章太炎在杭州求學的六七年間，時局發生了重大的變化，中國外部受列強侵略和內部腐敗的程度日益深重。當1895年章太炎舉家遷到杭州時，中日甲午戰爭的炮聲響起，中國軍隊的慘敗，使這個年近三十的讀書人坐不住了。
中國在鴉片戰爭之後，也曾努力振作，於是有了洋務運動，提出了“富國強兵”的口號，用的是所謂“以夷製夷”的方法，從外國買來堅船利炮，抵擋外國侵略。中日甲午戰爭就是對他們這支洋裝備的軍隊的一次檢閱。結果，李鴻章自稱有“深固不搖之勢”的北洋水師竟全軍覆沒了。日本人強迫清政府簽訂了《馬關條約》，將台灣省等大片領土割讓給日本，賠償二萬萬兩白銀，並同意日本資本在中國自由投資。更可怕的是，其他列強看到日本占如此大的便宜，都要求“利益均沾”，紛紛擴張在華勢力，中國麵臨被瓜分的危險。
中國人民的失望是可想而知的。本來指望憑著這場戰爭的勝利，一雪多年的恥辱，從此國運勃興，獨立於天下。現在呢，花了這麼多錢搞洋務，卻連彈丸之地的日本都打不過，這到底是為什麼呢？是中國軍隊怕死，還是政府腐敗、將領帶兵無方呢？
戰敗的消息傳到西子湖畔的詁經精舍，學生們都陷入悲憤之中。章太炎更是徹夜不眠。他奮筆疾書，寫下《獨居記》這篇文章，既表達了要為國捐軀的誌願，又闡述了自己對形勢的看法。文中的“獨”字是他找到的一種精神力量。中國社會被很多個小群體割裂，而沒有形成統一的力量，急需敢於同世俗相對立的“大獨”的精神。這裏包含著章太炎對中國社會的看法——人們大多在顧自己的小群體利益，中國戰敗因此難免。
章太炎開始注意西方的理論，並且能夠結合西方的理論和社會現實去閱讀古代的典籍。例如，他又認真閱讀了《管子》《荀子》《韓非子》，發現這些書中有關社會改革的論述，不少觀點正切中時弊。他說：“遭世衰微，尋求政術，曆覽前史，獨於荀卿、韓非所說，謂不可易。”
西方思想的影響和國內形勢的急劇變化，促使關心祖國命運的知識分子采取行動。1895年5月，廣東舉人康有為利用在北京參加會試的機會，聯合全國各省應試舉人1300多人，發動“公車上書”，呼籲清政府拒簽和約，遷都西安、加緊練兵和變法革新。同年8月，康有為在北京創辦報紙，組織強學會，宣傳變法維新主張。
章太炎讀書不那麼安心了。他看了變法的主張，心情激昂。天下興亡，匹夫有責，自己怎能袖手旁觀？他的這種狀態，俞樾老先生看在眼裏，深感憂慮。其實俞老先生本人也關心著國家大事，一天，他在詁經精舍講起康有為辦強學會的事，口氣並沒有反對的意思，學生們都聽得入迷。不過，俞樾的意思是，這些事的確應該有人來辦，但他的學生可以不必去插手，隻一心講求學問就行了。
這一年的冬天，康有為路過杭州，將所著《新學偽經考》贈送給俞樾。今文經學派的康有為在這本著作中將《左傳》等古文經說成是劉歆偽造，從根本上否定了儒家經典的真實性。俞樾拿著該書對章太炎說：你平常自稱是劉子駿的私弟子，這個康有為專門跟劉氏作對，和你的觀點如冰炭一般啊。不過這時，章太炎對《左傳》的興趣不如以前那麼濃了，他更關心當前的事情。他佩服康有為的政治主張，一時將學術上的爭端看得淡了。
不久，康有為又在上海發起組織強學會，因為他覺得上海是知識分子彙集的地方，有利於宣傳他的變法主張。學會章程規定：“入會者不論名位學業，但有誌講求，概予延納。”詁經精舍也收到了會章。章太炎立即彙銀十六元，報名入會。
他已經覺得讀書生活難以忍受。他曾寫信給在武昌的譚獻，請他引薦自己，到湖北遊學。那時湖北的維新風氣也很盛。信剛發出不久，就有個機會。1896年8月，汪康年、夏曾佑、梁啟超等人在上海創辦《時務報》，以宣傳變法為主旨需要人手。夏曾佑向同仁推薦章太炎的學問文章，加之章太炎已報名入了強學會，聘請他去當編輯適得其人。於是他們派人專程到杭州，迎接章太炎去時務報館工作。
俞樾得知這個學業優秀的弟子要離開他時，心裏戀戀不舍。他覺得，章太炎如果再繼續鑽研下去，學問必得精進；現在一旦拋棄，半途而廢，十分可惜。所以他極力勸阻章太炎去上海。
任何理由都不能說服章太炎。他毅然告別了年逾古稀的老先生，離開了苦讀七年的詁經精舍，踏上了改革和革命的征程。