專項治理工作采取自查自糾和重點檢查相結合的方式，分四個階段進行。
1.動員部署。各地區各部門、各國有企業要增強政治責任感和工作緊迫感，把治理工作擺上重要日程；要深入做好思想發動、政策宣傳、輿論引導，提高國有企業幹部職工對專項治理工作的思想認識，營造濃厚的社會輿論氛圍；要拓寬監督渠道，支持群眾監督，鼓勵群眾舉報；要細化實施方案，明確政策規定，切實做好布置培訓，確保動員部署深入到位。
2.自查自糾。各國有企業要按照《關於深入開展“小金庫”治理工作的意見》和《國有及國有控股企業“小金庫”專項治理實施辦法》要求，結合本企業實際，組織對本企業範圍內所有下屬企業和單位進行全麵自查，也可組織內部力量進行專項審計或檢查。自查麵必須達到100%，確保不走過場、不留死角。要建立自查自糾工作承諾製和公示製，各國有企業負責人對自查自糾情況負完全責任，並將自查自糾情況在企業內部以不同形式進行公示，接受群眾監督。對於專項治理中瞞報漏報自查自糾信息的，將嚴肅追究責任單位和相關責任人員的責任。為保證自查自糾效果，各級專項治理領導機構要有重點地進行督促指導，及時做好政策解釋和培訓工作，確保自查自糾工作落到實處，取得實效。
自查自糾工作結束後，各國有企業要向國有資產監督管理機構或有關主管部門報送自查自糾總結報告和《國有及國有控股企業“小金庫”自查自糾情況報告表》，並由各級專項治理日常工作機構逐級彙總上報。國務院國資委負責統計彙總履行出資人職責企業自查自糾結果，有關中央部門負責統計彙總本部門管理企業自查自糾結果，各省（自治區、直轄市）、新疆生產建設兵團負責統計彙總本地區國有企業自查自糾結果，並將自查自糾總結報告和《國有及國有控股企業“小金庫”自查自糾情況統計表》報送中央治理“小金庫”工作領導小組辦公室。
3.重點檢查。在自查自糾基礎上，要抽調專門力量或聘請中介機構專業人員，認真組織開展重點檢查。在各級專項治理領導機構的統一領導下，各級國有資產監督管理機構負責對履行出資人職責和受托管理的國有企業開展重點檢查，重點檢查比例不低於國有企業戶數的20%，每戶重點檢查企業的重點檢查麵應當不低於所屬子企業戶數的20%；財政、審計部門結合黨政機關、事業單位和社會團體“小金庫”治理工作，以及會計信息質量檢查和企業審計等日常工作，根據專項治理工作實際和群眾舉報情況加強“小金庫”問題檢查。
重點檢查應當關注以下國有企業及其所屬單位：
（1）關係國家安全和國民經濟命脈、在國民經濟中處於基礎和支柱地位的企業或單位；
（2）供水、供氣、供熱、供電等與人民群眾生活密切相關的企業或單位；
（3）投資鏈條較長、分支機構多的企業或單位；
（4）未納入合並報表範圍的表外資產金額較大的企業或單位；
（5）以前年度發現存在“小金庫”的企業或單位；
（6）有群眾舉報的企業或單位；
（7）自查自糾措施不得力、工作走過場的企業或單位。
重點檢查結束後，要逐級填報《國有及國有控股企業“小金庫”重點檢查情況統計表》，撰寫重點檢查總結報告，由國務院國資委和各省（自治區、直轄市）、新疆生產建設兵團專項治理日常工作機構彙總後報送中央治理“小金庫”工作領導小組辦公室。
4.整改落實。對於專項治理過程中發現的問題，要在統一政策標準的基礎上，按照職能分工，由各相關部門依法下發處理處罰決定。要針對專項治理工作中發現的問題，緊密結合企業內部管理、完善法人治理結構、深化企業改革發展，製訂切實有效的整改措施，紮實抓好整改落實工作，做到責任明確、整改及時、處理到位。在整改過程中要強化源頭治理，完善製度，建立防治“小金庫”的長效機製。各級專項治理領導機構要加強對整改落實情況的督促指導。
國有企業“小金庫”治理工作需要把握的關鍵環節
治理工作將采取自查自糾和重點檢查相結合的方式，工作中應把握以下關鍵環節：一是要高度重視自查自糾。鼓勵自查自糾是此次治理工作的一個突出特點，中央為此專門明確了從寬處理政策，目的就是要充分發揮企業的積極性、自覺性和主動性，鼓勵自查、支持自查和依靠自查。因此，一方麵，治理機構要組織好自查自糾，保證自查自糾麵達到100％；另一方麵，各企業要高度重視自查自糾，敢於正視和暴露問題，爭取把問題解決在自查自糾階段。二是要認真組織重點檢查。各級專項治理工作領導機構將做好重點檢查工作的組織協調、方案製訂、業務培訓等準備工作，抽調業務骨幹參加檢查工作，突出檢查重點，暢通舉報渠道，創新方式方法，保證檢查質量。三是要嚴查違紀違規問題。對於發現的違紀違規問題，要堅決果斷地查處，行政處罰、黨紀政紀處理、組織處理等手段並用，而且有選擇地予以公開曝光，發揮反麵典型的警示教育作用。