八月二日，徐達攻占大都，並下令：“凡元朝大小官員都必須送交告身，編入民籍，違者有罰。”在安頓了大都的鎮守事務以後，徐達、常遇春等即率大軍進指山西，平定擴廓帖木兒去了。明軍掃除各地元朝殘餘勢力和其他割據勢力，繼續花費了十來年時間，到1387年才最後完成。在朱明亡元的過程中，“大軍戡定者猶少，先聲歸命者更多”。這是由於元廷已土崩瓦解，元臣們對這個行將毀滅的王朝已不抱什麼希望；更是由於朱元璋再三宣布並嚴格執行了“勿妄誅謬”
以及安撫元臣和蒙漢各族封建階級的政策。
元帝北奔，明軍占領大都，標誌著統治中國九十七年之久的元王朝的滅亡。朱元璋認為妥懽帖睦爾“知順天命，退避而去”，在他死後給了他一個“順帝”的稱號。
元朝滅亡了，朱元璋勝利了。蛻變了的朱元璋所完成的乃是當時封建地主階級的一次新的改朝換代、統一中國的事業。朱元璋建立的明王朝揭開了中國曆史新的一頁。
名家回眸
朱元璋成為了元朝的終結者，在之後提及“胡元製主”的時候，也深帶著漢人民族主義的苦大仇深，然而，他依舊將元世祖忽必烈的牌位供奉在曆代帝王廟內，與漢唐宋創業之主並列，一同祭祀，一代開國帝王的考量無疑是對的，雖然元朝未能在統一中遠邁漢唐，但畢竟一個帝國的氣魄打出了一個開闊的格局。
明太祖朱元璋作為明王朝的建立者，也是元末農民戰爭史研究中受到普遍關注的人物。對於朱元璋及其政權的性質，眾說紛紜，有的學者認為朱元璋政權在前期是農民革命政權，以後才逐漸蛻化變質，轉化為地主階級政權，有的學者甚至認為這種轉變是曆史的必然，是由農民階級的局限性決定的。但是有的學者認為，朱元璋集團一開始就是反元地主武裝，代表的是地主階級的利益，發生的是封建統一戰爭，與農民政權反封建鬥爭沒有任何關係。但是無論是那種政權性質，最終朱元璋滅掉了元朝建立了大明，使國家得到統一。
順帝北逃與滅亡
劉福通起兵後，先擊敗了察罕帖木兒和李思齊的襲剿。於1355年2月，將在安徽避難的白蓮教教主韓山童和韓林兒接到了濠州，擁立為皇帝，正式建立政權。因為他們的義軍號召要恢複宋朝，所以國號為宋，韓林兒被尊為“小明王”，即“明王出世”的意思。不久劉福通就殺掉了杜遵道成為了宋政權的實際領導者。
紅巾軍起義後，得到了廣泛的響應，很快起義之火就燃遍了全國。有的團結在宋政權的周圍，也有的割據一方，獨自稱王。在這些起義勢力中具有影響的是：張士誠的天佑政權、徐壽輝的天完政權、受紅巾軍領導的郭子興勢力，其中徐壽輝後來被陳友諒取代，而郭子興的手下朱元璋更開創了明王朝的基業。
宋政權一建立，元政府就調集軍隊對起義軍加緊鎮壓。但由於自高郵戰役後，元政府再無力組織大規模的軍事力量，所以主要依靠駐守在各地的地方軍事力量對付起義軍，收效甚微。從1355年六月，元河南行省平章答失八都魯統帥諸王藩將兵馬開始對劉福通用兵後，盡管表麵上互有勝負，但總的看來對元朝十分不利。一方麵藩王勢力越來越大，而另一方麵起義軍則越剿越多。
1357年夏天，劉福通在擊敗元軍圍剿，穩定住形勢後，決定派出三路大軍同時北伐，對大都形成包圍，試圖一舉推翻元朝。從戰爭的部署和實際結果來看，劉福通的這次北伐舉動過於輕率。這次北伐各軍的協調十分不好。先出發的是由李武、崔德率領的西路軍。後來這支軍隊又改由大刀敖、李喜喜等率領，在陝西，他們被察罕帖木兒打敗。李武和崔德因一直沒能取得戰功，遭到劉福通的斥責。1361年五月，他們竟然向元朝漢將李思齊投降了。
中路軍的結局也不比西路強到哪兒去。他們由關先生、破頭潘等人率領，越過太行山，進入山西。這支部隊犯了孤軍深入的錯誤，他們原計劃是從山西配合東路軍進攻大都，可由於元軍的堵截，竟貿然北上。盡管他們先後攻克了上都、金寧、遼陽，進入今天的朝鮮境內，但一支缺少補給，沒有後援，而且攻擊的地點都不是元朝致命處的軍隊，最後戰敗就是必然的了。最後關先生等人在高麗戰死，破頭潘退到遼陽時也戰敗被俘，中路軍全軍覆沒。
在三路北伐軍中，唯一能夠有效打擊元朝統治的是由毛貴率領的東路軍。毛貴首先奪得了元朝的海船，從海路奇襲山東，隻幾個月，就占領了山東大部分地區。但他後來也犯了孤軍深入的錯誤，1358年二月，毛貴繼續北伐，先擊敗了元大將董摶霄兄弟，跟著又連克青、滄兩州，三月，攻克薊州，直逼大都，但很快元軍從四麵八方趕來支援，毛貴軍被擊敗，退回到了山東濟南。