章太炎年輕時刻苦攻讀古代典籍，打下深厚基礎，後來他一直沒有間斷對學問的鑽研。尤其是《訄書》的刊行，奠定了他大學問家的聲名。東京歡迎會後，留學生中一些人就請求他開課，也正符合他演講中的以國粹激動種性的主張。不久，國學講習會成立了，在一個中學的教室裏講課，聽講的人很多，有留學生也有日本學生。
章太炎一生，既勤學不厭，又誨人不倦。他本人讀書很用功，求知欲望很強烈。他出獄後到達日本不幾天，在一個朋友住處見到宋教仁。兩人一見麵就談學問，給宋教仁留下很深的印象：“三時，至新宿孫少甫寓，晤章枚叔，枚叔於前月出滬獄，特來掌理《民報》者，與餘一見麵時，甫通姓名，即談及哲學研究之法，詢餘以日本現出之哲學書以何為最？餘以素未研究，不知門徑對之，蓋孤負其意不小矣。複談良久。”此後章太炎多次與宋教仁討論學術上的疑難問題，這些情節都被宋教仁記入日記中。
他這次講課的內容，據《民報》上刊登的《國學講習會序》，一、中國語言文字製作之原；二、典章製度所以設施之旨趣；三、古來人物事跡之可為法式者。
他一貫主張講學要從文字音韻講起，所以《說文解字》《爾雅義疏》等是主要的教材。在講學的同時，他抓緊時間，完成了多種著述，如《文始》《小學答問》《新方言》《國故論衡》等，都具有很高的學術價值。
《文始》，顧名思義，是探討文字起源的著作，全書共九卷。他認為，在古代，是先有語音後有文字。所以，研究文字起源必須與音韻緊密聯係起來，從字的讀音入手，按聲韻的類別，推究字的本義。在這方麵章太炎有很多獨創的地方。例如“土地”的“土”字，按象形來說，二表示地下，一豎表示物從中生出。而從讀音上解釋，其音為tǔ，是人口吐東西時的聲音，土地生長萬物，也像從人口裏吐出東西一樣。另外，古人測量土地，又將“土”字作為動詞，意為測量，古書上有“土其地”的說法。發展下來，“土”字又轉音為度，有度量的意思。
《小學答問》是問答形式的著作，可以說是《文始》的輔助，記錄的是章太炎在課堂內外與學生有關語言文字學的問答。該書對《說文解字》中的疑難字進行疏證，解決了不少前人未曾解決的難題。《說文解字》是中華文明的基礎典籍之一，章太炎在這本著作上花了很大的功夫。為了研究文字音韻，他將段（玉裁）注和大徐本《說文解字》反複查閱了十幾遍，每天揣摩咀嚼。
他對自己的著作評價甚高，稱《文始》是“一字千金”，古今無有。不過，他的研究成果也並非十全十美，例如他的得意門生黃侃就說老師的有些說法顯得牽強。
章太炎在方言研究上也取得了很大成就，撰成《新方言》一書。這個書名是從漢代揚雄的《方言》發展而來的。研究方言需要時間和功夫，因為中國的方言種類繁多，很難尋出頭緒。章太炎在這方麵得到劉師培和黃侃等人的幫助。劉師培獻出自己的方言研究劄記三十多條，黃侃提供自己家鄉湖北蘄州一帶的方言俗語。章太炎根據聲韻轉變的規律，從曆史上人口遷移的情況和地理環境、風俗習慣等角度考察方言的來源和變化，得出一些很有學術價值的結論。
《國故論衡》是一部體大思精的著作，書名仿漢代王充的《論衡》。章太炎在書中對國粹進行了較全麵的評論。全書分為三卷，上卷語言文字學。中卷論文學，品評曆代詩賦、文章的優劣。詩賦方麵，鄙薄中唐以後，論辯文，崇奉魏晉以前。下卷論諸子，對道家的老莊頗多讚詞。這部著作很受學者稱讚，如胡適在總結1872年至1922年中國文學成就的《五十年來中國之文學》一書中說：“章炳麟是清代學術史的押陣大將，但他又是一個文學家。他的《國故論衡》《檢論》（即《訄書》）都是古文學的上等作品。這五十年中著書的人沒有一個像他那樣精心結構的；不但這五十年，其實我們可以說這兩千年中隻有七八部精心結構，可以稱作著作的書，——如《文心雕龍》《史通》《文史通義》等——其餘的隻是結集，隻是語錄，隻是稿本，但不是著作。章炳麟的《國故論衡》要算是七八部之中的一部了，他的古文學功夫很深，他又是很富於思想與組織力的，故他的著作在內容與形式兩方麵都能‘成一家言’。”