在這種轟轟烈烈的論戰中，《民報》的名聲越來越大，清政府感到必須采取措施了。它一麵在國內禁止閱讀和傳布該報，一麵與日本政府交涉，要求日本政府將報社查封。1907年9月，清政府外務部給日本方麵的照會中，列出《民報》等七種雜誌，指出：“均係本國亂黨在貴國境內出版發行之件，其中倡導革命、措語狂悖者，不勝枚舉，若聽其輾轉流傳，煽惑人心，實於本國治安大有妨害。”日本方麵接到照會後，隻對這些雜誌的負責人提出警告，使清政府大為不滿，次年派奉天巡撫唐紹儀在出使美國時，路經日本，繼續與日本政府談判此事。唐紹儀采用威脅、利誘兩種手法，一麵說清政府將要與美國結盟，共同對付日本，一麵對日本政府說，如果答應合作，將給它一攬子的好處，如開采煤礦、修建鐵路等。這樣，日本政府終於下定了決心，命令封存剛剛出版的《民報》第24號，並向章太炎發了一紙文書，宣布他違背了日本《新聞紙案例》第33條，並說《民報》的宣傳綱領及所刊《革命之心理》一文是違反法律。《革命之心理》為湯增璧所撰，內容鼓吹革命。《民報》的宣傳綱領則有六條：一、顛覆現今之惡劣政府；二、建設共和政體；三、維持世界真正之和平；四、土地國有；五、主張中國、日本兩國之國民的聯合；六、要求世界列國讚成中國之革新事業。
日本是標榜言論自由的國家，上述這些內容，《民報》開辦之初就向有關主管部門聲明過，也得到了批準。現在卻說違法，出爾反爾，顯然是受了利益驅動。章太炎被傳入警署，看了禁令，大吃一驚後轉為大怒，問封報有什麼理由，警署署長無言以對，隻解釋說，這是外交方麵的問題，與法律無關。章太炎問不出所以然，退還禁令，憤然離去。
第二天，他直接寫信給日本內務大臣，對此事表示強烈抗議。章太炎是和清政府打過官司的，這次他要和日本政府較量一番。過了幾天，警署奉了內務大臣的命令，傳喚章太炎，勸他接受封禁令。章太炎義正詞嚴地說：“我決不接受，告訴你們長官，就說我章某違抗命令！”並表示要抗爭到底。內務省沒法改變策略，派人找章太炎，要求收買《民報》，被章太炎一頓痛斥頂回去。
經過幾個回合的鬥爭，章太炎也感到日本方麵要封禁《民報》的決心已定，就針鋒相對地采取一係列步驟。首先是發表《報告〈民報〉二十四號停止情形》，把這個事件的來龍去脈敘述一遍，登在巴黎《新世紀》雜誌上。其次是散發傳單《請看東胡、倭奴封〈民報〉之惡劣手段》，痛罵日本政府與清政府狼狽為奸、沆瀣一氣。此外還用英文發表《籲請給予同情》的呼籲書，要世界輿論都來譴責日本政府。
最實際的鬥爭方式是訴諸法律。
11月26日，開庭審判。章太炎請了多名辯護律師，都是同情章太炎和革命黨遭遇的日本人，他們自告奮勇替他辯護。當天，在法庭上旁聽的有60多人，還有幾百人因為座位不夠站在門外。
因為章太炎與庭上語言不通，法庭讓一個叫鈴木的日本人當翻譯，章太炎表示抗議，並拒絕回答審判長的問題。辯護律師花井提議由中國人宋教仁任翻譯。審判長問宋是什麼人，宋說自己是漢語教授，與被告沒有關係。全體審判官合議後同意這個提議。
原告在起訴書中又找到一個把柄，即《民報》在出版過程中擅自更換編輯人、發行人，沒有向當局申報。
審判長在問明章太炎的身份後，又問他發行《民報》的意圖是什麼，章太炎答道：“因為清朝政府不是漢族人的政府，我們要顛覆這個異族政府。這就是《民報》的意圖。”
審判長想從他的話裏找出漏洞，問：“《民報》是給什麼人看的？”