1906年6月，度過三年鐵窗生涯後，章太炎出獄。工部局限定他必須在三天之內離開租界。他不必擔心離開租界會遭到清政府的逮捕，因為他的同誌早已對他的去向作了安排。
在他坐牢的三年間，革命形勢發生了重大的變化。上海成立了光複會，是章太炎發起並參加的；黃興、宋教仁等在湖南成立了華興會；武漢也組成了日知會，加上此前成立的孫中山領導的興中會，大半個中國掀起了反清革命的浪潮。就在他出獄的前一年，興中會、華興會和光複會在日本東京聯合組成了同盟會，推選孫中山為總理，通過了“驅除韃虜，恢複中華，建立民國，平均地權”的政治綱領。
章太炎自然也是同盟會的會員，同誌們在時刻懷念著他。在他出獄的那一天，孫中山專門派了兩個同誌專程從東京到上海，會同蔡元培等人在工部局大門口迎接。章太炎一走出大門，人群中響起一片掌聲，同誌們紛紛圍上來，同他握手，祝賀他從艱苦的監獄生活中挺過來。隨後，像凱旋的英雄一般，他在人們的簇擁下，到租界外的中國公學停留。當天晚上，從日本前來迎接的同誌陪同他乘船赴東京。
在東京，章太炎受到的歡迎更為熱烈。這時的東京已成為革命的中心，單是同盟會會員就有一千多人。他到達東京碼頭的那天，簡直是人山人海，人們都想一睹這位同清政府打過一場大官司的著名學者的風采。
7月15日，同盟會在東京神田區的錦輝館舉行盛大的歡迎會，為章太炎接風洗塵。參加大會的人數超過兩千，有同盟會會員、留日學生等，因為這個會場太小，容納不了這麼多人，很多人就趴在窗台上，又因為那天下雨，很多人擠在屋簷下，更有人站在屋外，任憑雨打風吹也不願離去。章太炎進入會場時，全場爆發了雷鳴般的掌聲。章太炎氣宇軒昂，懷著對革命事業必勝的信心，發表了演說。
在這篇演說中，他簡要回顧了自己走過的反清革命道路，說小的時候，看了一些有排滿思想的書籍，心中萌發了民族革命思想。但那時沒有什麼學理。甲午戰爭以後，閱讀了東西各國的書籍，才有“學理收拾進來”。後來在日本見到孫中山，覺得在孫中山身邊的有革命誌向的同誌太少了，很多人來拜訪孫先生，隻是覺得他奇怪，像是來看看古董的。當時他很失望，真想去當個和尚，不再與這些人來往。但三年監禁以後，他驚奇地發現，留學生中革命者比以前增加百倍。他才相信了人心的進化不是虛言，以前反清的心腸，其實是人人都有的，不過是藏在心中，今天才表露出來罷了。
也就是在這篇演說中、他申說了他的關於古來成就大事業者多有“神經病”的理論。他所說的“神經病”，其實是為了一種有利於人類的事業，不顧個人利益，做事十分專注的人。他承認自己就有這種“神經病”，並以此自豪。而且他也願意同誌們，人人都有一兩分神經病。“近來有人傳說，某某是有神經病，某某也是有神經病，兄弟看來，不怕有神經病，隻怕富貴利祿當現麵前的時候，那神經病立刻好了，這才是要不得呢！略高一點的人，富貴利祿的補劑，雖不能治他的神經病，那艱難困苦的毒劑，還是可以治得的，這總是腳跟不穩，不能成就什麼氣候。兄弟嚐這毒劑，是最多的。算來自戊戌年以後，已有七次查拿，六次都拿不到，到第七次方才拿到。以前三次，或因別事株連，或是普拿新黨，不專為我一人；後來四次，卻都為逐滿獨立的事。但兄弟在這艱難困苦的盤渦裏頭，卻沒有一絲一毫的懊悔，憑你什麼毒劑，這神經病總治不好。”
他最後激昂地說，要把自己的神經病質，傳染諸君，傳染於四萬萬人。
章太炎這次演講的中心部分是他認為當前革命的進行步驟，最關鍵的是兩條：一是用宗教發起信心，增進國民的道德；二是用國粹激動種性，增進愛國的熱腸。
先說宗教。宗教打動感情深入人心，能夠團結廣大人民。但章太炎認為，中國的孔教是堅決不能用的，因為它總是要人忍耐，不鼓勵人反抗，而其最大的汙點，是“使人不脫富貴利祿的思想”。現在的反清革命事業，提倡民權，如果夾雜一點富貴利祿的思想，就像“微蟲黴菌，可以殘害全身”；基督教呢？也不可用，因為現今中國人信奉基督教，大多是假的，“最上一流，是借此學些英文、法文，可以自命不凡；其次就是饑寒無告，要借此混日子的；最下是憑仗教會的勢力，去魚肉鄉愚，陵轢同類的”，他認為基督教的理論“謬妄可笑，不合哲學”，對中國沒有什麼好處。那麼最適用中國的，他認為非佛教莫屬，而佛教中又以華嚴宗和法相宗最適用。