袁世凱也意識到，章太炎留在中樞，他們終究會吵鬧起來的，因此樂得將他打發出去，就給他個“東三省籌邊使”的差事。這個職務名頭不小，實際上是個虛職，幹不成什麼事。籌邊使署設在長春，人員隻有十來個，經費每月三千元。關鍵是，東北各省的長官不可能聽他的調遣。章太炎人未到，就有人上書總統，質問籌邊使算哪個級別。
但章太炎建功立業之心極強。他在條件極差的情況下，還是勉力幹了幾件為民謀福祉的事，雖然有些並不成功。例如他命人繪製了一份比以前更為詳細的黑龍江地圖、為黑龍江的浙江同鄉會呈請褒揚反清誌士呂留良的後代、建議為革命烈士熊成基（在哈爾濱謀刺清海軍大臣載洵被捕就義）豎立銅像、討論吉林煤礦開采事宜、謀求解決居住在延吉的朝鮮僑民的國籍問題。他還雄心勃勃地籌劃在鬆花江和遼河之間開鑿一條運河，但經調查後發現，那裏的地勢是兩頭低，中間高，無法實行。
同章太炎一樣，孫中山等也是想幹一番事業的。現在國家統一了，可以實現自己富國強兵的夢想了。孫中山甚至把黨務交給宋教仁，到日本考察鐵路建設。然而袁世凱不久就露出他野心家的真麵目，要破壞憲法，獨攬大權。
袁世凱對國民黨勢力做大十分忌憚。1913年初，他策劃刺殺了國民黨理事長宋教仁。
宋教仁是政黨政治的熱心提倡和實行者，他擔任國民黨理事長後，大力發展黨員，並計劃通過議會途徑，限製袁世凱獨攬大權的野心，最終取得多數席位，成為執政黨。袁世凱對此又恨又怕。
宋教仁真有一種堅忍不拔的勁頭，他到處演說，宣傳國民黨的主張。他的努力使國民黨在第一次國會選舉中獲得極大成功，在眾、參兩院都取得壓倒多數的席位。這一下子使袁世凱極為震驚。國會開會在即，如果照法律程序議事，總統的權力勢必被削弱。
在宋教仁去上海車站乘車赴北京時，袁世凱派來的刺客將他槍殺了。
在同盟會領導人中，章太炎與宋教仁最為相得。他們在日本時經常在一起討論天下大勢和學問文章。章太炎很欣賞宋教仁的才華和辦事能力，在中華民國臨時政府籌建時，他就竭力鼓吹，說中華民國政府總理非宋教仁莫屬。現在，宋教仁被暗殺，血的事實擦亮了章太炎的雙眼，袁世凱絕對不可以共事！
章太炎得到消息，馬上返回上海，參加宋教仁的葬禮，並親撰哀詞。他聽說，宋教仁在去世前夕，還提到自己，更加哀慟不已。
他寫的挽宋教仁聯是：願君化彗孛，為我掃幽燕。表達了為同誌報仇的決心。
宋案的發生，使革命黨覺醒了。國民黨人準備武力對抗袁世凱。這時的章太炎一麵同南方革命黨人策劃討袁事宜，一麵從別的方麵想辦法。他想到了手中握有實力的副總統黎元洪，於是趕到武昌，勸說黎元洪競選總統，與袁對抗。他把黎估計得過高了。黎元洪早已經領教過大總統的厲害，躲在武昌不敢進京。宋案發生後，革命黨人就請他出麵討袁。但無論多少人去遊說，他就是不答應。