（四）包埋
包埋（embedding）的目的是為了便於切片。目前實驗室常用的包埋方法仍以石蠟包埋和冷凍包埋為主，前者的優點是對組織結構保存良好，組織結構清晰，抗原定位良好，在病理和回顧性研究中有較大的實用價值；後者的突出優點是能較完好地保存多種抗原的抗原性，速度快，能在短時間內出結果，適合於手術切除標本的快速診斷。
1.石蠟包埋
石蠟是組織病理切片最常用的包埋劑。與一般石蠟包埋相比，應用於免疫組織化學研究的包埋具有以下特點：①脫水、透明等過程應盡量在溫度較低的環境下進行，盡量減少組織抗原的損失。②組織塊可盡量修整得小些，便於充分脫水、透明和浸蠟。③浸蠟包埋的溫度應保持在60℃以下，常用熔點低的軟蠟包埋。具體操作步驟可參照進行。
2.低溫冷凍
包埋冷凍包埋能較好地保存抗原，新鮮及已固定材料均適合於冷凍包埋、切片。冷凍時組織中可能會有冰晶出現，將破壞細胞結構和造成抗原擴散。為了減少冰晶的形成，可將組織置於高滲蔗糖溶液中以減少水分或用幹冰或液氮速凍。
（1）預處理：將已固定、衝洗的組織塊放入20％～30％蔗糖緩衝溶液內，4℃冰箱過夜；將經蔗糖溶液處理的組織塊或新鮮組織塊放入大小適合的塑料包埋盒內，加入適量的甲基纖維素或OCT包埋劑。亦可將組織塊直接置於底托上，在組織塊四周澆上OCT等包埋劑。
（2）速凍：①液氮法。將包埋盒或底托平放在盛有液氮的容器內，當盒底部接觸液氮時即開始氣化沸騰，持續10～30秒，組織即凍結成塊，取出包埋塊，立即放入低溫冰箱備用或放置在恒冷箱切片機內切片。②幹冰-丙酮法。將200ml丙酮注入小型廣口保溫瓶或保溫杯內，逐漸加入幹冰，直至飽和不再冒泡時為止，溫度可達-70℃；將一裝有50ml異戊烷的小燒杯緩慢置入幹冰-丙酮飽和液內；將組織塊投入異戊烷內速凍30～60秒後取出。
（五）切片
免疫組化研究的切片一般為5μm，而神經組織切片為20～100μm，有利於追蹤神經纖維的走行。
1.冷凍切片
冷凍切片是免疫組織化學技術中最常用的一種切片方法。其優點是能夠較完好地保存多種抗原的免疫活性，尤其是細胞表麵抗原更應采用冷凍切片。新鮮的組織及已固定的組織均可作冷凍切片。
冷凍切片時，組織中水分易形成冰晶，影響抗原定位。冰晶小而多，對組織結構損害大。冰晶的大小與其生物速率成正比，而與成核率（形成速率）成反比。在冷凍開始時，冰晶成核率較慢，以後逐漸增加。冰晶形成的臨界溫度為-33℃，從-33℃降至-43℃之間，成核率急劇增加達1018，然後再減慢。因此可采用以下措施減少冰晶的形成。
（1）速凍：縮短組織從-33～-43℃的時間。具體方法是：①幹冰-丙酮（乙醇）法。將150～200ml丙酮（乙醇）裝入小保溫杯內，逐漸加入幹冰，直至飽和呈黏稠狀，再加幹冰不冒氣泡時，溫度可達-70℃。用一小燒杯（50～100ml）內裝異戊烷約50ml，再將燒杯緩慢置入幹冰-丙酮（乙醇）飽和液內，至異戊烷溫度達-70℃時即可使用。將組織（約1cm×0.8cm×0.5cm）投入異戊烷內速凍30～60秒後取出，置-80℃低溫保存或置恒冷箱內以備切片；②液氮法。將組織塊平放於軟塑料瓶蓋或特製小盒內（直徑約2cm），如組織塊小可適量加OCT包埋劑浸沒組織，然後將特製小盒緩緩平放入盛有液氮的小杯內，當盒底部接觸液氮時即開始氣化沸騰。此時小盒保持原位切勿浸入液氮中，在10～20s組織即迅速凍結成塊。取出組織塊後立即置入-80℃冰箱貯存或作恒冷切片。
（2）脫水：將組織置於20％～30％蔗糖溶液中1～3天，利用高滲吸收組織中水分，減少組織含水量。
冷凍切片一般用恒溫冷凍切片機。切片後如不染色，必須將切片吹幹，貯存於低溫冰箱內，或進行短暫預固定幹燥後貯存於低溫。
2.石蠟切片
用於免疫組化技術的石蠟切片製備與常規略有不同。
（1）脫水、透明等過程應在4℃下進行，以盡量減少組織抗原的損失；
（2）組織塊大小應＜2cm×1.5cm×0.2cm，使組織充分脫水、透明、浸蠟；
（3）浸蠟、包埋過程中，石蠟應保持在60℃以下，以熔點低的軟蠟較好。組織塊脫水、透明和浸蠟時間可參考。
以上全過程為18～24小時，也可在室溫內使用自動脫水機代替，如組織塊小，直徑＜0.5cm，可用快速石蠟包埋切片，全過程隻需4小時。
石蠟切片應放在37℃恒溫箱過夜，這樣烤片可減少染色中脫片。切片若長期保存，可存放於4℃冰箱內。
3.塑料切片