第二天，脫忽魯派自己的兩名親臣撒滿和位哈乃與納速剌丁一同來見賽典赤。因為兩人沒有爵位，所以不好用朝廷禮儀接待。賽典赤就問他們：“應該用什麼禮儀來見你們呢？”兩人十分乖巧，回答說：“我們和納速剌丁一同前來，視如兄弟，請就像對待自己兒子一樣就可以了。”跟著兩人獻上名馬，對賽典赤跪拜行禮極為恭敬，旁觀的人都十分驚訝。隨後賽典赤設宴款待了他們，讓兩人用鑲嵌著寶石的金製酒器飲酒。宴會後，將這些物品都給了兩人，兩人大喜過望。過了一夜，酒醒後，他們來向賽典赤道謝。賽典赤對他們說：“你們兩人雖然是宗王親臣，可惜沒有爵位，按規定是不能參議國事的。我想要授予你們行省斷事官的職位，遺憾的是沒有見到宗王，不敢擅自做主。”於是讓一個人先回去，向脫忽魯稟報。脫忽魯聽後怎麼能不高興呢？從此以後大理政令全由賽典赤做主。
賽典赤任職不久，大理蘿盤甸的納西族人發動了叛亂。賽典赤帶兵前往征討，麵色憂鬱。將帥們看到了，其中就有人問賽典赤原因。出兵打仗主帥要是怯懦了，那可是兵家大忌。可沒想到賽典赤回答說：“我並不是擔心這次出征會失敗，我所憂慮的是你們會毫無顧忌地使用你們手中的兵器，去殺死那些不幸而且無辜的人。我還憂慮，等叛亂平定後，你們去搶掠平民，致使百姓無法生存，再度引起叛亂，那時我們就還得派兵征討了。”大軍開抵蘿盤甸城下，圍城三天，蘿盤甸叛軍毫無降意。諸將請求攻城，賽典赤不同意，派遣使者進城諭降。蘿盤甸城主佯裝同意。三天過後，毫無動靜。這可把元軍將領們急壞了，他們再次請求攻城，又被賽典赤拒絕。一些將官實在沉不住氣了，擅自發起了進攻，賽典赤大怒，立刻鳴金製止，隨後將擅自攻擊的將領押來斥責說：“大汗命我安撫大理，沒有叫我來大肆殺戮。沒有得到主將的命令就擅自進攻，論軍法當誅。”經其他將領的勸說，才將這些擅自進攻的人暫時免去一死，等待攻取蘿盤甸城後再做處置。蘿盤甸城主聽說後，深有感觸地說：“平章大人這樣寬厚仁義，我要還是抗拒不投降的話，就要遭報應了。”於是出城投降。西南其他地方叛亂的少數民族聽說後也都紛紛聞風歸附了。這以後，歸附的少數民族酋長經常來晉見賽典赤。所獻納的物品，賽典赤全都分賞給跟隨酋長而來的人，或分給貧民，絲毫不做保留。酋長們從沒見過像賽典赤這樣不歧視少數民族、不搜刮財物的蒙古官吏，都非常感動。從此大理局勢穩定下來，在相當長的一段時間裏，沒有發生過大規模的地方叛亂。
在穩定大理局勢的同時，遵照忽必烈的指示，賽典赤在大理建立行省，開省置於中慶（今天的昆明），限製住了段氏的勢力。隨後他開始為大理的長治久安考慮，進行了一係列的改革。首先，他實行軍民分治政策。賽典赤建立起了各級政權機構，設置路、府、州、縣各級政權，規定行政官由朝廷委派，在一定範圍內統一了行政權。軍事上，賽典赤下令千戶、萬戶等武職官員一律不得過問民政。在少數民族地區，為化解民族矛盾，他委任當地民族官員，安撫當地土官，從不輕易使用武力。為了加強大理向內地的聯係，賽典赤也改善了大理的交通環境，使大理與內地的關係更加緊密。經過賽典赤的努力，在大理成功地建立起了行省，使大理重新歸屬到了元政府的直接統轄範圍以內。
賽典赤在大理建立起行省後，先開始著手大理的經濟恢複。他清查戶田，整理貨幣，整頓賦役，屯田墾荒，賑災恤苦，不久就收到了明顯的效果。“民以食為天”，為了能夠大力發展農業生產，賽典赤十分重視水利工作。當時大理滇池地區由於政事不通，水利無人管轄，造成水患連年成災，百姓生活苦不堪言。賽典赤要發展農業，滇池地區就一定要得到治理。
賽典赤經過調查後，設計了周密的規劃。他決定分上、中、下三段對滇池流域進行整治。在滇池上段地區，他於鳴鳳山與蓮峰山之間最狹窄處的鬆華山穀修建了鬆花壩，用來積蓄青龍潭、黑龍潭兩股水源和雨季降水，起到了旱時啟閘灌溉田地，澇時封閘減緩下遊水患的作用。在中段，賽典赤重點整治盤龍江等河道。他組織人力開挖銀汁河、金汁河、馬料河和寶象河以分流盤龍江水，使河道溝渠形成網絡，一來減輕水患，二來便利農灌，一舉兩得。為了防止水土流失、穩固堤壩，他還讓人在堤上種植柏樹，形成了一道美麗的風景線。直到今天，一些河堤上還存活著七百餘年前的元代古柏，真可說是功蓋千秋啊！對於滇池流域下遊地區的治理，他重點放在疏浚海嗣河上。在這裏，賽典赤一個60多歲的老人，同自己的兒子們一起，率領著2000多民佚，疏通出長達20餘裏的河道，將滇池水與螳螂川溝通，經普度河彙入金沙江。經過賽典赤的治理，滇池水位大大降低，水災基本治住，同時又得到了萬頃良田，對大理地區的經濟發展起到了直接作用。
賽典赤明白，大理時常叛亂不僅是因為元政府的高壓統治與貪官的剝削，還存在著文化差異問題。大理地區民族眾多，而且多處於茹毛飲血的原始氏族部落形態，與中土文化的發達不可同日而語。巨大的文化落差，必然導致民族歧視與種族不和。因此賽典赤在大理地區根據當地實際情況實行了大膽且謹慎的文化革新。