反對陳規，銳意創新，集財經理論研究之大成
許毅擔任財政科研所所長後，始終堅持馬克思主義學風，堅持理論與實際相結合，繼承與創新相結合，“古為今用”與“古為今戒”相結合，“洋為中用”與“洋為中戒”相結合，因而在以對財經領域為主的眾多財經理論的研究中，取得了一係列的研究成果。在研究工作中，他那種勇於進行學術爭鳴，敢於堅持自己認為正確的觀點的學術風格尤為鮮明，即便是對他尊敬的師長和朋友，他也從不隱諱自己的觀點，而是坦誠相見，以理服人，可謂大家風範。
◆ 倡導“國家分配論”
許毅和他的同事們對20世紀50年代我國財政學主流學派的“貨幣關係體係論”，作了深入剖析。這一觀點認為，財政是社會產品和國民收入的價值分配，財政同商品和貨幣經濟有本質聯係。許毅認為，此觀點雖然從生產關係的高度來認識財政，卻混同了分配與交換這兩種不同的貨幣關係，模糊了不同社會製度下財政的職能和作用，使財政變得無所不包。正是對這一觀點的辨析和批判，使許毅開始形成了國家分配論的一些基本認識。
許毅還認為：分配關係是生產關係的一個側麵，屬於經濟基礎，財政分配政策、分配杠杆的運用是上層建築能動地反作用於經濟基礎的手段，是客觀見之於主觀的東西，代表統治階級的意誌。所以，財政政策和財政杠杆的運用是執行國家職能的手段。許毅有關“國家分配論”的觀點是建立在馬克思“三大基金、六項扣除”理論基礎之上的，是以消費與積累兩大基金合理安排為基點，以建設社會主義國民經濟結構和所有製結構為架構的，並且認為財政是國家利用政權來鞏固社會主義上層建築和鞏固社會主義公有製為基礎的重要杠杆。可以說，他後來的財經思想都是在這個基礎上的不斷發展和深化。
許毅關於“國家分配論”的上述觀點得到大多數同誌的讚同，使他成為我國社會主義財政經濟研究中的主流學派的主要代表。同時，在與其他學派的爭論和相互推動中，逐步發展並走向完善。並在後來出版的《財政學》一書中得到了集中體現。
◆ 創新《財政學》的理論體係
新中國成立以來，我國財政學界編寫的財政學理論書籍，一般都采用收支平（平衡）管（管理）的體係，其主要內容是研究財政收入、財政支出與財政管理的各自規律和相互作用關係。從“國家分配論”出發，許毅認為上述研究路子局限性很大，不足以反映社會主義經濟製度下中國財政經濟理論基本矛盾。他認為，要抓住財政學的本質，就必須抓住製約財政活動的基本矛盾，必須回答社會主義財政活動的目的，搞清社會主義經濟規律及其特征。許毅從財政活動收收支支的表象中看到了深層次的運動，從對中國社會主義建設經驗教訓的回顧與反思中，認識到財政關於收支管理的核心問題是引導、製約社會總產品中積累基金和消費基金的合理分配。在1981年第一次財政基礎理論討論會之後，他與陳寶森等同誌一起在有關院校同誌的協助下，編寫了《財政學》一書，這本書專門研究了以處理好積累和消費矛盾為主線的、分層次展開的分配結構問題，研究了分配結構和國民經濟結構即產業結構相互影響和製約的關係。在這部著作中，許毅係統地研究了財政平衡與國民經濟綜合平衡的相互關係，他認為，在經濟工作中，應該用財政、信貸、外彙這些貨幣形態的綜合平衡來製約物資供求平衡。要在既定財力範圍內把積累和消費的關係安排好，而不能超過財力和物力的可能搞高積累和高消費。
書中許毅還專門研究了財政分配與社會經濟結構的關係，強調應該通過財政分配關係和財政政策杠杆來調動各種經濟成分發展經濟的積極性，應該研究如何運用稅收杠杆和其他經濟杠杆來影響和調節各種經濟成分的內部分配，使之符合國家對整個國民經濟積累和消費安排的總要求。由此，許毅為中國財政學理論建立起全新的社會主義財政學體係，但他並不認為這是自己對財政學科認識的終點。
◆ 提出“廣義財政學”的基本思路
隨著改革開放的深入，財政分配作用發生了很大的變化，國家預算在社會分配中的比重下降，客觀上要求重新認識財政在國民經濟中發揮調控作用的途徑。在這種情況下，一部分人仍然習慣於按照傳統的觀念看待財政分配，在理論上出現了對“國家分配論”狹隘化的理解以及錯誤的觀點和主張：或強調財政分配的獨立性，使財政分配脫離社會分配的整體；或強調財政分配的強製性，忽視財政分配與社會基本經濟規律的內在聯係；或將財政分配局限在預算收支的小框框內，單純強調預算收入占國民收入的比重；或強調所謂財政的非生產性、寄生性和服務性，將財政分配與生產力再生產和生產關係再生產的內在聯係剝離開來，把西方資本主義國家的“公共財政”、“公共產品論”引入到社會主義財政理論中來，而對財政工作應如何運用市場機製和財政信用等法權形式調節社會經濟結構，調控社會產品和國民收入分配與再分配，創造公平的競爭環境等缺乏認識。
許毅認為，在改革開放的新形勢下，中國財政理論必須有新的突破，要從被狹隘化的“國家分配論”等老框框中解放出來。為此，許毅於1993年發出了建立“廣義財政學”的倡議，他撰文論述了廣義財政學的基本思路，以馬克思提出的三大基金、六項扣除為原理，形成了熔直接分配與間接分配於一爐的社會主義過渡時期的財政學框架。他說，提出研究廣義財政理論體係的命題，目的也正是從生產方式與分配方式、經濟運行與財政政策、經濟基礎與國家職能的辯證關係入手，以生產力結構優化為中心，以生產力要素配置和物質利益分配之間相互協調為基點，拓展財政科學研究視野，在更廣闊的範圍內重新研究財政理論和政策。1994年，在他的直接領導下，一批財政經濟研究的專家和中青年學者，編寫了《走向新世紀：中國財政經濟理論叢書》，從國民經濟宏觀管理，經濟結構轉軌時期的財政政策，國民經濟活動的各個主要方麵與財政分配的內在關係等方麵，做了比較係統和深入的研究，為廣義財政學理論的進一步發展奠定了堅實的基礎。
◆ 強調“看得見的手”與“看不見的手”的辯證關係
對社會主義市場經濟中的價值規律，許毅始終堅持“宏觀能動論”。他指出，價值規律不僅要求在單個商品的生產中使用必要的勞動時間，而且要求把全社會總勞動時間按比例分配在不同類型商品的生產勞動上，也就是要求對整個社會生產力進行合理配置。在這種社會生產力的配置中，國家應當是能動的。隻有以國家為主體，自覺地應用分配杠杆，在宏觀上通過改善資源配置和調整需求的總量、結構，使“需要”與“滿足需要的手段”協調發展，才能使再生產減少盲目性，從而順應價值規律。
針對改革過程中爭議頗大的產權製度改革問題，許毅從馬克思主義基本原理出發，深刻揭示了所有製與產權的區別與聯係。他指出，所有製是生產關係的總和，並非簡單的人對物的占有關係；它是社會曆史範疇，是生產方式的內在要素，必須具體體現在生產決策和成果分配上。許毅指出，將產權等同於所有製，認為隻有將產權量化到個人才算清晰，主張二級所有製，實際上是將國有轉變為私有，為私有化開道；將責任製與所有製混為一談，主張“企業所有製”和“法人所有製”，實際上是否定公有製主導地位。許毅堅持：對於關係國民經濟命脈的企業，必須實行社會主義全民所有製，這種所有製的本質是不能改造的，對其明晰產權是科學界定和不斷調整國家所有者與企業法人代表及職工之間的責權利關係，改善國家的所有權管理。
在計劃與市場的關係問題上，曾經有人說許毅是計劃派、保守派，反對改革。這種說法更被香港的報章作為內部揭秘而炒得沸沸揚揚。這種說法是不對的。許毅同誌在經濟學界討論如何處理計劃與市場關係的過程中確實曾經更強調計劃在社會主義經濟中的主導地位以及大計劃、小自由的思想，但隨著我國經濟改革實踐的深入發展和全黨在此問題上認識的不斷提高，特別是學習了鄧小平同誌關於計劃與市場的論述之後，他早已修正了以前的觀點，他對中國共產黨十四屆三中全會提出的建設社會主義市場經濟的方針完全擁護。這絕不僅僅是組織上的服從，而是以自己在實踐中的獨立判斷為依據的。因此他對市場的看法同市場“原教旨主義者”是不同的。他認為社會主義市場經濟必須是在宏觀調控下的市場經濟，讓市場這隻看不見的手發揮資源配置的基礎作用，因此政府這隻看得見的手的作用是絕對不可偏廢的。他還認為不能把政府和市場分配同發展生產對立起來，把上層建築和經濟基礎割裂開來，也不能不分析社會主義和資本主義條件下市場經濟的不同機製，或把國家財政參與國民經濟分配作為一種負擔。政府要真正站在全局的角度，引導企業和居民，以市場為導向，著力發現和研究市場需求，製定長遠的財政經濟發展戰略。
許毅認為，之所以宏觀調控需要由國家這一主體來實現，其理論依據是馬克思主義的國家學說。國家是階級矛盾不可調和的產物，但它存在的目的同時也是把階級之間的矛盾衝突控製在社會正常發展允許的範圍之內，從而順利實現統治階級的發展意圖。十一屆三中全會之後，我們的黨把工作重心從階級鬥爭轉移到了社會主義經濟建設上來，這正體現了列寧提出的無產階級政權“二位一體”的職能。黨的十六大和十六屆三中全會提出了全麵建設小康社會的發展目標以及科學發展觀的指導思想，在此基礎上，十六屆五中全會又提出了調動一切積極因素構建社會主義和諧社會的宏偉戰略目標，這體現了我們的黨和國家以人為本、全麵、協調、可持續的科學發展思路。和諧社會的建設，必須在無產階級專政的政權領導之下才能實現，但同時也離不開社會各階層能動作用的發揮。當前，國家一方麵要充分利用資本來改造小生產，發展大生產，充分發展民營資本，另一方麵又要利用政權來進行再分配，合理調節各階層的收入差距，從而把市場經濟發展中出現的衝突和矛盾控製在不至於影響社會發展的範圍之內，這也正是對馬克思主義唯物辯證法的科學實踐。
隨著現代社會的發展，國家管理社會生活的職能日益擴大，幹預經濟的力度也不斷加大，伴隨著這個過程，稅收在GDP中的比重也日益增加。此時，稅收除了繼續發揮籌集財政資金，維持上層建築正常運轉的作用之外，其作用更重要地體現在宏觀調控方麵，包括調節資源配置，調節產業結構，促進經濟發展等方麵。國家主要通過製定稅收政策等方式來有意識地引導生產力布局的調整，調節社會總供求的宏觀平衡，並實現社會再分配的合理化，從而實現宏觀調控的目標。
◆ 超前研究三農問題破解之道
早在20世紀80、90年代，許毅即著手調研“三農”問題。進入21世紀以來，他的研究重點更是集中在解決“三農”問題和打破城鄉二元結構問題上。通過對西北、東北、山東、河南、兩湖、兩廣等地農村經濟的實地考察調研，一向關注農村經濟發展、關心農民群眾疾苦的許毅通過不同渠道，從中西部和民族地區經濟大開發的角度係統闡述了自己的觀點。
他一貫的大思路認為，要徹底解決“三農”問題，隻在一些具體的農業政策方麵修修補補是沒有出路的，要使農民致富必須對現有的落後的農業生產方式進行徹底的改造。通過土地的轉承包，通過發展農業龍頭企業，發展農業生產的集中經營來解決問題。要從生產工具的集約化、生產數量的規模化入手，提高農業生產的技術水平和裝備質量，實現農業生產的機械化、電氣化、信息化。農業產業化的過程是農業的生產、銷售、加工環節走向高度分工的過程，也是農業走向市場化的過程，因此它的發展要以市場需求為導向，以經濟效益為中心，以企業化生產為龍頭，以基地為依托，走區域化布局、專業化生產、企業化管理、社會化服務、產供銷和貿工農一體化經營的社會化大生產的組織形式和生產經營方式，其最根本的特征是農業生產的市場化、集約化和社會化，這正是解決我國“三農”問題的根本途徑。
農村生產方式革命是一場大的革命，沒有有力的事前組織領導是不可能順利實現的，這個組織領導者的角色應該由各級政府擔任。政府部門不能等著市場自發的力量進行生產組織形式的改造，而應當主動出麵組織引導各種生產組織的建立和運行。通過建立新的領導體係，以財政金融作為調控的主要杠杆，實現發展計劃、農業技術、農業物資、生產流通、人才交流等相關部門的整合。此外，農業產業化、工業化和城鎮化也是緊密聯係、不可分割的一個係列問題。不推動農業產業化，試圖在傳統農業的基礎上實現工業化、城鎮化是不可能的。同樣，離開工業化的帶動和城鎮化的支持，要實現農業生產方式的革命也是不可能的。在三者協同發展的過程中，農業產業化是起點，工業化是保障，城鎮化是依托，三者的發展應當形成合理有序、良性互動的關係。
在此基礎上，許毅認識到運用資產階級權利的重要性，提出了必須運用資本對小生產進行革命性改造，要以資本為紐帶改造廣大農村存在的小生產方式，促進工業的快速發展，從而確立了自己在社會主義製度下運用資本的理論觀點。
◆ 展開市場經濟條件下政治經濟學的新探索
麵對經濟全球化進程不斷加快的世界客觀形勢，許毅提出了社會主義的建設目的與人類社會化發展的關係問題以及社會主義轉型期應當把握的原則及立場問題。他認為，商品生產本身是社會化的，從根本上說，商品交換、商品經濟、市場經濟乃至全球經濟反映的都不是簡單的公和私的問題，而是社會化的程度問題，它們體現了生產社會化程度由小到大的發展過程，社會化的程度越高，標誌著生產力的發展水平越高。社會主義製度的先進性正體現在社會化程度深度和廣度的不斷拓展上，而且這不僅僅是一個國家內部的問題，需要從全球角度著眼。社會主義國家實現了以生產資料公有製為基礎，實現了工人階級的領導，實現了以社會化大生產為基礎，並且應當在發展過程中不斷引導生產向著更高的社會化程度發展。但是在當前社會主義初級階段的中國，生產力的發展水平在全社會範圍內遠遠沒有達到發達的水平，生產社會化總體程度仍然很低，小生產在數量上仍占多數，雖然實現了商品的社會化生產，但也隻是低層次的社會化，小商品的社會化，這一切與發展社會主義的要求還有一定差距。馬列主義原理告訴我們，社會主義發展的過程也就是生產不斷社會化的過程，沒有大生產為基礎，沒有生產的革命化進步，小商品的社會化發展走不遠。共產主義的發展目標是實現全人類的解放，從而消滅剝削，消滅三大差別，消除兩極分化，實現“三個大大（生產的大大發展，勞動產品的大大湧現，人民群眾文化水平的大大提高）”，而這一切必須建立在資本、組織、生產、流通、服務等都全麵實現了社會化的基礎之上。我國現在的經濟發展水平距離這個要求還相距甚遠，要實現社會化的任務隻能一步一步地求得發展，不可能一蹴而就。因此，隻有在社會經濟發展的過程中，不斷對小生產進行革命性的改造，同時使生產關係隨著生產力的發展變革而變革，初級階段的社會主義才能獲得快速、健康、協調的發展。
針對蘇聯教科書的觀點，毛澤東同誌曾經指出：“‘每一個’國家都‘具有自己特別的具體的社會主義建設的形式和方法’，這個提法好。”由此許毅認為，我們當前由計劃經濟向市場經濟的轉變，是在堅持社會主義方向和四項基本原則前提下的變革，目的是通過改造不適應時代形勢的經濟體製來使我國的國民經濟獲得新的生機，並采取一切積極手段學習世界先進國家的發展經驗和市場經濟建設經驗。在此必須牢記一個根本原則，那就是不同的社會製度之間可以往來，但是這種往來隻是在工商業和經貿往來的具體操作方式上的接軌，我們的改革開放也是在保證自身根本利益不受損害的前提下與國際通行的經貿“遊戲規則”的接軌，這屬於方法的轉變，屬於製度層麵的接軌，而不是方向的轉變，在堅持根本的社會主義製度這個製度問題上是不允許有任何改變和動搖的。
他認為，馬克思主義政治經濟學中的再生產理論明確了財政在社會再生產中的定位：財政作為再生產過程中的中介環節，必須和交換一起，為生產的發展服務，而且最終為消費服務，因為國家的戰略方針、發展政策歸根結底最終還是要落到人民群眾的實際需要這個目的上來。這裏所說的消費，不僅指現在的消費，同時還是瞄準2050年我國基本達到了現代化條件後的消費。此外，在全球化日益發展的今天，為了取得國際競爭的有利條件，在經濟戰略與國防戰略互動的前提下維護我們發展的安定局麵，我們還必須把消費的眼光從國內放射到全世界。以上三點就是我們不斷促進我國的產業政策和產品結構調整的內在動力。財政調節宏觀經濟的目標也必須與這一消費目標相一致，從而使財政的理論研究和實際工作都能充分體現“始終代表最廣大人民群眾的根本利益”的思想。
許毅還認為，在實踐中，國家通過財政對社會總產品進行直接分配和間接分配，從而達到調節社會各階層分配關係的目的，同時也利用財政和貨幣政策，有力地影響和調節著生產力結構，實現促進社會再生產順利進行的目標。因此，除了簡單地對預算收入進行再分配和提供公共產品這些表層的功能以外，財政政策更深層次，也是更根本的功能是通過分配和再分配環節來製導生產、消費和交換，從而使社會再生產得以順利、有序、高效地進行，進而使市場配置資源的基礎性作用得以順暢發揮。財政作為國家製導經濟的手段之一，其最終的目的是使生產力與生產關係結構、產業結構、產品結構、技術結構、社會經濟組織結構等進一步發展完善，從而實現社會主義的本質。
許毅認為社會主義財政分配不是在某一個特權階級支配下為這一階級狹隘利益服務的，而是為整個國民經濟服務的。這個財政的本質與“公共財政”強調的政府為滿足社會公共需要而提供公共產品的任務是不謀而合的，然而兩者根本的區別在於對公共財政範圍的界定上麵。社會主義財政發揮作用的範圍絕不應該隻局限於提供公共產品這個狹小的範圍內，我們的社會主義財政所講的服務首先應當是“大服務”。所謂財政的大服務，主要體現在方針、路線、政策、戰略任務的製定和引導方麵，表現為宏觀意義上的服務，而不是拘泥於一時一事之上的服務，這與全心全意為人民服務和“三個代表”重要思想，立黨為公、執政為民的指導精神是完全一致的。也隻有做到這一點，我們才能在市場經濟中對資本加以充分運用，使其為建設服務，而不是做資本的奴隸。財政的大服務是為社會的總體服務，主要體現在調整產業結構、產品結構、區域經濟結構、促進科技創新、不斷提高經濟效益、維護社會穩定和保障人民基本生活等方麵，為了達到預期效果，在實施的過程中要嚴格遵循市場原則，強調三大經濟規律的交互作用，達到以少量財政資金和相關政策引導社會資金流向的目的。當然，政府的服務最終也會體現到一個個建設項目上，特別是投入財政資金建設那些私人不願做或無力做的項目。與戰略任務相比，這裏的每個建設項目都相對成為了小項目，然而它們卻正是大服務的具體體現，是微觀層麵對宏觀的體現。從縱麵，也就是從中央政府與地方政府的關係來說，作為一個擁有960萬平方公裏廣闊土地和13億人口的大國來說，東西南北地形氣候不同，各個民族的特色不同，不可能有一個統一的政策適應所有的局麵。因此必須建立分級負責製，也就是在全國一盤棋的統籌調節之下，要建立中央、省、縣三級政權，明確其相應的事權和財權，不能把財政限製在狹小的預算管道內，各地方應當建立自己的預決算，不能是完全集中的高度統一，但又不同於國外的聯邦製。
作為一位馬克思主義財經理論家，許毅高度重視方法論的科學性，他本人的研究工作是一個隨著時間和認識的發展而不斷深入的過程，業已形成了“從曆史和現實的實際出發總結理論，將理論應用於現實，再達到更高的理論高度”這樣一個循環往複的良性循環。他一貫強調，無論是政策的製定實施，還是實地的調查研究，都要本著實事求是的態度。尤其重要的是，無論什麼時候，都要始終堅持馬克思主義的立場、觀點、方法，而對於馬克思主義的運用，則要根據時間、地點和條件的不同而進行必要的調整，也就是說無論理論研究還是實際工作，都必須既堅持與馬克思主義經典理論一脈相承，又要做到與時俱進。一切研究都要從我國當前仍處於社會主義初級階段這個現實出發，否則無論是理論研究還是政策製定，都會脫離實際，出現偏差。
許毅認為，隨著改革開放的不斷深入和市場經濟體製的逐步建立，很多新情況、新問題，需要用發展的觀點來認識。因此，研究新時期社會主義財政學理論，必須明確財政學的地位，必須研究國內外的政治經濟問題，明確國家職能與財政職能的關係，並且明確社會主義市場經濟條件下財政理論與西方財政理論的區別。他主張，在新的曆史條件下，國家分配論需要進一步加以充實和完善，而在發展和完善的過程中，務必掌握研究問題的世界觀、價值觀和方法論，領會辯證唯物主義和曆史唯物主義的基本觀點和馬克思主義國家學說，使我國的財政學不僅成為經濟學的一部分，更成為政治經濟學的有機組成部分。
◆ 財經史學研究的特殊貢獻
在研究現實問題的同時，許毅也是兼做財經曆史問題研究的一位大家。他認為，財政經濟理論本身是一種曆史的積累，不懂它的過去，就無法正確認識它的現在，更無法開辟其未來。他在史學方麵的主要貢獻表現為對根據地財政經濟史和近代中國外債史資料的整理出版與研究。
1975年組織上為許毅徹底平反之後，經當時財政部部長張勁夫同誌的批準，許毅約請先後結束政治審查由“牛棚”出來的劉正言、馮田夫、白鏡等同誌，成立了一個革命根據地財經史資料研究組，從遭受“文革”破壞的財政部檔案室中，係統地整理革命根據地財經史資料，和這些老同事閉門研討，進行理論和思想上的準備。
1976年“四人幫”被徹底打倒後，在中國社會科學院許滌新、國家計劃委員會齊燕銘等同誌的提議下，許毅承擔起了主持編寫革命根據地財經史的工作。帶著這樣一項填補中國史學研究空白的重任，他組織沈經農、劉正言、趙效民、朱班師、趙正延、周士敏以及時任江西省委宣傳部部長的穆青、江西省財政廳副廳長的星光等同誌，以及杭州大學的金普森、夏和坤同誌，廈門大學的葉振鵬、孔永鬆同誌以及江西省委黨校、江西大學、福州師大等高校的部分同誌參與編寫。他們橫跨閩、浙、贛三省，沿著當年毛澤東秋收暴動後上井岡山的道路作了整整一年的調查和資料整理與研究工作，共編輯資料彙編12本，並編撰出版了《中央革命根據地財政經濟史長編》，對我黨建立根據地以後積累的豐富財經工作經驗，以及全黨和毛澤東同誌早期的財經思想進行了有益的探索和實事求是的總結。
緊接著，他又組織了各抗日根據地和解放區財經史的編寫。經過20多年的努力，他先後組織力量完成了湘贛、湘鄂贛、鄂豫皖、川陝、湘鄂西、晉察冀、晉冀魯豫、山東、晉綏、華中、華東、華北、中原以及東江、瓊崖等中國革命不同曆史時期各革命根據地的財政經濟史料的收集整理和編輯出版工作，其中一些較大的根據地還編寫出版了財經史。各地先後出版的根據地財政經濟史料選編達37種，共4200多萬字；根據地財經史18種，共560萬字。所有這些成果，為進一步研究根據地財經打下了基礎。這些革命根據地財經史的編寫，不僅填補了中國現代財政史的空白，搜集和積累了大量珍貴的革命史料，總結了革命戰爭時期財經工作的經驗，同時也為認識財政本質，認識財政分配對鞏固上層建築和調整生產關係，鞏固社會經濟基礎的能動作用，建立社會主義財政學新體係等一係列研究工作奠定了基礎，也形成了一支比較完整的從事根據地財經曆史研究的隊伍以及一套科學的研究方法。
此外，許毅還高度重視圖書資料、文獻信息的收集、整理和運用，組織專業研究機構和檔案部門以及有關專家並親自領銜主編了《清代外債史資料》（共3冊）、《民國外債檔案史料》（共12卷）、《民國曆屆政府整理外債資料彙編》（共2冊）、《清代外債史論》。這些共同構成了迄今為止中國最為齊全的外債史研究資料，是一項中國外債史研究、中國資本主義發展史研究的奠基工程。這些工作前後花費近16年時間，僅資料整理工作前後總計就完成了1000多萬字。在此基礎上，許毅以外債問題為切入點，研究近代中國原始積累的特殊形式和資本主義生產方式發生發展的特殊過程。他認為，中國社會主義的經濟基礎直接來源於資產階級專政下的官僚壟斷資本主義。要弄清具有中國特色的社會主義，就必須弄清舊中國的資本主義生產方式與生產力水平，弄清中國100年來處於兩個“半”字（半殖民地、半封建）之中的境遇，從而認識我國建設社會主義的複雜性、艱巨性和意識形態締造的難點。許毅發現，外債是中國資本原始積累的一種特殊形式。他聯係清代洋務運動和外債的關係，著手研究中國資本主義生產關係和生產方式形成的原因。他從曆史研究的因果關係入手，通過對近代中國社會發展道路的探索，說明中國共產黨人怎樣使中國擺脫百年屈辱，實現了中華民族的偉大複興。在他的領導下，《從百年屈辱到民族複興》四卷本係列叢書曆經五年的緊張編寫目前已全部出版，該套叢書的修訂再版工作也已於2006年4月完成。
許毅對中國資本主義發展過程以及社會主義製度建立的曆史基礎等問題的研究，以1988年發表的《論“兩聲炮響”與我國資本主義生產方式和社會主義生產方式形成的關係》一文為代表，逐步形成了對曆史學界和經濟學界具有重大影響的觀點，他撰寫了一批立論高、視野廣、具有開創性的經濟史學論文和專著，如《康乾盛世到嘉道中落的曆史教訓》、《清代前期對外貿易政策及海禁的性質》、《中國第一筆外債形成的經過》、《北洋政府外債二重性研究》、《辛亥革命與中國資產階級》和《論中國共產黨“一邊倒”的外交政策》等論文和《清代外債史論》、《北洋政府外債與封建複辟》等書。
在史學研究中，他一貫主張避免片麵地就以曆史的某一事件或某一人的事跡來孤立地研究曆史，不能孤立地、機械地、僅僅從現象出發看問題，而要注意研究曆史的發展規律。應當從史學研究中探討人類社會發展的一般規律和中國社會發展的特殊規律，從史學的研究中認識現階段中國社會發展過程的曆史烙印，運用曆史與邏輯相統一的方法，從紛繁複雜的社會現象中探求事物運動的本質和規律。它們不是孤立的、一成不變的，而是和社會各個方麵保持著密切的關係。所以要研究財經曆史，就一定要運用馬克思主義所提供的科學的世界觀和方法論，運用辯證唯物主義和曆史唯物主義，運用上層建築和經濟基礎、生產關係和生產力矛盾運動規律和再生產原理去分析，從而探討人類社會發展的一般規律和中國社會發展的特殊規律，由此他也形成了有獨創性的、史論結合的曆史研究新體係，並為我國的曆史學研究提供了一種全新的方法。
發揚創新精神，開辟財經科研工作新天地
許毅不僅是一位馬克思主義財經理論家，也是一位傑出的科研工作組織者。十一屆三中全會前夕，許毅恢複原職，任財政部黨組成員，並出任國務院經濟研究中心常務幹事。“文革”十年浩劫中，原財政科學研究所的科研人員已散失殆盡，有的甚至還沒有從政治迫害的陰影下解脫出來。在財政部黨組的支持下，許毅將他昔日的戰友從各地各部門重新召集起來，或者重新建立科研合作關係，並為尚未恢複名譽的同誌力陳是非。後來，這批科研人員在財政學、經濟學等研究領域幾乎都成了知名度很高的專家，他們是沈經農、星光、王琢、陳寶森、戴圓晨、陶增驥、李海、王誠堯、唐滔默、汪學謙、沈康南等。
◆ 重建財經科研組織和財政學會體係
在擔負了恢複科研所的任務以後，許毅同誌敏銳地意識到在改革開放的大好形勢下，科研工作要有大的發展。於是在國家政策引導和部黨組的支持下，開始有步驟地建立三位一體的財政科學研究體係：建立從中央到地方各級財政部門的財政科學研究所；建立中國財政學會，把政府部門、研究機構、大專院校的研究力量組織起來；建立研究生部，培養從事理論研究和實踐工作的高級人才。三位一體的科研體係在財政部門最早形成，體現了許毅同誌在改革開放新形勢下的創新思想。
科學研究體係的建立打破了過去政府部門單純搞政策研究的狹隘眼界，形成了為社會主義財政建設服務的科研機製，為研究機構出成果出人才提供了組織保障。
財政科學研究所恢複之初，許毅深感社會科學研究必須廣泛發動理論工作者、教學工作者和業務工作者，並使之緊密結合起來，使專業理論研究部門在普及的基礎上提高和發展。他積極聯絡財政學界、會計學界的知名人士，與楊紀琬、楊春一同誌一道，在陳如龍副部長主持下，於1979年3月在山東煙台組織召開了中國財政學會、中國會計學會的籌備會議和科研、教學研討會議，許毅任會議秘書長。