“二次革命”失敗了，袁世凱大肆捕殺革命黨人。對於章太炎這個筆力抵千軍的文豪，他也不能任其說三道四，遂命他控製的共和黨召章太炎入京——章太炎是這個黨的領導者之一。章太炎知道，去北京必有危險。但他不願意到外國去，那麼，到北京去，同袁世凱周旋一番，說不定能起到一些作用。
新婚妻子的勸阻也歸無效，他堅定地說：“不入虎穴，焉得虎子？”
果然，他一到北京，袁世凱就命戒嚴副司令陸建章派兵將他監視起來。起初用暗地裏“保護”的名義，因為袁世凱對他還有拉攏之意。不久，章太炎發現自己身邊總有人跟蹤，自己的言論也沒有發表的地方，知道中了圈套，非常氣憤。
袁世凱想見他，他以患眼病為由辭謝了。他幾次想逃走，都被憲兵攔了回來。
看到袁世凱在加緊恢複帝製的步伐，章太炎心情越發鬱悶，在日常大罵袁世凱，或揮動手杖，追打周圍的憲兵，看到他們的狼狽樣子，拍掌大笑：“袁狗給我逐去了！”
他不停地喝酒。有時拿了花生米，一邊掐去其蒂，一邊惡狠狠地自語：“殺了袁皇帝的頭！殺了袁皇帝的頭！”
或者在紙上寫“袁賊”兩個大字，投入火中燒掉，邊燒邊叫：“袁賊給燒死了！”或者滿屋書寫“袁賊”，用手杖痛擊解恨。
他在給妻子的信裏說：“不死於清廷購捕之時，而死於民國告成之際，又何言哉！”
章太炎天天生活在鬱悶和憤怒之中。他的一些弟子看在眼裏，就想了一個辦法，讓章先生以講學排遣鬱憤。這件事是章太炎所樂意的。他就設弘文館之事給袁世凱寫過信——弘文館的目的是編纂詞典——還通過錢玄同的哥哥找農商總長張謇，張謇向袁世凱請示，袁一口答應，說隻要章太炎不出北京，什麼都好說。章太炎要求的經費他卻遲遲不給。
不得已，他隻好仍講國學。
國學講習會招來許多聽講人，有些是在東京聽過講的，有些是新來的，更有奉命監視他的人。講題以經、史為主。當時他的住處書籍不多，學生們要去借，他說不必了，自己“便便腹笥，取之有餘”。他的記憶力真是驚人，講來頭頭是道，如數家珍，學生們都聽得入迷，就連那些密探也聽得忘了他們的使命，對這個“章瘋子”肅然起敬了。
不過，講學終不是長法，章太炎急於南歸。1914年元旦，他給副總統黎元洪寫了一封信，又給他的弟子錢玄同寄了一張明信片。在給黎的信中，他說自己要冒死離京；在給錢的明信片上，他寫了“吾將不複年”的話。其時被袁世凱幽禁在中南海的黎元洪，拿了信趕緊去見袁世凱，要袁立即答應章太炎設立弘文館的要求，但袁世凱隻口頭答應而已，並不付諸行動。不過，倒是兌現了每月給章太炎五百元的薪水。
錢玄同接到明信片後，覺得章師的措辭“不祥”，趕緊去章寓探望，見他已做好出發的準備。
錢玄同問先生欲往何處，章答：
“長沮桀溺，耦而耕，孔子過之，使子路問！”
師徒對話滿是學問。章太炎的回答出自《論語》，“問”字後麵還有一個“津”字。錢玄同明白了，先生要去天津。他趕緊勸說：既然弘文館的事政府已經答應了，就不要這麼匆忙地走。章太炎說，袁世凱慣於騙人，自己再也不受騙了。他表示“吾意已決，必不再留”。