果然,這個詭詐多端的兩麵派在地主政客劉仁本、張本仁等人的慫恿下,接受朱元璋封職才一個月,就又接受了元朝封他的江浙行省平章政事的官職。並於至正二十年(1360)開始,到至正二十三年(1363),每年派大批海船,運送張士誠的十餘萬石糧到元大都去,元順帝大為讚賞,封他為江浙行省左丞相賜爵衢國公。方國珍依然在慶元、溫、台一帶作威作福,但又害怕朱元璋來攻,隻好偽裝“惶懼謝罪,以金寶飾鞍馬獻”,耍盡了兩麵派手腕。
吳元年(1367)四月,當朱元璋的軍隊已經攻克湖州、杭州等張士誠統治區並發動圍攻平江後,方國珍自知難保,又耍出了新的兩麵派詭計,一方麵坐山觀虎鬥,一方麵暗地裏北通擴廓帖木兒,南交陳友定。朱元璋寫信指責他有十二條罪狀。七月,朱元璋又責令方國珍貢糧二十三萬石,同時又寫信威脅,方國珍惶恐不已,日夜運珍寶,集海船,準備下海逃跑。
這年九月,朱元璋在攻克平江,消滅了張士誠後,遣軍分兩路進攻方國珍。
參政朱亮祖一路攻台州,方國瑛敗逃黃岩,朱亮祖又攻溫州,方國珍侄方明善逃走,朱亮祖分兵取瑞安,自率舟師敗方明善於樂清之盤嶼,追至楚門海口,征南將軍湯和一路先取餘姚、上虞,進攻慶元,方國珍逃入海中,湯和率軍追擊,又下定海、慈溪等縣。十一月,朱元璋又令廖永忠率舟師入海,與湯和合擊方國珍,方國珍本想泛海出逃,但遇風不順,於是黔驢技窮,不得不納款投降,這股割據勢力終於被平定。
朱元璋在平定了方國珍後,隨即令胡廷瑞為征南將軍、何文輝為副將軍,率軍南下征陳友定。
陳友定,一名有定,字安國,福州福清縣(今福建福清)人。徙居清流(今福建清流),出身貧寒。後為富戶羅氏之婿,因經商折本,充當驛卒。至正十二年(1352),南方紅巾軍入閩,陳友定在其家鄉清流的明溪、曹坊等地,襲擊紅巾軍有功,升明溪寨巡檢,後汀州府判來募兵,陳友定隨元軍鎮壓汀州、延平(今福建南平)、建寧、邵武等地起義軍,以功升到清流縣尹。至正十九年(1359),陳友諒遣其將康泰取邵武,鄧克明攻汀州、延平、將樂(今福建將樂)。至正二十一年(1361),鄧克明又取汀州,進攻建寧,為陳友定所敗。陳友定乘勝收複汀州,升任福建行省參知政事。至正二十五年元置福建行省分省於延平,以陳友定為平章,駐守閩中八郡。由於當時福建遠離北方,且與北方的交通被阻塞,陳友定在福建成了土皇帝,專製福建甲兵錢穀之政,朝廷命官都不得參與,但同時又效忠元廷。當張士誠、方國珍停輸海運糧後,陳友定從福建運糧數十萬石至大都,受到元順帝嘉獎。可見,陳友定對紅巾軍和朱元璋是完全敵 對,頑抗到底的。至正二十五年(1365)二月,陳友定進攻處州,為朱元璋將胡深擊敗,朱元璋乘勝遣胡深、朱亮祖、王溥三路追擊,在進攻福寧時胡深中伏被陳友定俘殺,平閩計劃未能實現。以後,陳友定又繼續占領興化(今福建莆田)、泉州(今福建泉州)、漳州(今福建漳州)等路。
吳元年(1367),朱元璋軍隊勢如破竹,入杉關,克汀州,取邵武,占長陽,陳友定兵將紛紛投降。十二月,朱元璋又令湯和、廖永忠等率舟師自慶元取福州。洪武元年(1368)正月,明兵攻取建寧,進圍延平,陳友定服毒自殺未死。俘送應天,不久被殺,其附近各路、州、縣相繼投降。
朱元璋的崛起,憑借了紅巾軍的威勢,他在長時間內也是打著紅巾軍的旗號進行活動的。至正十八年(1358)十二月他親自攻克婺州(今浙江金華),改為寧越府,在這裏設置中書分省。他在門前樹起兩麵大旗,上書“山河奄有中華地,日月重開大宋天”。口號與韓宋是一致的。但是,他在自己的勢力日益發展的同時,不是進一步推進農民起義的事業,而是在中國傳統的封建思想的指導之下一心想當皇帝,建立一個新的王朝。因此,他和許多紅巾軍隊伍不同,他在自己勢力所到之處,不是堅決打擊地主,而是盡量同地主妥協。他的軍隊紀律嚴明,不事殺掠,這是他取得成功的重要因素之一。不過,這裏麵卻包含了保護地主生命財產之類的政治內容。他也注意優待重用儒生。至正二十年(1360)三月,他征召了浙東名士劉基、宋濂、章溢、葉琛。劉基後來參與了許多大事的決策,例如先圖陳氏,後取張氏,然後北伐的方略就是劉基首先明確提出來的。宋濂以文學侍奉朱元璋,並教其子讀經,為朱元璋起草了許多文書。這些儒生名士對朱元璋建立“帝王之業”產生了重大影響。“宮鶯去盡野雞棲,憔悴江南誰是主?”害怕紅巾軍但又覺得已經不能依靠元朝的江淮一帶地主階級希望出現一個能維護他們利益的新的帝王。於是朱元璋出現了,他成了地主階級新的代表人物。