改變還是革命，到底應該怎麼辦，章太炎在思考和探索中。這時候他想起那些在各地擔任督撫的漢族大官僚，他們是有可能反對清朝統治的，如果一些本來也讚成變法的封疆大吏起而支持變法，那麼憑借他們的實力，很快可以取得成效。他首先想到李鴻章。因為他與李鴻章的侄女婿孫寶渲要好，從孫那裏知道一些政壇內幕。例如孫說他曾在入京考試時看望過李鴻章，言談中說起上海變法運動開展的情況。李鴻章聽了歎道：你從上海來，發什麼高妙的議論，到這裏都沒有用。我們大臣，是天子的牛馬，你們呢，隻是牛馬身上的蟣虱。聽起來像是讚同維新變法的。
章太炎手書扇麵
於是，1898年初，章太炎給李鴻章寫了一封信。信中申明自己聯日抗俄的主張，並希望李鴻章出來旋轉逆流。但他的信如泥牛入海，杳無回音。
正處在無所適從狀態的章太炎，又想到另一個有維新舉動的大官僚，時任湖廣總督的張之洞。正好，他的一個舊相識錢恂在張之洞幕府裏，招他到武昌協辦《正學報》。章太炎覺得這是一個施展才華的好機會。
章太炎在學問上屬古文經學派，與康有為不同，這是張之洞聘他辦報的一個借口。至於他在學術上的名氣，張之洞起初還不甚了然。一次他在會見陳衍時，說起想招攬天下有學問的人，請陳衍為他介紹，陳衍舉出陳三立、孫詒讓、皮錫瑞等，又特別推薦了章太炎。張之洞聽後說：“梁啟超這個人觀點不通的地方很多，但他的文字還不錯，章太炎這個人文字怪異，您為什麼提到他呢？”陳衍回答道，太炎讀書，比梁啟超多而且好，並拿章太炎寫的《左傳》筆記來給張之洞看，其他幾位幕僚夏曾佑、錢恂等也在張之洞麵前大力稱讚章太炎。張之洞終於拿定了主意。
張之洞好名。他素以維新運動的支持者自居，在資助強學會、興辦新學堂和書院、譯印西方書籍以及編練新式軍隊等方麵，他都做了不少事。所以維新派人士有了困難，願意往他這裏跑。此時，他手下就聚集著一批這樣的人。
章太炎到達武昌，受到張之洞的熱情接待，被安排在湖北鐵路局，擔任《正學報》主筆。他本以為可以有一番作為的，但不久就發現，他的觀點與張之洞及其手下的一夥人大相徑庭。
張之洞創辦《正學報》，目的是攻擊康有為的今文經學說；而此時章太炎雖然同康有為在學術觀點上有矛盾，但對其變法維新主張還是支持讚同的。
張之洞這時正忙於刊刻他的“傳世之作”《勸學篇》。該書分內、外兩編，內編有《同心》《教忠》等9篇，宣揚保國保種的思想；外編有《益智》《遊學》等15篇，主張變法和設立學校等。張之洞自己闡明主旨說“內篇務本，以正人心；外篇務通，以開風氣”，想把中學和西學調和起來，“中學治身心，西學應世事”，就是後來所說的“中體西用”。歸根結底是不願觸動專製統治的根本。