣傳隊”的一位好友介紹，在如皋縣馬塘國民黨的“抗戰支隊”中找到了蘇北地下黨組織“中共江北特委”，他和其他幾位宣傳隊的骨幹分子主動向組織要求到敵占區開展地下救亡工作。後經組織批準，他們組成了受“江蘇民眾抗日自衛隊獨立支隊”領導的“蘇北敵占區救亡工作團”到敵占區進行活動，由許毅擔任聯絡部長。進入南通縣城後，工作團對外以“讀書會”名義進行活動，他們出版了一份油印《導報》，在縣城裏和薑灶鎮設了一個流動圖書館，許毅參加了組建圖書館的工作並組織讀書活動，在此期間他陸續閱讀了《共產黨宣言》、《反杜林論》、列寧的《國家與革命》、《戰略與策略》、斯大林的《聯共黨史第四章》、斯諾的《西行漫記》以及史沫特萊等人的著作。武漢失守前，他又讀到了毛澤東同誌的《論持久戰》以及秦邦憲的《社會科學基礎教程》，不但自己如饑似渴地從中汲取營養，還積極向他人推薦宣傳。這些書籍的傳閱，自然而然地宣傳了中國共產黨的主張，許毅和戰友們逐步懂得了要解放自己，必先解放群眾，解放勞動人民，解放無產階級，解放全人類。懂得了要明辨正義與非正義、革命與反革命、壓迫與被壓迫、剝削與被剝削、是與非、愛與憎這些辯證統一的關係。為了長期隱蔽、堅持地下鬥爭，許毅同戰友張冰、張炎、莊誌逵等人還在薑灶鎮集資開辦了“新民”綢布店和“甦聲”百貨店。
經過近8個月的抗日救亡活動，許毅初步經受了革命鬥爭血與火的考驗，並取得了地下黨組織的信任。此後，他向組織建議，由他及幾位昔日“戰時青年救亡宣傳隊”的核心成員到敵占區去進一步開展抗日救亡工作。
在戰火考驗中光榮入黨
1939年抗日戰爭進入了相持階段，鬥爭形勢更為複雜。地下黨負責人陳偉達、梁靈光派人指示許毅搜集軍事情報，協助部隊解決給養。許毅堅決執行了組織的命令，順利完成了任務。地下黨組織對許毅卓有成效的工作給予了充分肯定，陳偉達等領導同誌還專門到商店來考察工作。但由於保密工作不嚴，他們的行蹤被國民黨頑固派發現，遂將商店列入“赤色組織”名單。1940年2月，國民黨頑固勢力突襲了新民商店，由於許毅當時正在護送有關同誌到劉橋的路上因此而未遭毒手，但薑灶鎮的地下工作係統則遭到了破壞。
此時陳偉達、梁靈光等人正準備率領“抗戰支隊二大隊”轉移，陳偉達指示許毅留守參與營救被捕的同誌及善後工作。尋找合法身份成為留守工作的首要前提，恰巧此時國民黨財政部所屬的兩淮鹽務稅警一團正在招考政工人員，許毅受陳偉達指示帶領7名抗支政工隊的同誌以應考的方式打入了稅警一團。在這7名同誌中，有幾人已經是地下黨員並組成了黨小組，而許毅則以稅警一團政工隊副隊長的身份作為黨外人士領導著有地下黨小組存在的政工隊開展了抗日救亡運動。在很短的時間內，他們把石港鎮的群眾組織動員了起來，成立了青年救國會、婦女救國會、兒童團等群眾抗日團體，同時動用各種社會關係把被捕的同誌營救了出來。
針對蘇北地區當時錯綜複雜的軍事鬥爭和政治鬥爭環境，黨組織決定加強統戰工作，並派許毅協助黃逸峰同誌從事統戰工作。當時黃逸峰同誌的公開身份是“國民黨戰地黨政建設委員會”中將委員，他以此身份在蘇北勸說各派武裝團結抗日、反對分裂。經黃逸峰與稅警總團總指揮陳泰運協商，派許毅擔任陳泰運與新四軍的聯絡工作，公開身份是稅警總團指揮部副官。
1940年9月，陳毅同誌指揮新四軍蘇北主力攻克了薑堰，而此時國民黨頑固派韓德勤則在東台召開軍事會議，部署向新四軍駐地黃橋全麵進攻。保持中立的陳泰運等人將韓德勤進攻黃橋的軍事部署通報給了黃逸峰，並同意新四軍部隊穿過其防區向韓德勤主力部隊指揮部發動突然襲擊，許毅將這些重要情報及時地送到了新四軍領導手中。在9月30日到10月6日的戰役中，新四軍主力一部5000多人一舉擊潰了韓德勤4萬餘人的武裝。
黃橋決戰後，陳泰運、李明揚等我黨統戰對象感到今後與新四軍防地直接相交容易出現矛盾和摩擦，於是請黃逸峰同誌出麵組建一支抗日聯合武裝駐紮在新四軍和陳泰運、李明揚部之間作為緩衝。黃逸峰派許毅將此事向陳毅同誌當麵進行了彙報，並得到了陳毅同誌同意建立聯合武裝的指示。1940年10月10日，由三方派出兵力，黃逸峰任司令員的“魯蘇皖邊區遊擊總指揮部直屬縱隊、魯蘇戰區蘇北遊擊指揮部第三縱隊聯合抗日司令部”（簡稱“聯抗”）在曲塘鎮宣告成立，許毅擔任司令部政治部敵工科科長，繼續負責與陳泰運、李明揚部的統戰工作和軍事情報工作。為了建立“聯抗”政工幹部隊伍，許毅先是聯絡原“蘇北敵占區救亡工作團”骨幹分子，隨後活動於南通、如皋所屬鄉鎮，隨後又專赴上海，先後動員了30多名進步青年參加“聯抗”。
在政治部工作不久，許毅擔任了“聯抗”一大隊教導員，實際是在黨組織領導下從事部隊的政治工作，核心任務之一是抓黨的建設，教育進步指戰員認識共產主義，發展進步的積極分子入黨。然而那時，他本人還不是共產黨員。究其原因，許毅此前曾參加過幾個國民黨所屬抗日團體，後又組織領導地下黨的外圍抗日組織，此後一直在黃逸峰直接領導下從事統戰工作，因此“聯抗”黨組織中的同誌誤以為他社會關係複雜，需要進一步考驗。但那時許毅以“紅色白丁”的身份領導著所屬連隊的政治指導員進行黨的組織建設和思想建設工作，可見“聯抗”黨組織對於他是充分信任的。
1941年1月，國民黨反動派掀起了第二次反共高潮，製造了“皖南事變”。“聯抗”在新四軍蘇北指揮部的領導下參與了反擊戰役。許毅因為在雨水中連日征戰，過度疲勞而感染了傷寒病，幸好得到新四軍衛生部部長的正確救治得以最終戰勝病魔獲得了新生。在此期間，政治部主任張孤梅同誌帶來了組織正在考慮他入黨問題的消息。1941年5月，許毅曆經風雨滄桑終於在“聯抗”加入了向往已久的中國共產黨。
在後勤保障中步入財經戰線
1941年9月，“聯抗”領導為了加強部隊後勤保障工作，任命許毅為“聯抗”司令部糧秣管理處主任並兼任泰北辦事處糧賦科長，他由此從統戰工作、敵工工作和軍事工作轉入了革命財經工作，1943年起又兼任江蘇省紫石縣財政局副局長和生產建設科科長。從此，他便開始了與財政工作跨越一個甲子的不解之緣。1945年日本投降後，許毅又奉命調到蘇中行政公署財政廳，任軍糧特派員和蘇皖地區一分區專員公署財經處糧庫主任。烽火連天、崢嶸歲月的革命鬥爭，使許毅積累了豐富的財經工作實踐經驗，鑄造了他不畏艱險、堅忍不拔，敢於在複雜形勢下開創新局麵的領導風格。自此，鬥轉星移，榮辱炎涼，南北轉戰，風雲激蕩，許毅一步步成為新中國財經事業的實踐者和著名的經濟學家，成為中國社會主義財政理論的主要開創者之一。他在根據地的財經工作，無疑為他後來財經思想和理論體係的形成奠定了堅實的基礎。
1946年6月，國民黨反動派發動了全麵內戰，7月國民黨在蘇中地區集中2萬人向我蘇中解放區發動進攻。粟裕同誌在黨中央、毛主席的指示下，集中3萬人在蘇中地區的運動防禦作戰中創下了七戰七捷的光輝戰績。在此期間，許毅在陳丕顯同誌的直接領導下做支前工作，負責保障軍隊的糧草供應。
七戰七捷之後，我軍主力部隊向山東解放區北撤，許毅奉命在根據地堅持工作，任蘇皖一分區財經分處主任兼糧秣總站站長和裕豐實業公司總經理。1946年至1948年期間，許毅和戰友們緊密團結，依靠根據地人民，在艱苦的條件下辦起了米廠、麵粉廠、肥皂廠和毛巾廠等，保障了部隊的基本供給。他在動員、組織工人堅持生產的同時，也在探討如何管理公營企業和按勞分配問題，並嚐試性地製定了廠長責任製、經濟核算製等若幹管理製度，不僅依靠政治宣傳，也通過一定的物質利益原則，調動工人的積極性，體現了卓越的經營管理才能。
1948年8月，許毅調任華東行政公署任糧食局副局長。11月，淮海戰役開始，他擔任華東支前司令部糧食局副局長，兼任財糧部副部長。1949年渡江戰役期間，任蘇北糧食局局長，兼任蘇北支前司令部財糧部副部長，負責組織蘇北片的財糧支前任務。
1949年5月上海解放，在陳雲同誌的指揮下，許毅參加了對資產階級的第一次重大經濟鬥爭，他指揮數十萬水運大軍，負責由蘇北地區向上海和蘇州突擊運輸糧食和棉花，粉碎了資產階級和國民黨敵特勢力利用“米棉之戰”欲置新上海於死地、從經濟上搞垮共產黨的陰謀。在打擊投機資本、平抑物價的經濟鬥爭取得決定性勝利後，許毅於1950年初離開了生於斯、長於斯的蘇北地區，調任華東軍政委員會財政部任計劃處長，進入解放後的上海，開始從事城市經濟工作。
從紗廠小學徒到華東地方大區財政部計劃處領導，許毅整整經曆了人生20個春秋，而其間人生角色的轉換、思想境界的巨變，可謂曆盡艱辛。回首往事，許毅感慨地說：“正是民族的危亡，才促使我去尋求一條救國之路。國民黨政府從不抵抗到消極抗戰，失盡民心，促使我們熱血青年轉向了中國共產黨。”如果說是自在的基礎讓許毅在舊社會紛繁複雜的學說中剝繭抽絲，最終選擇了信仰馬克思主義，選擇了跟共產黨走的正確方向，那麼在革命實踐中不斷提升自己的思想境界、領導才能和業務水平則是許毅有意識地在馬克思主義理論指引下不斷走向自覺的一個過程。
參與新中國建設的偉大實踐與財經理論的科學探索
全國解放，中華人民共和國成立，我國進入了一個在半封建半殖民地基礎上建設社會主義的偉大曆史任務的新階段。許毅同誌積極參與了這一過程，與黨同命運共呼吸，既有振奮和欣喜，也有挫折和悲傷，但總的說來，他在這個偉大實踐中，在三代領導人的統率下，艱苦奮鬥，艱辛探索，在馬克思主義領導藝術和馬克思主義理論造詣方麵都得到了升華。
新中國成立初期由實踐到理論的探索
恢複時期，許毅同誌在華東軍政委員會財政部任計劃處處長，負責這一地區的財政預算管理工作。這對於他來說是一個全新的課題，要比戰爭時期管理一個根據地的財政經濟工作和軍需後勤供應複雜得多。
此時，什麼是國家財政、怎樣才能做好國家財政工作，成為擺在包括許毅在內的解放區進城財經幹部麵前的突出問題。新中國成立初期，百廢待興，清匪反霸，抗美援朝，軍政開支很大，而國民經濟尚未恢複，財政十分困難。許毅在華東軍政委員會財政部部長陳國棟、副部長宋季文的組織帶領下，一方麵加強對財政收入、重要物資、軍政機構經費的統一管理，把有限的財力集中起來有計劃地使用，支持當時“邊穩、邊建、邊抗”的多方麵需要，另一方麵還努力學習財政經濟理論。但是，舊社會留下的大學教科書《財政學》所論述的都是西方經濟學的“公共財政”理論，明顯脫離於我國的財政經濟實踐，而從蘇聯引進的以貨幣關係論為基礎的財政理論和學說，又與當時“發展經濟、保障供給”的方針不相吻合。這迫使許毅從理論和實踐的矛盾出發，積極探索中國社會主義經濟建設的規律。他深深地感到，探討中國社會主義財政經濟理論，必須依靠馬克思主義的指導，並與中國經濟建設實踐相結合。關於財政與經濟的關係，毛澤東同誌在《抗日時期的經濟問題和財政問題》一文中曾有過精辟的論述：“財政政策的好壞固然足以影響經濟，但是決定財政的卻是經濟。未有經濟無基礎而可以解決財政困難的，亦未有經濟不發展而可以使財政充裕的。”這一論述，對於許毅關於財政經濟理論和政策研究，一直起著決定性的指導作用。
密切注意和研究經濟政策執行過程中的矛盾和問題，是許毅探索中國財政經濟工作特點的主要方法。例如，1953年以統一稅賦和簡化稽征為主要內容的稅製改革，在執行過程中引起了物價的波動，工商業人士反映比較強烈。許毅結合自己的工作實際，對稅製改革後的商品流轉稅的稽征過程進行了仔細的追蹤調查，發現屬於連續加工的工業產品在實現深加工過程中有被重複征稅的問題，以及流通過程的第三道批發商存在著批零劃分不清的問題。從中他第一次深刻體會到稅收和物價的相互製約關係，體會到國民經濟活動中各經濟主體的複雜矛盾性。許毅從來不願意被動地接受一種現象、一種既成事實，對於工作中遇到的問題和矛盾，一定要問一個為什麼。關於修正稅製問題的調查，對於斯大林社會主義經濟問題理論的再認識，激發了他深入學習和研究理論並成為紅色專家的決心。
1954年，許毅被調入財政部經濟建設財務司，1956年任工業財務司副司長，掌管國民經濟中最重要的物質生產部門的財務管理，他更加意識到肩上擔子的分量，認識到按照經濟規律辦事的重要性。
1958年，許毅轉任基建財務司副司長和第二任中國人民建設銀行行長。職務的升遷、崗位的變動，一方麵是客觀工作的需要，另一方麵卻也成為他主動把握自己未來理論研究發展道路的基石。正是眾多專業崗位上的磨煉錘打，使他具備了廣博的財經知識和豐富的實踐經驗，這為他以後進行有創見的學術研究奠定了紮實的基礎。他時刻不忘學習理論，既務實，又務虛，在認真攻讀馬克思主義經濟學經典著作的同時，他積極向經濟學名家請教，與王琢等同誌一起，參加了由孫冶方、薛暮橋、於光遠、駱耕漠、宋濤、秦柳方等專家學者組織的“經濟問題雙周座談會”。他以一個“小學生”的身份，與這些大家探討基礎理論問題，又經常將自己在實際工作中遇到的矛盾提到會上，請他們在理論上給予論證和解釋。這使他能不斷地剖析和處理工作中的矛盾，從理論高度認識事物的本質，並且提出了許多單純從事理論研究的同誌所難以得出的真知灼見，逐步樹立了從鞏固社會主義生產方式、發展國民經濟出發來研究指導財政工作的基本觀念。他在刻苦磨礪中讀完了“我的大學”，實現了從進城幹部到“紅色專家”的脫胎換骨的轉變。
1956年，新中國經濟建設取得了巨大成就，國有經濟迅速發展壯大，城市資本主義工商業改造步伐不斷加快，黨對經濟工作的領導卻出現了急於求成的冒進傾向，財政出現了赤字，物價開始上漲，許毅對此深感憂慮。他從薄一波同誌的“二三四”理論和陳雲同誌的“四大比例、三大平衡”理論中，深刻領會了研究國民經濟比例關係，積累和消費、財政與國民經濟相互關係的重要意義，認為比例、平衡關係永遠是國民經濟管理中的核心問題，是經濟學研究的重大課題。據此，許毅開始把比例和平衡關係作為他建立財政經濟學體係的核心內容，在從事財經管理實務的過程中，逐步形成了自己關於國民經濟管理的理論觀點。
許毅一向重視調查研究，強調向社會學習的原則精神和科學態度。他從企業核算的研究中發現，企業核算和財政、銀行有著十分密切的關係，企業的“小核算”離不開國民經濟的“大核算”，即宏觀經濟。這一觀點，在當時中央組織舉辦的“經濟問題雙周座談會”上提出後，許毅開始在經濟理論界以“大核算”的代表出現。密切注意和研究經濟政策執行過程中的矛盾和問題，是許毅探索中國財政經濟工作特點的主要方法。在財政部工業財務司副司長、中國人民建設銀行行長等崗位上工作時，他對流動資金、固定資金這兩大資金的再生產進行了深入研究。所有這些，使許毅在財會管理、財政研究上初步形成了獨樹一幟的理論風範。
在對若幹典型工業企業調查研究的基礎上，許毅的第一篇經濟論文《關於經濟核算的幾個問題》在《經濟研究》1958年第四期發表。在這篇論文中，他就國民經濟範圍內的經濟核算同企業範圍內的經濟核算的矛盾和統一提出了獨到見解，把傳統上隻講微觀企業核算的經濟核算研究推向了宏觀領域。他指出，“社會主義國營經濟的經濟核算是以國民經濟範圍的全麵核算與個別企業核算的統一為基礎的。我們製度的優越性就在於從國民經濟範圍去安排個別企業的核算”，“國民經濟範圍的核算與個別企業的核算，在基本利益上是一致的”，但統一體內也有矛盾，即國家計劃集中指導、統一安排與發揮企業經營主動性之間，既統一又相互矛盾這樣一種關係。指出這種矛盾是價值規律與國民經濟有計劃按比例發展規律之間的矛盾。他認為，我們的任務就在於承認這些矛盾，自覺地去調節和解決這些矛盾，改進經濟核算工作。實現宏觀效果與微觀效果的統一。這一富有創見性的理論探索，把經濟核算研究推向宏觀領域，並啟示人們對整個財政經濟問題從宏觀決策上進行研究。
從時代背景上看，1958年是盲目追求經濟高速度的大躍進時期。在這個宏觀決策上出現戰略性失誤的時候，許毅提出國民經濟大核算的觀點更顯得難能可貴。隨後，他以經濟核算理論為基礎，深入調查研究了流動資金管理問題，並同王琢、黃菊波合作，於1959年寫出了專著《流動資金簡論》。1981年，在總結新中國成立以來正反兩方麵經驗教訓的基礎上，他又完成了《社會再生產規律與流動資金運動》一書，其中的許多觀點都是對《流動資金簡論》的修正、補充和發展，這表明他從宏觀決策角度研究流動資金的理論又有了新的突破。
繼1958年8月中央提出“鼓足幹勁，力爭上遊，多快好省地建設社會主義”的總路線後，又於北戴河中央工作會議上提出了全國鋼產量翻一番和在農村實現人民公社化的目標。“大躍進”運動如火如荼，許毅在狂熱的經濟口號麵前感到十分困惑，但這位忠誠的共產主義戰士為了與黨中央保持一致，強迫自己臆造了一個“土法煉鋼，取其精華，製成機器再出產品，如此循環往複必有重大價值”的公式，以否定自己先前認為土法煉鋼得不償失的懷疑態度。然而，許毅的批判眼光並沒有完全消失，當理論權威陳伯達提出要廢除企業中的八級工資製、恢複供給製時，許毅和王琢、戴圓晨本著科學求實的態度，在深入調查研究後，發表了針鋒相對批駁陳伯達觀點的文章《論社會主義按勞分配原則與工資政策》，認為八級工資製和計件工資製是符合社會主義按勞分配原則的。
“大躍進”期間，國民經濟的比例平衡遭到嚴重破壞，財政和銀行資金都失去了控製，作為國民經濟總核算的財政部，比其他任何一個政府部門更迅速、更直接地感到“危機”的存在。對此，當時的國務院副總理兼財政部部長李先念組織許毅等幾位財政部的得力幹部，研究現時國民經濟全麵困難的症結，並將其比喻為“關門捉鬼”。按照這一指示，許毅和田一農、王琢等同誌一起，以國民經濟綜合平衡理論為指導，花了一個多月的時間重新核算工農業產值、國民收入、財政收支、基建投資、信貸收支、商品流通、物資供求關係與庫存數量等，得出了符合當時國民經濟實際情況的結論：基本建設規模過大，重工業比重失當，財政是假結餘真赤字，銀行靠增發貨幣支撐信貸規模，國民經濟比例關係嚴重失調。
許毅等同誌在報告中指出，國民經濟已經在諸多方麵體現出“經濟危機”的特征，他特別以畫龍點睛之筆總結性地寫道：“熱情是可貴的，規律是不可違背的。”李先念將這一報告帶上了1959年7月的廬山，準備送交中央工作會議討論。沒有想到，中央主管軍事工作的彭德懷元帥就“大躍進”的嚴重失誤向毛澤東同誌遞交了措辭激烈的“萬言書”，招致嚴厲的批判，以致原本準備糾正“大躍進”失誤的廬山會議，變成了反右傾機會主義的批判會議。鑒於當時的政治氣氛，李先念沒有向會議提交許毅主筆的“捉鬼”報告，許毅也因而得以免遭株連。
探討許毅財政經濟理論的形成過程，“關門捉鬼”的報告應該是其中很重要的一筆。許毅在財政部工作5年後，已經初步具備對國民經濟運行狀況進行綜合分析的能力，能夠透過對經濟統計數據的科學分析，抓住國民經濟中存在的實質性問題。
統領科研隊伍，開創科研工作新局麵
馬列主義的基本理論和中國革命實踐的結合產生了毛澤東思想，指導了半個世紀的中國革命，我黨曆來重視社會科學研究工作。毛澤東同誌不但自己重視研究工作，而且要求黨的各級組織都設立政策研究室，從事政策研究。1956年，毛澤東同誌在聽取中央20個部委對經濟工作的彙報的時候，指示財政部要建立研究機構。在毛澤東同誌的親切關懷下，財政部財政科學研究所得以順利建立，但如何開展財政研究工作仍然是一個新課題。
1963年，在中國人民建設銀行行長崗位上工作了五年多的許毅，向財政部黨組主動請調到財政部財政科學研究所擔任所長，專職從事財政科學研究工作。麵對親友們對他“棄官從文”的質疑，他解釋道：“我從小愛讀書，對做學問的興趣一直比做官的興趣大。中國社會主義建設的多次重大失誤，我都親身經曆過。我痛感應該找一找經濟建設的‘理’，而從‘大躍進’到廬山會議，再到三年經濟調整時期，理論界對經濟規律的痛苦認識過程，使我深深感到‘知理’之難，知與行的統一之不易。”
作為財政科學研究所的第三任所長和財政部黨組成員，他履新後立即開始著手認真探索財政科研的特點。他認為，科研所和政策研究室既有共性又有差別。共性在於都是領導部門的參謀機構，但政策研究室更直接地為領導日常決策服務，因此它所選擇的課題就有緊迫性和易變性。研究所則需要對實踐中提出的理論問題作係統的深入的探索，要把為中心服務和學科建設結合起來，因此它所選擇的課題就須更具有戰略性和穩定性。許毅還認為，業務部門的科研機構和大專院校的研究機構也有不同，學校的研究機構要解決的是在學科建設的基礎上向學生傳授係統知識並不斷更新知識；業務部門的研究所對學科建設必須緊密地圍繞著為實踐服務這個重心。因此，他既反對研究所的同誌做經院式的研究而不重視與實踐結合的偏向，又反對單純趕浪頭而忽視冷靜下來做係統研究工作以及一味跟風而動、不能冷靜從事係統研究的偏向。自此，在他的主持下，財政部科研所的工作很快打開了局麵，研究人員的工作熱情也一再升溫。
為探討中國社會主義經濟建設的規律，研究國家財政在其中的地位和作用，1964年8月，財政部科研所在大連組織召開了後來被稱為“第一次全國財政理論討論會”的財政學理論研討會。會上，許毅針對個別同誌主張“理論—實踐—理論”的思想路線提出了截然相反的意見，認為“實踐—理論—實踐”的公式才是馬克思主義認識規律的精髓。
注重調查研究，用好唯物辯證法的解剖刀
入主科研所後，許毅號召大家認真學習馬列主義，掌握唯物辯證法這把解剖刀，學會分析矛盾，又要求大家密切結合中心工作，認真深入實際做係統的調查研究。和他在一起工作，一年至少要有大半年深入實際、深入基層從事調查研究。他並不反對人們在工作之餘做些有意義的消遣，但他絕不遊山玩水，而是全心全意撲在工作上。由於他善於帶著領導要求解決的中心問題到實際中去找答案，所以他所做的研究工作都有較好的成效。1963~1965年，許毅帶領全所同誌做了對老工業基地設備更新、技術改造問題的調查和正確處理國家與企業之間財務關係問題的研究，以及價格問題的調查。1978年研究所重新恢複以後，他又帶領大家對國民經濟的調整問題、經濟體製改革問題、農村社隊企業和農業生產經營問題做了比較係統的調查報告，並用這些素材豐富了自己的理論認識。研究人員經過這樣的實踐認識，再實踐再認識的過程，也感到自己的分析能力和理論水平都有了提高。許毅一方麵要研究人員接觸實際，調查研究，又要求他們勤於讀書和寫作，不斷使自己的認識升華，同時積極為他們創造調查研究的條件和給他們創作假，以便集中力量拿出成品。
許毅認為，對外宣傳要講政策，學術討論要講民主。因此，他十分重視活躍研究人員的思想。他是一個勇於爭論而又服從真理的人，他有時故意把自己當作靶子要大家和他爭論。他和同事們可以爭得麵紅耳赤，慷慨激昂，但會後仍然親密無間，水乳交融。因為大家都知道要探索真理就必須遵循辯證過程，這就是說必須通過爭辯把矛盾的各個側麵都充分暴露出來。這樣經過分析加工然後才能把握住事物的主要矛盾和解決矛盾的方法。這就是學術自由和百家爭鳴的好處。
許毅要求研究人員在研究方法上十分注意運用比較法，他把這種方法叫做“中外古今法”，也就是通過比較鑒別來認識真理的過程。他自己就是善於運用比較法做研究的模範。比如他十分重視把社會主義財政和資本主義財政作比較，研究資本主義國家搞赤字預算的原因、條件和結果。隨著時代的發展和研究的深入，他逐漸對赤字問題形成了富有辯證色彩的觀點。他認為，在社會主義市場經濟條件下，在發揮積極財政的建設職能的過程中，發行國債等手段的實施會在一個時期內產生一定數額的財政赤字。對赤字的問題我們應當加以正確認識，不能一概而論。赤字可分為赤字一和赤字二。赤字一是因經常費用透支或用於軍備競賽和侵略軍事開支等而出現的，是用於消費的，是今後必須歸還的一種財政透支，會引發通貨膨脹，因之不應采納。而赤字二是在不超過國民收入增長額而發生的財政赤字，隻要用於擴大再生產其結果必然會促進國民經濟的發展。近幾年，財政為解決有效需求不足和西部大開發而投資興建的公路、鐵路、機場等項目都屬於生產性投資，有利於經濟發展。而且它沒有透支國民收入，屬於對社會資金的調度，因而不會產生通貨膨脹，同時可以為今後增加收入。赤字二同資本市場的國債、股市的投入產出原理是相同的，因而是無可非議的。當然，在使用過程中必須避免泡沫經濟的產生。