在三路大軍北伐的同時，劉福通展開了對宋朝故都汴梁的攻擊。1357年六月 劉福通首次對汴梁發起攻擊，但這一年並沒能攻下。1358年，劉福通再次進攻汴梁，元守將竹貞棄城逃跑，劉福通終於攻下了汴梁，迎來韓林兒，將汴梁改為宋政權的都城，大有繼承正統的意味。事實證明，在沒有強大的軍事力量作後盾的情況下，劉福通的這一舉動非常的不明智，他觸動了元人非常警覺的神經。三路北伐軍相繼失敗後，元軍步步緊縮對汴梁的包圍，劉福通也陷入了孤軍奮戰的境地。最後劉福通衝破元人重圍，保護著韓林兒逃到了安豐。1363年二月，就在劉福通被迫逃入安豐的時候，同是起義軍的張士誠投降了元人（盡管這種投降隻是名義上的，不受元人任何製約）。張士誠為擴大自己的勢力，他趁安豐空虛，對劉福通發起了進攻。劉福通在北伐中已經失去了自己的主要軍事力量，在這危急時刻，隻好向在名義上仍然是紅巾軍的朱元璋求援。這一舉動的直接結果就是使朱元璋在紅巾軍中的地位迅速提升。
自脫脫被害後，起義軍越鬧越凶，在這“山河破碎風飄絮”的時刻，元軍當年平定四方的氣勢哪裏去了？元順帝又在做些什麼呢？答案是元朝統治集團內部在這關鍵時刻正忙著爭權奪勢，而元順帝則早就失去了對江山社稷、祖宗基業的責任心，整天依紅伴翠，“不愛江山愛美人”，沉迷在淫樂當中。
從1354年到順帝逃離元大都這十餘年時間裏，順帝先後起用的右、左丞相竟有十餘人之多，一個個不是奸佞小人、無能之輩，就是軍閥武夫，結果禍國殃民，反而加速了元朝的滅亡。
元末的這場權力爭奪從察罕帖木兒和答失八都魯開始。答失八都魯出身蒙古名門，他總領河南軍馬，但在與紅巾軍在冀、魯地區的交戰中屢戰屢敗，於是元政府派察罕帖木兒率軍從關陝入河南，幫助答失八都魯鎮壓起義軍。沒想到察罕帖木兒進入冀、魯地區後卻侵占了答失八都魯的勢力，答失八都魯也因此憂憤而死。答失八都魯的兒子孛羅帖木兒接替了父親的職位，開始了與察罕帖木兒間的勢力爭奪戰。這下可好，本來已經內亂頻繁了，元朝內部自己人還打了起來。這兩股元朝末期的主要軍事力量，如果不是有起義軍攻入他們的勢力範圍，根本就不理睬長江以南起義軍的擴張，雙方打得不亦樂乎，多次由元廷出麵，命各還本鎮才稍有停歇。
1360年，察罕帖木兒在山東被起義軍田豐、張士誠刺殺，他的養子王保保（蒙古名字是擴廓帖木兒）承襲父職，雙方的內訌愈演愈烈。1363年六月，孛羅帖木兒乘王保保與山東起義軍交戰的時候，他派竹貞攻擊王保保統轄的陝西。王保保立即派部將李思齊攻擊竹貞，竹貞戰敗投降了王保保。由此可以看出雙方這一時期的戰鬥規模確實不小。
最可悲的是，兩個地方軍閥之間的交戰與宮廷內部矛盾又結合到了一起。脫脫死後，哈麻當上了中書左丞，他的弟弟雪雪成為禦史大夫。元朝的朝政全把持在了這兩兄弟手中。人的野心真是無法預測，已經專權的哈麻還想得到更大的權力，他密謀擁立皇太子愛猷識理達臘，想要廢掉順帝，結果被禿魯帖木兒告發，被順帝貶去了廣州，途中被亂杖打死，結束了他罪惡的一生。哈麻死後，搠思監主政。這搠思監是個大貪官，為了搜刮財物，他甚至下令印造偽鈔。國家政府帶頭製造偽鈔，政府腐敗程度可見一斑。而順帝這個時候更加沉迷在“大喜樂”的快感中，還很有“創造精神”地組織起身邊的美人，編演了新的“大喜樂”舞蹈——天魔舞，對國家政事簡直厭煩透頂。
順帝的昏庸使皇太子也起了野心，皇太子與自己生母奇皇後（高麗人）謀劃篡權。他們讓宦官樸不花聯係左丞相太平，太平不同意，被皇太子和搠思監逼迫自殺。搠思監與樸不花兩人狼狽為奸，使元朝政府達到了前所未有的昏暗局麵。朝臣們對兩人恨之入骨，紛紛上疏彈劾。這時禦史大夫老的沙出場了。老的沙是順帝的母舅，他看到了朝臣們的不滿後，就想要利用這一點排擠政敵。老的沙這一舉動無疑是在玩火，搠思監與樸不花是皇太子和奇皇後的親信。因此在皇太子和奇皇後的唆使下，順帝將他封為雍王，逐回了高麗。老的沙卻不想就這樣一走了之，他走到大同後，跑到了孛羅帖木兒軍中躲了起來。就這樣，孛羅帖木兒和王保保兩大軍閥間的爭奪進一步升級，成為了元朝末年統治上層的兩集團間的權力之爭。