在馬皇後10歲那年，她家發生了重大的變故。這一年是建武二十四年，武陵地區(今湖北長陽、王峰、鶴峰、來鳳等縣)的少數民族舉行武裝起義，東漢政府派威武將軍劉尚去鎮壓，最終全軍覆沒。
時年62歲的馬援，請求光武帝劉秀派他出征。劉秀起初因他年老不允，經不住他再三懇請，就命令他率中郎將馬武、耿舒、劉匡、孫永等並四萬多軍隊前往武陵征討。臨行，馬援對友人杜忄音說：“我受了國家厚恩，為國戰死為平生所願。但現在皇上派權貴子弟與我同行，唯恐不服從指揮，所憂慮的就是這個問題。”果然進抵武陵後，馬援與耿舒為進軍路線發生了爭執。馬援堅持己見，由壺頭山前進，最終遭到當地少數民族的阻擊，加上天氣酷熱、軍隊難以向前推進。
於是耿舒乘機通過他的哥哥好臝侯耿弇上書劉秀，說馬援不聽勸告，致使部隊滯留不進。劉秀聽說後，大怒，立派虎賁中郎將梁鬆前往武陵，責問馬援。馬援因不勝暑氣，加上年老體弱，在梁鬆未到時，就已經死了。於是梁鬆與黃門侍郎竇固聯合起來，誣謅馬援行軍如同商人做生意一樣，走一處停一處，致使耽擱了戰機。又揭發馬援以前南征交趾(今越南北部)時，曾帶回一車珍寶明珠。實際上，馬援帶回的是薏苡果實，用來治風濕病的。
劉秀接到梁鬆的告狀信後，勃然大怒，馬上宣布派使者去馬援家，收回馬援的新息侯印綬，同時也不允許安葬馬援。最後，經馬援的妻子前後六次上書懇請，劉秀才勉強允許下葬。馬家的不幸並沒有隨著馬援的入土而告終。就在這一年，馬皇後的哥哥客卿也得病不幸去世，她的母親因悲痛過分，一病不起，神智不清，不久亦去世了。年邁的祖母，領著尚年幼的孫兒孫女們苦度日月。10歲的馬皇後挑起了生活的重擔。她安排處理家內事務，應酬外麵的人情，如同成人一樣練達。
起初，鄰居和親友們尚不知詳情，後來知道是一個10歲的女孩子在支撐著這個風雨飄搖中的家庭時，都覺得十分的驚奇。10歲的馬皇後在動亂的年代和特殊的家庭環境中，早熟了。
馬家既然失勢，經常遭受權貴們的欺淩。為了擺脫這種受歧視的地位，由馬太夫人和從兄馬嚴做主，馬皇後於建武二十七年入選太子宮。這一年，她13歲，馬皇後麵容姣美，身材修長，一頭烏亮的美發，常常梳成大髻，高盤在頭頂，顯得端莊和安詳。馬皇後不但人長得漂亮，而且恭敬有禮，舉止端莊，對太子精心照顧，對太子的母親，光武帝陰皇後也伺候殷勤，自此，她很快便得到了太子的寵幸，並得到了陰皇後的特別喜愛。
建武中元二年(後57年)，光武帝劉秀去世，太子劉莊即帝位，即漢明帝。
明帝即位後，封她為貴人。這一年，馬貴人快20歲了，仍然無子。不久，她的姨姐妹賈氏亦選入宮中，為明帝生下一個男孩，就是後來的漢章帝劉糑。明帝因考慮到將來馬貴人的苦處，就命令她收養。明帝並且說：“不一定自己親生的兒子才親近，隻要你盡心撫養，將來他自然對你親熱。”對於後宮的嬪妃們來講，不生育無疑是對自己地位的嚴重威脅。馬貴人本來就為自己未能生育而感到憂愁，現在明帝命令她撫養劉糑，非常高興。她盡心盡力，無微不至地照料劉糑，比人家對親生的兒子還要親，以至於累出病來。劉糑漸漸長大，對馬貴人也十分親近，兩人如同親母子一般。
馬貴人在宮中十多年的經曆，贏得了上上下下一片頌揚之聲。永平三年(公元60年)，大臣們聯名上奏，請立皇後。馬貴人無疑是最合適的人選，明帝將此事奏明自己的母親陰皇太後，陰皇太後對馬貴人也十分賞識，於是欣然提議道：
“馬貴人在後宮嬪妃中，德行最高，就選她吧！”於是選吉日加冕，馬貴人晉升為皇後。
少年憂患，養成了馬皇後嚴肅不苟的性情。在以後的政治生活中，她以其豐富的人生經曆及才學，對一些重大政治問題的解決起了積極的促進作用。
永平十三年，發生了楚王英獄。楚王劉英是光武帝劉秀的兒子，同明帝是同父異母的兄弟。劉英喜歡遊俠、交往賓客，更喜愛黃老、佛家之言。永平十三年，有個名叫燕子的人揭發劉英與漁陽人王平、顏忠造作圖書，準備謀反。明帝派人前去調查。調查報告說：“劉英聚集不軌之徒，造作圖書，自己設立諸侯、王、公、將軍、二千石等官職，謀反罪狀屬實，請依法嚴懲。”明帝接到報告後，宣布罷免劉英的王爵，徙往丹陽郡涇縣(今屬安徽)。劉英至丹陽後，自殺身亡。
有關部門秉承明帝意旨，追查劉英黨徒，大搞逼供信，互相牽涉，案件查了好幾年都沒有完結。受連累的人不計其數，下獄和判處流放的官員就有好幾千人。
劉英生前喜歡結交朋友，朝中官員大多與他有所往來，因此，朝野上下，一片驚惶。
看到案件有無限擴大的趨勢，並且明帝也聽不進其它官員的批評意見，馬皇後十分擔憂。一天，明帝到馬皇後房中夜寢，馬皇後乘機進言說：“陛下，朝中的一些事情本不該我議論，但現在你別人的話都聽不進去，我不得不說了。大的政治案件極容易牽連許多無辜的人，楚王英案中就沒有冤枉的嗎？楚王劉英喜歡交遊，官員們很多人是他的朋友，但這些人不一定都了解他謀反。陛下這樣一搞，抓了許多無辜的人，大家都惶恐不安。朝廷這樣，陛下又如何去很好地治理國家呢？”一席話，使明帝從偏激中醒悟過來，他披上衣服，來回踱步，一夜未眠。