中國開放門戶後，上海逐步成為東南沿海最大的通商口岸。康有為在上海設立強學會，因為得到了兩江總督張之洞的讚同、資助，一時非常興盛。一些社會名流如黃遵憲、張謇也列名會中。張謇中過狀元，後來辦實業，資本雄厚；黃遵憲是著名詩人，曾擔任過中國駐日本使館參讚和駐美國舊金山領事館總領事。
強學會一麵進行政治活動，一麵譯介西方書籍，並出版報刊，宣傳變法。
如此興盛態勢，引起了清廷的不安。學會成立僅一個多月，朝中禦史楊崇伊奏劾該會“植黨營私”，太後諭旨將北京和上海的強學會封禁。張之洞一看不妙，也停止供給活動經費。雖然此後不久禁令解除，但強學會被迫改為專門負責印書的官書局。黃遵憲等用強學會餘款，創辦了《時務報》，每旬一期，請文風汪洋恣肆、筆端常帶感情的梁啟超任總編輯。章太炎來到時務報館時，該報已經在讀者中有相當影響，每期發行約七千份。
章太炎在報上“論說”一欄裏發表兩篇文章，一篇是《論亞洲宜自為唇齒》，另一篇是《論學會有大益於黃人亟宜保護》。
前一篇文章闡述了他自己對清政府外交政策的看法。當時清廷采取的是親俄的政策。這是因為中國剛剛敗於日本，簽訂了《馬關條約》，割地賠款，數目甚巨，清廷感到心裏不平衡；而俄國人曆來想獨霸東北，不願日本人插手，於是就開始和清廷做起交易來。這種前門驅狼、後門納虎的辦法，後果可想而知。在章太炎看來，俄國人比日本人更貪婪：“今中國無深長慮，欲一快心日本，密約俄羅斯，以為係援，至於膠州屯軍，吉林築路，齊、魯與東三省將為異域。悲夫！”他主張中國與日本親善，以抵抗俄羅斯的擴張。當然這隻是權宜之計，外交政策的根本是國家的實力。長遠之計是中國要有圖強的決心：“發憤圖自強，綜核名實，使卒越勁，使民懇願，使吏精廉強力。”
後一篇顯然是針對清政府封禁學會而寫。中國封建社會統治者一貫采取愚民政策，實行文化專製主義。清政府不但愚弄普通老百姓，而且對有才之士更加以壓製摧殘，比秦始皇還要厲害：“嗚呼！昔之愚民者，鉗語燒書，坑殺學士，欲學法令，以吏為師，雖愚其黔首，猶欲智其博士。今且盡博士而盡愚之，使九能之士懷寶而不用，幾何其不為秦人笑也？”文章要求清廷對各種學會，“糾之、合之、禮之、養之、宣之、布之，使比於賓萌，上說下教，以昌吾學，以強吾類”。總括一句話就是：革政。否則，必然會造成流血革命的後果。
這兩篇文章，引發維新人士的普遍關注。章太炎熟習古代典籍，文中多含故實，雅健宏深，隻是文字顯得古奧難懂。這正反兩方麵當時都有人指出，可見給人留下了較深的印象。如譚嗣同在給汪康年等人的信中說：“貴館添聘章枚叔先生，讀其文，真巨子也。大致卓公如賈誼，章似司馬相如。”黃遵憲則說：“館中新聘章枚叔、麥孺博，均高才生，大張吾軍，使人增氣。章君《學會》，論甚雄麗，然稍嫌古雅。此文集之文，非報館文。作文能使九品人讀之而悉通，則善之善者矣。然如此既難能可貴矣。”總的來說，章太炎是個寫文章的好手。
這時，章太炎在思想上同維新派是大體一致的。他很佩服康有為，雖然他們的治學方法明顯不同。從他在文章中關於革政和革命的論述中就可知道他還沒有想到要用暴力推翻清政府。這時，另一個革命者已經在從事那冒險的工作了。兩年前孫中山在檀香山創立了興中會，一年前在廣州發動了武裝暴動。
章太炎是在時務報館第一次聽到孫中山的事跡的。1896年10月，孫中山在倫敦被清政府駐英使館綁架，因為英國政府幹涉，才免於押解回國。《時務報》對此作了較詳細的報道。章太炎看後問梁啟超，孫逸仙是什麼人。梁啟超說，此人蓄誌傾覆滿洲，主張革命，是陳勝、吳廣一類人物。章太炎從青年時代起心中就有所謂“夷夏之防”，此時覺得孫中山是個同道，“心甚壯之”。但這時，他信奉康有為的主張，認為革政大有可為，革政成功，就能避免革命。
康有為（1858—1927），原名祖詒，字廣廈，號長素，又號更生，廣東南海人，早年接受了西方思想的熏陶，在鴉片戰爭後的民族危機中，漸漸產生了變法維新觀念。他曾上書光緒皇帝，提出變法主張，雖未被采納，但獲得相當大的聲譽。他在家鄉開辦“萬木草堂”，宣講自己的改良思想，來聽講的弟子中有梁啟超、麥孟華等人，後來成為他的得意門生和得力助手。康有為的重要著作《新學偽經考》《孔子改製考》是他變法的理論基礎。他認為曆來傳頌的孔學，實際上是劉歆和鄭玄等偽造的，真正的孔學是春秋公羊學和董（仲舒）氏學。後者將孔子視為天生的大聖人，是為萬世作師的大教主。孔夫子是偉大的改革家，他提出人類社會三個階段的構想：據亂、升平、太平。為了達到大同世界，必須改革政治。如此這般，康有為為自己的變法理論披上正統外衣，很能吸引一般士子。但他的理論根據往往顯得牽強附會，是今文經學的所謂“微言大義”——自己先有一套想法，再到經書裏尋找根據。例如，他說“民權”“議院”等概念在經書裏早已有之，《公羊傳》裏說的據亂、升平和太平三世就是近現代的君主、君民共主和民主共和三種政體。