忽必烈在國書的開頭，用“奉日本國王”字樣，以區別日本與藩國高麗的政治地位，表示君臨歐亞兩洲的帝國皇帝對尚未臣服的日本國的對等關係。續而以高麗臣服作為通好的注解，已表示日本應選擇的出路。最後以不通好將招致用兵的威嚇語言作結束。忽必烈滿懷信心的認為，地處海島的日本，對於兵踏歐亞君臨四海的大帝國的國書，是會奉若神明的。國書一到，日本可隨之前來通好。可是，忽必烈並不知道當時日本的政柄不在皇朝廷，而在鐮倉幕府，而幕府實權盡在執政北條時宗手中。北條氏以武士掌權，藐視公卿大臣，趾高氣揚，不可一世，根本未把大元朝的皇帝放在眼裏，甚至當時蒙古帝國強大到什麼程度，也是狹隘的島民們所無法想象的
至元十年（公元17年）三月，元使趙良弼由高麗來到大宰府要求進京麵見日本國王，大宰府守護所再次拒絕，不得以被迫回國。與日本通好的努力失敗對於雄心勃勃，擴張欲望極強的忽必烈來，是難以容忍的。當時，元帝國已經向東征服高麗，向南威逼宋朝，向西由中亞進入歐洲，席卷俄羅斯、波蘭、匈牙利，放眼下，視線所極，除了宋朝，隻有一個彈丸島國日本，而且當時的日本與宋朝關係十分密切，官方往來和民間交往十分頻繁，對宋朝抗元有較大的幫助。征服日本，就可以卡斷宋朝的外援之路，使其坐以待斃。
忽必烈想要征服日本還有一個原因，就是傳中日本極為富有。根據《舊唐書》記載：“倭國獻琥珀、瑪瑙，琥珀大如鬥，瑪瑙若五鬥器。”《新唐書》也記載：“永徽中，倭獻琥珀，瑪瑙若五鬥器。”掠奪財富，對於遊牧民族來，本來就是一個根本的特征。
從至元十年（公元17年）起，忽必烈就開始著手部署征日戰爭。
當年四月，耽羅島林衍起義，反對高麗王的統治，忽必烈乘機派元軍駐高麗統帥忻都、洪茶丘和高麗將軍金方慶，率軍攻入耽羅島鎮壓林衍。之後，元軍於耽羅島設招討司，駐紮鎮邊軍000人，從而控製了日本與宋朝之間的海上通道，由此可以使元軍可以全力進攻日本。隨後，忽必烈召忻都、金方慶等至中都商議征日事宜。至元十一年（公元174年）正月，忽必烈命令高麗王造戰船900艘，其中大船可載千石或四千石者00艘，由金方慶負責建造；拔都魯輕疾舟00艘，汲水船00艘，由洪茶丘負責建造，並規定於正月十五日動工，限期完成。
六月，900艘戰船完工，忽必烈遂命令由蒙、漢、高麗三族軍隊組成的聯軍東征日本。聯軍的核心是蒙古族部隊，計有蒙漢軍萬人、高麗軍5000人，加上高麗水手6000人，共萬餘人，由征東都元帥忻都、右副帥洪茶丘、左副帥劉複亨統率，於當年八月出發。