肯尼亞和塞舌爾承擔了對部分索馬裏海盜的起訴和審判工作，但同時又麵臨許多實際困難。一些國際機構為此向這兩個國家提供了專項援助。例如，聯合國秘書長2009年11月25日向聯合國大會提交的報告提到：“聯合國毒品和犯罪問題辦公室正在執行歐盟/聯合國毒品和犯罪問題辦公室的一個聯合方案，向肯尼亞檢察機關、警察、司法機關以及監獄提供有針對性的支持，協助肯尼亞根據國際標準對海盜進行審判。這一方案的核心組成部分包括立法審查、起訴支持、後勤支援和信息技術以及發展和分享區域專長。”
見聯合國官方網站。聯合國相關機構的援助項目還包括在肯尼亞的蒙巴薩市建設一個新的、安全等級較高的審判大廳，專門用於審判海盜等嚴重刑事犯罪。
聯合國秘書長在2010年4月27日向安理會提交的報告中，將“進一步援助索馬裏鄰近地區國家起訴和羈押索馬裏海盜的能力”作為應對索馬裏海盜的法律工作的首要任務。見聯合國官方網站。在2010年8月25日舉行的第6374次會議上，安理會成員國和其他與會國家也讚揚了肯尼亞和塞舌爾通過其國內法庭起訴索馬裏海盜嫌犯的工作，並歡迎聯合國毒品和犯罪問題辦公室等國際機構為此向這兩個國家提供援助。見會議逐字記錄。
然而，僅靠肯尼亞和塞舌爾兩國來起訴和審判索馬裏海盜嫌犯是遠遠不夠的。聯合國秘書長在2009年11月25日向聯合國大會提交的報告中就表示：“聯合國毒品和犯罪問題辦公室正在尋求將這些能力建設措施推廣到該地區願意起訴海盜嫌犯的其他國家，而且還將向索馬裏提供技術支持。”見聯合國官方網站。
另一方麵，國際社會也在探討應對索馬裏海盜所需的新的審判機製。
在這一方麵，一個可能會提出來的問題就是為什麼不讓索馬裏自己的法院來審判這些海盜嫌犯呢？雖然索馬裏有一個被國際社會承認的政府（過渡聯邦政府），並且得到了國際社會的大力支持（包括非盟維和部隊的武力支持），但這一政府尚沒有能力在索馬裏全境行使常規的政府職能，自然也沒有能力審判較多數量的海盜嫌犯。相對而言，索馬裏蘭和邦特蘭的政府較有效率，兩地法院也確實審判了相當數量的海盜嫌犯。不過，由於這兩個政府沒有得到國際社會的承認，與國際社會的合作受到一定的限製。另外，這兩個政府是否有積極性來審判索馬裏其他地區的海盜嫌犯也是一個問題。
那麼，能不能在國際社會的支持下，在索馬裏的某一鄰國設立一個索馬裏法庭，來審判海盜嫌犯呢？在安理會第6473次會議上，聯合國秘書長索馬裏沿海海盜行為所涉法律問題特別顧問傑克·蘭就曾建議在坦桑尼亞的阿魯沙建立一個索馬裏法庭。見會議逐字記錄。將索馬裏法庭移至其他國家，可以使這一法庭在相對安全的條件下運作。這一做法的最大好處是，使索馬裏本身能夠在懲治索馬裏海盜的工作中發揮一定的作用，有助於索馬裏司法體係的建設。雖然將一個國家的法庭開設在另一個國家領土之上不是合乎常規的做法，但在法理上並不是完全不可行的，而且曾經有過這樣的實例，即洛克比空難案的審判機製。
1988年12月21日，泛美航空103航班在從倫敦飛往紐約途中，在蘇格蘭南部小鎮洛克比上空被炸毀，造成機上259人和地麵11人死亡。美、英兩國指控兩名利比亞情報人員製造了這起恐怖事件。利比亞拒絕向美、英引渡這兩名情報人員，但同意在利比亞對他們進行審判。美、英拒絕了這一方案。為了打破僵局，南非總統曼德拉於1994年和1997年兩度建議在南非實施這一審判，但被英國拒絕。後根據一位英國法學教授的建議，在荷蘭的一個美國空軍基地設立了一個蘇格蘭特別法庭。法庭適用蘇格蘭法律，由蘇格蘭法官審判案件。在審判及上訴期間，法庭所在場地受這一蘇格蘭法庭控製，不受荷蘭控製。這一方案為當事各國所接受。法庭於2000年5月3日開始審理。次年1月31日，法庭判決兩名利比亞情報人員中的一人有罪，另一人無罪開釋。這一審判的法律基礎是當事國之間的協議。不過，聯合國安理會曾為這一審判通過了一項決議（即第1192號決議），對當事國之間就審判做出的安排表示歡迎，並請聯合國秘書長提名國際觀察員出席審判。被聯合國秘書長任命為國際觀察員的奧地利學者HansKchler教授的報告對洛克比審判多有批評。
盡管在鄰近國家設立索馬裏法庭在理論上是可行的，但要將這一方案付諸實施，卻並不容易。一部分的困難來自實務。例如，首先需要在索馬裏的鄰國中找到一個願意並且有能力為這樣一個索馬裏法庭提供審判場所的國家。這不是一件容易的工作。原因之一是，國際社會對這一索馬裏法庭的援助，不會直接使提供審判場所的國家受益。另外，這一建議的實施需要在索馬裏和同意為這一法庭提供場地的鄰國之間達成協議。如果有聯合國參與，這兩個國家還需要與聯合國達成協議。這類協議的談判往往費時費力（詳見下文）。這項建議的另一部分困難是法律上的。盡管這一法庭將在別國領土上運作，但因為它仍然是一個索馬裏法庭，所以，它的運作應依據索馬裏法律。而經過多年內亂，支離破碎的不僅是索馬裏政治局勢和民眾生活，法律也是如此。能否按現有的索馬裏法律來有效地起訴海盜嫌犯，是一個有疑問的事項。為了加強這方麵的工作，在國際社會支持下，索馬裏過渡聯邦政府、索馬裏蘭政府和邦特蘭政府的於2010年2月3日至5日以及同年4月12日至16日分別在鄰國烏幹達舉行會議，同意了一項索馬裏《反海盜法》草案。
由於目前由索馬裏或其鄰國法院承擔大部分海盜嫌犯的起訴和審判工作有相當的困難，因此，在國際上，出現了一種由國際法庭來審判索馬裏海盜的思路。例如，丹麥代表在2008年聯合國安理會第6046次會議上發言表示“從長遠觀點來看，我們可能需要審查把海盜嫌疑送交國際法庭的設想。”見會議逐字記錄。再如，2009年7月，荷蘭主辦了一個非正式討論會，探討為起訴海盜嫌犯設立一套國際司法機製的可能性。荷蘭外長在發言中表示：在審判嫌犯方麵缺乏統一的標準令人不安。有時，海盜根本沒有被拘捕，來去自由，這當然是完全不能令人滿意的。另外，荷蘭認為，在審判索馬裏海盜方麵，國際社會對相關地區的國家提供援助是不夠的，因為國際社會不能將索馬裏海盜這樣一個共同的問題放在某一個國家的門口。對此，荷蘭建議由聯合國安理會根據《憲章》第7章設立一個海盜審判法庭。法庭將設在相關地區（指索馬裏所在的地區，而荷蘭已經是國際法院、國際仲裁法庭、前南斯拉夫國際刑事法庭等所在地）。荷蘭外長還提到，荷蘭的這一建議也得到了其他國家，比如俄羅斯和德國的支持。為此，荷蘭邀請有關國家的法律專家在海牙舉辦非正式研討會。聯合國秘書長潘基文2009年11月25日向聯合國大會提交的報告。另外，在上述德國大班號貨輪被索馬裏海盜劫持未遂案中，設在德國漢堡的大班號的船東康羅斯基（Komrowski）航運公司就曾探討由同樣設在漢堡的聯合國國際海洋法庭來審理這起案件。
那麼，能否按康羅斯基航運公司所建議的那樣，由聯合國國際海洋法庭來承擔審判索馬裏海盜的工作呢？實際上，曾有媒體報道，針對索馬裏海盜，聯合國國際海洋法法庭庭長曾表示：“（國際）海洋法庭已做好審理每一起各國提交的海盜案件的準備。”他還建議，逮捕了海盜嫌犯的國家，應尋求這一法庭的谘詢意見。
如果看一下《海洋法公約》的規定，就會發現國際海洋法法庭庭長的話不是沒有根據的。公約第288條對法庭的管轄權規定如下：“對於按照本部分向其提出的有關本公約的解釋或適用的任何爭端,應具有管轄權。”“海盜”問題是《公約》項下的一個內容，因此，如果有國家對公約關於“海盜”問題的某項條款的“解釋或適用”發生爭端，國際海洋法法庭自然有權審判這一爭端。不過，爭端限於發生在《公約》各締約國之間，換言之，這一法庭隻能審理以某一（些）締約國為一方，另一（些）締約國為另一方的案件；而不能審理以某一（些）締約國為一方，以個人或團體為另一方的案件。舉例而言，如果有一個締約國指控另一個締約國“沒有盡最大可能進行合作,以製止在公海上或在任何國家管轄範圍以外的任何其他地方的海盜行為”（《公約》第100條），那麼，由此在兩國之間產生的爭議可以由國際海洋法法庭來審議。但是，如果一個國家指控某一（些）索馬裏國民涉嫌海盜罪，那麼，國際海洋法法庭無權受理這一案件。
同一情況也適用於聯合國框架內的另一個法院—國際法院。根據《國際法院規約》，“在法院得為訴訟當事國者，限於國家”（第34條），即不能審判個人。不過，和國際海洋法法庭一樣，對於國家之間因懲治海盜發生的爭議，國際法院是有可能受理的。
在聯合國框架內也有專門用於審判嫌犯的刑事法庭，主要是前南斯拉夫國際刑事法庭和盧旺達問題國際刑事法庭。1993年2月22日，聯合國安理會通過了第808號決議，“決定設立一個國際法庭來起訴應對1991年以來前南斯拉夫境內所犯的嚴重違反國際人道主義法行為負責的人”。同年11月，法庭的法官到任，前南斯拉夫國際刑事法庭開始運作。1994年11月8日，聯合國安理會通過了第955號決議，成立盧旺達國際刑事法庭，審判在當年的盧旺達種族大屠殺中犯有滅種族等國際罪行的嫌犯。這兩個法庭完全是國際機構，是根據《聯合國憲章》第29條設立的。《聯合國憲章》第29條規定：“安全理事會得設立其認為於行使職務所必需之輔助機關。”這兩個法庭的組織情況有許多相似之處，而且，這兩個法庭有一個共同的上訴法庭。
以下僅以盧旺達國際刑事法庭為例作進一步的介紹。該法庭的法官由聯合國大會選舉產生。檢察官由安理會任命。檢察官辦公室的其他工作人員由聯合國秘書長任命。書記官長及其下屬的工作人員由聯合國秘書長任命。2009年6月30日，盧旺達國際刑事法庭共有來自88個國家的834名各級各類工作人員（額定編製是1032名工作人員）。法官、檢察官和書記官長中無一人來自盧旺達本身。見盧旺達國際刑事法庭官方網站。法庭的工作地點沒有設在盧旺達。為了對法庭的工作地點作出適當的安排，1995年2月22日，安理會通過決議，表示如果聯合國能夠與坦桑尼亞達成協議，盧旺達國際刑事法庭將設在坦桑尼亞的阿魯沙。同年8月31日，聯合國與坦桑尼亞就法庭的設立地點達成協議。11月27日，法庭開始運作。見盧旺達國際刑事法庭官方網站。