索馬裏海盜嫌犯未經審判而被釋放，這固然有審判機製方麵的原因，也有執行刑罰方麵的因素。
對於海盜這一嚴重危害生命和財產的犯罪，自古以來，各國就施以重刑。早期英國及其殖民地對海盜的刑罰，最常見的就是絞刑。倫敦泰晤士河北岸經常用於對海盜執行死刑的地點（位置在高潮線和低潮線之間）甚至有了“死刑碼頭”的別稱。死後的海盜往往保留在絞刑架上，經過3次潮汐衝刷之後，才會被卸下運走。不僅為首的海盜往往被處死刑，就是海盜船上的普通水手，也有許多被處死刑。例如，1722年，皇家海軍斯沃羅號軍艦在非洲西海岸與臭名昭著的威爾士海盜羅伯茨率領的兩條海盜船相遇。震耳的艦炮與隆隆的陣雷在狂風暴雨中交相呼應，羅伯茨被英軍擊斃，其手下的海盜無心戀戰，半小時後就向皇家海軍繳械投降。1722年3月28日，對這160名被俘海盜的審判在西非海岸一座用作販奴中轉站的要塞中進行。3周之內，共有52名海盜被判處並執行絞刑，20人被判處在非洲的礦場服苦役，17人被判入獄。同年，在大西洋另一端的牙買加，有57名海盜被俘並交付審判，其中41人隨後被判處並執行絞刑。
其他國家對海盜施加的刑罰也同樣嚴厲。例如，1573年，危害北海多年的德國海盜亨士林（Henszlein）被俘，他及33名下屬經審判後全部在漢堡的街市被砍頭。
美國獨立後，在對海盜實施的刑罰上繼承了原宗主國英國的嚴厲做法。例如，托馬斯·史密斯曾是布宜諾斯艾利斯政府雇用的一艘船上的水手。1819年3月，他與其他水手一起嘩變，劫持了安提瓜政府雇用的一艘私人武裝船舶。1個月後，史密斯在公海上劫掠了一艘西班牙船舶（當時西班牙與布宜諾斯艾利斯、安提瓜均處於交戰狀態）。在美國弗吉尼亞聯邦巡回法院對托馬斯·史密斯的審判中，法官們對史密斯是否犯有海盜罪未能形成一致意見。在上訴後，美國聯邦最高法院判決認為，任何人在公海上犯有國際法所指的海盜罪，如果在美國被捕並受審，每一名罪犯都應被處以死刑。至於本案被告是否犯有海盜罪，斯托雷（Story）大法官代表聯邦最高法院多數法官的意見認為：被告及其同夥在海上實施這些犯罪時，沒有得到任何政府的授權，也沒有得到任何政府的保護。根據這一事實，法庭認為本案是海盜案件，嫌犯應按海盜依法懲處。
對海盜實施嚴厲刑罰在中國古代也不例外。例如，曾於1407年在蘇門答臘海域襲擊鄭和下西洋遠航船隊的華人海盜陳祖義，失手被俘後，於同年10月在南京押赴刑場執行死刑。
在目前應對索馬裏海盜的過程，曾發生過多次索馬裏海盜在解救現場被擊斃的事件。例如，2008年11月，丹麥籍貨輪力量（MV Powerful）號遭海盜襲擊。英國皇家海軍康伯蘭（Cumberland）號前往救援。在救援過程中，英國皇家海軍遭到了海盜的槍擊。英國國防部發言人事後介紹說，英國海軍陸戰隊予以了回擊，擊斃了兩名索馬裏海盜嫌犯，另一名也門人負傷，隨後死亡。但不清楚這名也門人的傷勢是否由英國海軍陸戰隊的射擊造成的。這是北約海軍開始在亞丁灣製止索馬裏海盜活動以來首次發生索馬裏海盜被擊斃事件。見英國《簡氏防務》周刊報道。另外，如本書上編所述，在2009年4月索馬裏海盜劫持美國籍貨輪瑪爾斯克·阿拉巴馬號船長的事件中，亦有3名海盜被美國海軍狙擊槍手擊斃。
不過，索馬裏海盜被捕後判處死刑的案例極為罕見。僅有一起為媒體報道的案件是也門法院於2010年5月18日認定6名索馬裏人犯有海上搶劫罪，並判處其死刑。這6名海盜是2009年4月在劫持一艘也門油輪時被捕的。當時也門海岸警衛隊對被劫持的油輪實施了解救行動，在行動中有3名海盜嫌犯和兩名油輪船員喪生。
在其他案件中，沒有索馬裏海盜被判死刑的報道。其中原因之一是一些國家，特別是歐洲國家，已經廢除了死刑。而且這些國家往往以不執行死刑作為與其他國家開展刑事司法協助的條件。例如，歐盟與肯尼亞於2009年３月６日簽署了一項協定。根據協定，肯尼亞同意接受歐盟海軍移交的索馬裏海盜，並予審判。根據肯尼亞《刑法》的規定，對謀殺和武裝搶劫的罪犯可以判處死刑。但由於歐盟各國已經廢除了死刑，並且不允許將任何人引渡至可能被判處死刑的國家。因此，協定規定，肯尼亞不得對歐盟送交其審判的海盜嫌犯判處死刑，即使在海盜活動中造成了受害人死亡。
在這種情況下，索馬裏海盜一旦被定罪，所麵臨的往往是監禁。例如，5名索馬裏海盜因在2009年1月襲擊荷屬安的列斯群島籍商船而被荷蘭法庭判決有罪並各入獄5年。再如，2009年10月，劫持西班牙漁輪阿拉卡拉那號及船上36名船員的兩名索馬裏海盜被捕並押至西班牙法庭受審，西班牙司法機關指控兩名被告犯有36項綁架罪，而每項綁架罪的刑期是5年。又如，2010年7月26日，塞舌爾最高法院判決11名索馬裏海盜罪名成立，並各入獄10年。另外，肯尼亞已判處8名索馬裏海盜各20年監禁。塞舌爾和肯尼亞法院的對索馬裏海盜的審判情況參見聯合國秘書長2010年7月26日向安理會提交的報告：《用以推動起訴和監禁索馬裏沿海海盜和海上武裝搶劫行為責任人的可能方案，特別是可用於以下方麵的方案：建立可能有國際單位的國內特別分庭、一個區域法庭或一個國際法庭以及相應的監禁安排，同時考慮到索馬裏沿海海盜問題聯絡小組的工作、建立國際法庭和混合法庭的現行做法以及取得和維持實質性成果所需要的時間和資源》。2010年11月29日，位於海軍基地諾福克附近的美國聯邦法院判決誤襲美國阿什蘭號軍艦的索馬裏海盜賈瑪·依迪爾·易卜拉欣（JamaIdle Ibrahim）30年監禁，同案的其他海盜嫌犯也正在受到審判。2011年２月16日，紐約南區聯邦地區法院對因劫持的美國籍貨輪瑪爾斯克·阿拉巴馬號船長而於2009年4月被美國海軍逮捕的索馬裏海盜阿布杜瓦利·阿布杜卡迪爾·穆塞做出判決。此前，穆塞已向這家法院承認犯有劫持人質、綁架和共謀罪。他的律師和檢察官據此達成協議，認為刑期應將在27年至33年９個月之間。作為協議的一部分，檢察官同意不起訴他的海盜罪。根據美國法律，一旦海盜罪名成立，將無例外地判處終身監禁。在上述量刑框架內，律師曾請求予以從輕，理由是他隻是出於貧困而受雇於他人，而他的國家則正遭受戰亂。但法官在判決時認為，為了阻止其他人從事海盜行為，“絕對有必要從重判決”，據此，法官最終決定穆塞的刑期為33年９個月。
考慮到許多索馬裏海盜被判處長期監禁，帶來的一個問題就是監獄的負擔。這對審判海盜數量較多的肯尼亞和塞舌爾尤為突出。根據挪威非洲委員會2009年10月12日的一項報告，肯尼亞自2006年開始審判在其境外被捕的海盜嫌犯（主要是索馬裏海盜嫌犯），但肯尼亞本身麵臨司法和執法機關負擔過重的問題。當時，肯尼亞有53000名在押囚犯，而全國監獄的設計容量隻有16000名囚犯，另外尚有87000件尚未審結的案件（包括索馬裏海盜案件）。塞舌爾的總人口隻有8萬餘人，總麵積隻有不到500平方公裏，該國正在審理和已經審結的31名索馬裏海盜占其在押人員總數的10%。參見聯合國秘書長2010年7月26日向安理會提交的報告：《用以推動起訴和監禁索馬裏沿海海盜和海上武裝搶劫行為責任人的可能方案，特別是可用於以下方麵的方案：建立可能有國際單位的國內特別分庭、一個區域法庭或一個國際法庭以及相應的監禁安排，同時考慮到索馬裏沿海海盜問題聯絡小組的工作、建立國際法庭和混合法庭的現行做法以及取得和維持實質性成果所需要的時間和資源》。