在“西複”盆地，他還發現，印第安人並非不信宗教。他們信仰一個至高無上、萬能不死的神。每一個酋長的家裏，都有一個木刻的偶像，很為敬重。當地的印第安人說，太陽和月亮就是從他們島上的一個洞裏爬出來的，而人類又是從另一個洞裏爬出來的。還說，在遠古的時候，曾發生洪水，淹死不少人，這島就是被洪水淹沒的山尖。當地酋長死時，要處以絞刑，以表示他與眾不同的高貴身份。根據這些傳說，哥倫布一方麵決心加快建立教會的步伐；另一方麵則斷定這裏已遠在日本之上，因為日本也沒有這麼多的黃金。他狂喜地認為他已經到了《聖經.列王紀》上所說的“俄菲”了，據說，所羅門王就是從這地方取得大量黃金建造耶路撒冷的大禮拜堂的。哥倫布滿懷信心地報告西班牙國王說：“不久就能運回像比斯開鐵礦砂那麼多的金砂。”這是1494年三四月間的事。以後，據哥倫布說，1500年的時候，在這裏某些人一天能采集到110個、120個、多至250個西班牙小金幣，而采集20個至50個小金幣的人則比比皆是。他接著又說：“即使卡斯提爾所有人口都聚集在那裏，不論一個人如何懶，他一天至少總可以獲得一兩小金幣，然而這僅僅是個開端；以上隻是一般的看法。”
與此同時，哥倫布自己繼續航行，深入內地，在一個名叫伊爾戈斯（即君子之門）的小山穀中，他們第一次看見了西複的韋加，雷亞爾（意即“富麗的平原”），這是哥倫布給它起的恰當的名字，直到今天還沿用。卡薩斯曾這樣描寫道：“這一個地方應該引起我們對造物主的無限感謝和祝福。”這個地方是“如此完善、優雅、美麗，誰看見了它都以為是到了樂園的某一部分”。殖民者們穿過了這個大花園，走到北亞克河，這就是現在多米尼加共和國第二大城市聖地亞哥的所在地。他們一路上都接受著土著給他們的豐盛禮物。可是印第安人不懂得為什麼西班牙人總是不讓他們分享一些士兵們的裝飾品作為回報。哥倫布被印第安人背過河之後，就在現在的雅尼各村附過建築了他的另一座城寨聖托馬斯，同時從慷慨的主人手裏搜羅了許多金塊。回程花了29天。“天氣惡劣，食物極壞，飲水更槽。”
1494年4月9日，探險隊第二次從伊薩貝拉出發向外探險時，又和印第安人發生了一次衝突。奧赫達聽說一次在渡過亞克河時有些衣服被偷了，就割掉了一個當地酋長手下人的耳朵，還把這個酋長連同他的兄弟和侄子都扣上手銬腳鐐押回伊薩貝拉。由於哥倫布所信任的一個酋長哭著哀求，哥倫布刀下留情，沒有在廣場砍下他們的腦袋。1494年4月，伊薩貝拉城的移民們所種的莊稼，在當地的印第安人的幫助下，長得非常茂盛，證實了這塊地方，如果經營得好，是一個富庶的地方。他們從外地移植過來的甘蔗、小麥、甜瓜等等長得更好。1493年哥倫布在第二次航行中帶進了牲畜、蔬菜、小麥、大麥、葡萄樹和其他果樹、柑子、檸檬、甜瓜以及其他作物；船隻到加那利群島停留時，還增添了舊世界給新世界的最大禮物一一甘蔗。哥倫布引進的甘蔗後來通稱“克裏奧爾”種。在18世紀中葉，奧塔埃特甘蔗引進來以前，它一直是最主要的品種。
哥倫布並不是完全不關心建設的。他懂得農業的重要性，所以特別關心甘蔗。他在1494年1月30日給西班牙王上寫了一封信，大談特談甘蔗，把它和安達盧西亞、西西裏的甘蔗對比。他還熱情洋溢地描繪了在海地島上發展製糖業的前景。但是這個計劃遭到貴族、商人們的阻撓。直到他死後，製糖業才在美洲各地發展起來。
4月27日，哥倫布發現了牙買加島。牙買加氣候宜人，陽光明媚，山穀、溪流遍布全島。當地人稱它是“泉水和溪流的地方”，音譯就叫“牙買加”。
牙買加不但美好，而且有許多令人神往的東西。它的北岸，有一個名叫牡蠣灣的海麵。每當夜幕降臨之際，就閃爍著青綠色和橙紅色的火花，如果您駕船在那裏駛過，就像在灑滿寶石的地毯上滑行一樣，人們稱它為“火海”。此外，還有許多奇怪的魚，有一種叫“隱燈魚”，是會發光的。
哥倫布初到牙買加時，發現許多身上塗著各種顏色，但大部分是黑色的、插著羽毛頭飾的裸體的印第安人。他們乘著大大小小的獨木舟，並不害怕地劃近前來，帶來了許多水果食物，並且“很樂意把自己帶來的任何東西給予基督教徒，隻要他們需要”。可見，牙買加的印第安人起初是對他們非常熱情友好的。哥倫布最初登陸的地方，現在，牙買加還稱它為“發現灣”，辟作一個公園，保存著不少哥倫布的遺跡。
但是，貪婪成性的殖民者，隻知黃金和掠奪，這就激起了印第安人的反抗。一次，哥倫布正要在牙買加某地登陸，突然遇見70多條獨木舟、載著數百名印第安人，拒絕他們登岸。哥倫布命令施放弩箭和大炮，登陸後，又唆使惡狗去恣意撕咬印第安人。
1494年8月9日哥倫布離開了牙買加。哥倫布航海一定要保持直線航行，他不喜歡走彎彎,曲的航路。他常常說，隻有徑直的航行，才能節省時間和開辟出最理想的航線。可是從牙買加到古巴南岸，卻是一個島嶼叢多的地區，各種各樣稀奇古怪的島嶼像繁星一樣散布在海麵上，它們有的像刀把，有的光禿禿，一毛不長，有的綠蔥蔥，長滿了灌木叢，有的高高尖出水麵，有的則藏在水中，隨海水漲落時隱時現。
有一天，雷電交加，整個海麵灰蒙蒙的，忽然，哥倫布隱隱約約發現前麵有一排像籬笆一樣並排的島嶼，攔住去路，哥倫布急令倒船，才避免了觸礁。雨過天晴，哥倫布乘上小艇到跟前一看，這像一道“海上長城”，非常險要，幾乎無路可通。眼看隻好繞道而行了，但哥倫布下決心看個究竟，才發現這長城中有一段縫隙，像刀劈一樣，筆直陡峭，但正好能通過一隻船，他測量了一下這裏的深度，不禁愣住了。這裏的水深隻有一米多，船吃水的深度遠遠超過它。一場辯論之後，哥倫布下令扔掉船上不必要的物品，減少吃水深度。在哥倫布的謹慎駕駛下，大家都屏住呼吸，慢慢地把船駛進了縫隙，幾乎擦著岩石，擦著海底，終於闖出了這個縫隙，到達古巴南岸。接著，哥倫布朝海地駛去。8月20日，到了海地。
這一次航行，十分不利，不僅是逆風，而且暴雨不停，炎熱的氣候使船上食物開始腐爛。正當這三艘帆船在古巴南岸迷宮似的群島中進行危險的航行的時候，水手們一個一個地病倒了。哥倫布迎著暴風雨，整夜不能合眼，25天以後才從這無數小島中穿出來，再往南到達了牙實加島，但是哥倫布已經病倒了，他隻能躺在吊床上指揮航行和整理航海資料，用他那發抖的雙手繪製這一帶的地圖。
哥倫布考察了40天以後，才又回到海地島的新建村落伊薩貝拉。當幾個筋疲力盡的水手把他從船上用擔架抬下來的時候，他已經是骨瘦如柴、奄奄息了。
哥倫布到了伊薩貝拉後就一直昏迷不醒，發著高燒，說著胡話。醫生看了，搖搖頭說：“沒有希望，哥倫布要見上帝去了。”在哥倫布離開伊薩貝拉這段時間裏，留在伊薩貝拉的人一個個又被黃金熱所驅使，不聽任何人的指揮，四散到各處去搶劫、殺害印第安人。有的人卻在海地島深處發現了金礦，但他們並沒有把這個消息告訴其他人，隻是悄悄地告訴了王室的官員。這些人在船艙裏密謀策劃行動。當他們看見哥倫布回來時已經生命垂危，喜出望外。第二天一早他們搶占了5艘大船，帶著金礦的樣品逃回西班牙去了。他們在路上商量好了向王室稟報的要點：海地島已經證實有金礦，其他地方也可能有；哥倫布對開采金礦並不十分感興趣；哥倫布不關心下屬的死活，當黃熱病蔓延時，他卻私自逃走了。為了使女王和國王相信他們說的全是事實，還準備了大量的人證物證。其實，前兩點哥倫布自己也會承認，至於最後一點，雖然不是事實，想加給哥倫布也不難。