王罕父子發覺事已敗露，決定次日晨發兵，以圖先發製人。王罕麾下、阿勒壇之弟也客扯連（又作也客察蘭、也客察合蘭）回家對妻子阿剌黑亦惕言及此事，並說：“如果有人去把發生的事告訴給成吉思汗，成吉思汗一定給他許多恩典和好處。”此話被他的牧馬人乞失裏黑（又作乞力失、啟昔裏）聽見，遂與同伴巴歹（又作巴帶）連夜馳奔報告。成吉思汗得報，倉猝整兵迎敵，與王罕大戰於合蘭真沙陀（又作忽剌安不魯合惕、忽剌安不剌合惕、哈剌真沙陀、哈闌真沙陀、合蘭隻之野，在今內蒙古東烏珠穆沁旗北境）之地。
與當時勢力盛強的王罕相比，成吉思汗依然處於劣勢，經過一天苦戰，雖稍卻王罕軍，仍因寡不敵眾，隊伍潰散。成吉思汗隻帶少數人從兀魯回一失連真河退至答蘭捏木兒格思，溯河而上，至合勒合河旁的建忒該山（今哈拉哈河中遊北），潰軍漸集，點視軍馬，僅四千六百騎（一說為二千六百騎），遂分軍兩岸，沿河而下，駐營於董哥澤（地當今貝爾湖東）。
合蘭真沙陀之戰是成吉思汗第一次單獨與當時蒙古草原上最大的貴族勢力進行較量，雖然暫時失敗，蒙受了重大損失，但他並未動搖與王罕再戰的決心。他一麵遣使曆數王罕背盟棄約諸事，表示重新和好的願望，一麵收集部眾，休養士馬。
1203年夏，成吉思汗移營至班朱尼河（又做巴勒渚納海子，地當今克魯倫河下遊附近），處境艱難，以射野馬乃至煮野獸的屍體和察魯乞（一種軟底皮鞋）為食，從汙泥中汲渾水以飲。成吉思汗與他的伴當仰天盟誓：“使我克定大業，當與諸人共甘苦，苟渝此事，有如河水。”據說，參加此次盟誓的共有劄八兒火者、鎮海等十九人。後來，“同飲班朱尼河水”作為成吉思汗艱苦創業的佳話載入了史冊，在蒙古人中廣為流傳。同年秋，成吉思汗的軍事力量既已恢複，遂遷至接近克烈部的斡難河上遊駐營，準備與王罕再戰。
合蘭真沙陀之戰後，王罕與投靠他的蒙古貴族發生了分裂。劄木合、答裏台斡赤斤、阿勒壇、忽察兒等暗地相約叛離並殺害王罕：“我們去突襲王罕，自己當君主；既不與王罕合在一起，也不與成吉思汗合在一起。”不料王罕獲悉其謀，起兵相攻。答裏台和蒙古巴阿鄰（又作八鄰）、嫩真二部，克烈部的撒合亦惕（又作撒合夷）部歸附成吉思汗，劄木合、阿勒壇、忽察兒和塔塔兒人忽禿帖木兒等逃奔乃蠻部。至此，王罕勢力漸衰。成吉思汗見此形勢，與其弟合撒兒商議，決定以他的名義派遣其部下沼列惕人合裏兀答兒（又作哈柳答兒）、兀良合人察兀兒罕（又作抄兒寒）去對王罕佯稱：“我兄太子今既不知所在，我之妻孥又在王所，縱我欲往，將安所之耶？王儻棄我前愆，念我舊好，即束手來歸矣。”王罕信之不疑，遣亦禿兒堅與合裏兀答兒等同行，“他在泡膠水用的角上滴了幾滴血，讓他們送給合撒兒作為誓盟，因為蒙古人有互相瀝血立誓盟的習慣”。中途亦禿兒堅見勢生疑，欲逃被執，為合撒兒所殺。使臣回報，成吉思汗獲悉王罕毫無戒備，正搭起金帳，歡聚宴飲，遂起兵日夜兼程，以偷襲戰術，包圍了王罕駐營地者折額兒溫都兒山（地當今克魯倫河上遊之南），突然發 起攻擊，激戰三晝夜，克烈部主力被擊潰。王罕狼狽西逃，在乃蠻邊界為其守將所殺。王罕的頭被送到乃蠻王太陽汗處，太陽汗不讚成這樣做，他說：“為什麼將這樣偉大的君主殺死呢？應當將他活著帶來！”為了顯示王罕的偉大、應受尊敬，他命令將王罕的頭鑲上銀子，擺在自己的寶座上。王罕之子亦剌合逃奔西夏，被逐，又輾轉逃至曲先城（今新疆庫車）徹兒哥思蠻之地，被執殺。
克烈部既滅，蒙古草原出現了蒙古與乃蠻兩大部相接和對峙的局麵。王罕的覆滅使乃蠻部太陽汗感到十分震驚，一向被他們視為落後的“歹氣息，衣服黑暗”的蒙古人，居然把強大的克烈部消滅了。此時，太陽汗已意識到成吉思汗下一步要與他爭霸了，“天上隻有一個日月，地上如何有兩個主人？”於是，自恃強大的太陽汗決定出兵攻打蒙古。
這時蔑兒乞部的脫黑脫阿，克烈部的阿鄰太師，斡亦剌部的忽禿合別乞，劄答蘭部的劄木合，以及塔塔兒、朵兒邊、合答斤、山隻昆等殘部，都會聚在太陽汗處，一時兵勢頗盛。號稱“國土廣大，百姓眾多”的乃蠻部太陽汗，自恃其強，十分驕橫，誇言要以兵征服蒙古，將“生得好的婦女擄來，他每（們）的弓箭奪來”。遂於1204年春率兵東進，至杭海嶺（今杭愛山）北的合池兒水（今哈瑞河）駐營，會合諸部殘餘勢力，共同攻打成吉思汗。
太陽汗起兵之前，遣脫兒必塔失與居於漠南陰山地區的汪古部聯絡，約其“益我右翼”，即以其為右翼，夾攻成吉思汗。汪古部首領阿剌忽失的吉惕忽裏（阿剌兀思惕吉忽裏）審時度勢，拒絕了太陽汗的盟約，決定歸附成吉思汗，遂遣月忽難報告敵情，並將來使縛送給他。